我國是世界上對沼氣開發較早的國家，截至2010年底，各類大、中、小型工程沼氣達7萬余處，其中發酵底物以豬糞和牛糞為主。微生物是厭氧發酵產沼氣的執行者，但目前仍然不了解這些工程沼氣系統中是否普遍存在核心菌群和特異菌群，以及影響該系統內微生物群落形成的主要因素。

中國科學院成都生物研究所研究員李香真課題組李家寶等利用高通量測序技術調查了全國20余處中溫沼氣工程中的微生物群落。研究發現，底物類型和發酵液游離氨氮（fa）濃度是微生物群落分異的主要驅動因子。不同底物類型的發酵液中，影響微生物群落結構的因子區別明顯。碳氮比（c:n）和游離氨氮濃度分別是牛糞和豬糞沼氣工程微生物群落形成的重要影響因子。fa通過選擇性篩選作用富集后壁菌門（firmicutes），表明firmicutes，尤其是梭菌屬（clostridium），在高氨氮環境中起重要作用。而fa對潛在的互營菌可能具有抑制作用。這些沼氣工程無論是地理距離還是工程運行條件相差較大，但仍發現有25個核心微生物存在于所有工程沼液中，且占所有微生物34%的相對含量，表明他們在沼氣工程中具有重要作用。同時還發現不同底物富集特有的微生物，這可能反映了不同發酵底物和工程運行條件的差異。

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