新疆大學重點專業國家品牌專業9個：數學與應用數學、化學工程與工藝、機械設計制造及其自動化、電氣工程及其自動化、自動化、土木工程、紡織工程、漢語國際教育、資源勘查工程。
省部重點專業1個：中國少數民族語言文學。
新疆大學特色專業少數民族語言文學
少數民族語言文學專業培養具備有關少數民族語言文學全面系統知識，能在少數民族教育文化部門及相關單位從事有關少數民族語、文字、文學、文獻的教學、研究、編輯、翻譯、新聞、文學創作等方面工作的少數民族語言文學高級專門人才。
應用數學
應用數學是將數學的理論和方法應用于自然科學、社會科學、工程技術和經濟科學的各個領域而產生的一門應用性很強的學科。近年來由于其在金融學、計算機科學、信息科學及生命科學中的廣泛應用而愈來愈受到人們的廣泛關注。同時，應用數學與這些學科的交叉與滲透也日見增多。綜觀近年來的重大研究成果，多數是綜合運用多學科分支的知識和工具而獲得的�？梢哉f，應用數學在其它各門學科中的支撐作用會愈來愈顯著，同時，對我國的工程技術、金融產業、信息產業和生物技術的發展將起到至關重要的作用。
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