在清除貴由朝異已諸臣的同時，蒙哥對中央和地方統治機構進行了整頓。以原藩邸斷事官長忙哥撒兒為全國大斷事官（漢人稱之為右丞相），以孛魯合為大必?赤（漢人稱之為左丞相）�！罢菩l號令、朝覲貢獻及內外聞奏諸事”，置分掌中原漢地和西域等地區事務的必?赤為之副，幾賦稅征收、官職授予等事悉歸之，下屬有漢文、波斯文、畏兀兒文、藏文、唐兀文等各種文字的書記，并設置了掌管和林官闕、帑藏、斡脫、祭祀、醫巫、卜筮、驛傳等各部門的官員。
蒙古本土以外諸地，仍劃分為三大區域設置行政機構，以牙老瓦赤、布智兒、斡魯不等任“燕京等處行尚書省事”，管理中原漢地，以訥懷、塔刺海、麻速忽等任“別失八里等處行尚書省事”，管理畏兀兒地至河中地區；以阿兒渾為“阿母河等處行尚書省事”，管理阿姆河以西波斯諸州。他們的蒙古職名實為各大區之“也可扎魯忽赤”（yekejarquchi）即大斷事官，并置必?赤官職多員為其副，下屬也有許多佐吏，與大汗朝廷的組織相仿。
針對窩闊臺未年以來法度不一、政治敗壞的情況，蒙哥采取了一些措施，企圖革除弊政。凡前朝及諸王濫發之牌印。詔旨、宣命，一律收回；今后諸王未經請示朝廷，不得頒發涉及各地方事務的令旨，不得擅招民戶；對諸王、使臣馳驛，限定馬匹數目，不許沿途奪要民馬和索取超過規定的供應；商人不得騎用驛馬：重新登記各地區戶口和規定賦稅，諸官員不得額外多征。然而，由于所任用的官吏們多是原來的貪贓之徒，新政未見成效，甚至“舊弊未去，新弊復生，其為煩擾，又益劇甚”。
中原漢地自窩闊臺末年以來，差徭甚重，加上軍馬調發，使臣煩擾，官吏貪殘，斡脫錢盤剝，民不能當，逃亡日多，乙未年的戶籍又陷于混亂。蒙哥即位后，劉秉忠向受命分鎮中原漢地的忽必烈建議，“宜比舊減半或三分去一，就見在之民以定差稅，招逃者復業，再行定奪”（《元史?劉秉忠傳》）。可見逃亡者已占原籍的三分之一以上。為保證政府的財政收入和兵源補充，1252年（王子年）蒙哥下令對民戶“從新再行抄數”。辦法是：一，就各路、州、縣見住民戶（包括原籍及寄居逃戶）登記入籍、原籍民戶，已逃者削去；二，查核投下戶數，禁諸投下不得擅招戶計；三，按乙未年規定核實驅戶，其寄留各地下在本使戶下附籍者收為系官民戶；四，包括乙未年未抄數之河南、陜西、遼東西等地區。抄數結果稱王子戶籍，比乙未舊籍增加二十多萬戶（其中河南、陜西、遼東西諸路占十七萬多戶）。由于主持括戶的燕京行尚書省工作馬虎，抄數以后，戶口爭端層出不窮，逃亡、影占現象繼續發生，因此，1255年再申嚴令。到1257年（丁已年）又進行了一次戶口編籍，稱丁已戶籍。括戶之后，又相繼在宗親貴族中進行了分土分民。拖雷家族受益最多，忽必烈除受京兆分地外復益以懷孟路一萬一千多戶，旭烈兀受彰德路二萬五千多戶，拖雷庶子未哥、撥綽也分別受五千、三千多戶。此外，太祖諸斡耳朵、太宗諸子及一些千戶都各得分民多寡不等。
在西域各地區，也同時進行了括戶。命阿兒渾登記其所轄阿姆河行省戶口賦稅，并命他在完成后前往拔都的都城，協助進行括戶，又派必?赤別兒哥括斡羅思戶口。
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