忽必烈在漢地立國建都后，仍然十分注意保持和發展蒙古民族的語言和文化。中統元年（公元1260年）十二月，忽必烈封吐蕃薩迦的八思巴為“國師”，命八思巴率領一些吐蕃語言文學者重新創制蒙古文字。至元六年（公元1269年）二月，新字制成，由忽必烈正式頒行，并加八思巴為“帝師”、“大寶法王”，統領全國佛教。朝廷立總制院，管領佛教僧徒及吐蕃境內事務，仍以“帝師”八思巴統領之。《元史?百官志三》載：“至元二十五年（公元1288年），因唐制吐蕃來朝見於宣政殿之故，更名宣政院。置院使二員，同知二員，副使二員，經歷二員，都事四員，管勾一員，照磨一員”。院使由朝廷命官任領。吐蕃有事，另設分院往治。宣政院的官員，僧俗并用，是元朝設立的一個特殊機構。它既是管理全國佛教的事務機關，又是直接統領吐蕃的政務和軍事。元明宗天歷二年（公元1329年），罷功德使司歸宣政院。設置院使10員，從一品，同知2員，正二品，副使2員，從二品。此外，中樞機構中還有一些設置有異於前代，必須提及的：元代特別重視宗教，對于佛寺大加保護，特設總管機構“大禧宗?院”，有院使、副使等官。所屬各大寺院設總管府（如“南鎮國寺”，設龍禧總管府；大“護國仁王寺”，設會�？偣芨�；“大承天護圣寺”，設龍祥總管府等）。此外還設有田賦提舉司、營田提舉司、財用所、民佃提領所、香戶提舉司、營繕司等。在這方面幾乎政教不分，而以正式官署管理寺院事務也是前代所未有的。歷代掌管宮廷器用之制作多為少府監所屬官署。而將作監則掌管公用之建筑。元代升將作監為將作院，專司宮廷器用及衣冠服飾之制作。其所轄各種工藝品的作場也是非常繁多的，依其種類分設三個總管府掌管：一、諸路金玉人匠總管府。所屬有玉局提舉司、金銀器盒提舉司、瑪瑙提舉司、金絲子局、■帶斜皮局、?玉局、浮梁磁局、畫局、裝釘局、大小雕木局、溫犀玳瑁局、漆紗冠冕局等。二、異樣局總管府。所屬有異樣紋繡提舉司、異樣織染提舉司、紗羅提舉司等。三、大都等路民匠總管府。所屬有備章總院、尚衣局、御衣局、織佛像提舉司等。關于宮廷的職事，專供皇后的有中政院，所屬有中瑞司、內正司、正翊司等。專供太后的有徽政院；供應太子的有儲政院。總之，元代的皇后、太后、太子諸王都可以有領地，有丁口，國官與宮官交錯設置，政令分歧，是歷史上所僅見的奇特現象。元代所設各院，與傳統比較接近的是：太常禮儀院、典瑞院、太史院、太醫院（其所屬有惠民局及醫學提舉司，是有關醫療事業與醫學教育的）。
元末設置的奎章閣及藝文監，專掌書畫鑒定及刊布圖籍之事，也是前所未有的特設機構。元代的驛站制度特別發達，因此而特設通政院以管理全國驛站之事，而於各路置脫脫禾孫一官以辨奸偽。元代設官有以下幾個特點：第一，除最高機構外，一般中外軍民官署皆在主官之外設一達魯花赤，主要由蒙古人擔任，特別是外官，自總管府以至府、州、縣行政實權皆操在達魯花赤之手。第二，自仁宗始，開科取士，分蒙古人、色目人與漢人、南人為兩榜。雖已稍變初期專用蒙古人擔任要職的做法，但南榜進士最多做到御史臺及六部尚書為止，最高職位仍限于蒙古族人。第三，事務官及吏員比較充實，其地位也有所提高，例如都事及令史等，往往都有發言任事之權。這是由于蒙古高級官吏對情況不夠熟悉，能力薄弱，不得不假手於這些低級職員。第四，工藝技術官司之設置十分繁瑣，這是由于元代手工業發達，有匠戶組織的緣故。歷史
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