非經腸道全細胞霍亂疫苗的副作用與全細胞傷寒疫苗的副作用相比盡管不那么嚴重，但大致相似。大約50%的疫苗接種者在接種部位產生疼痛和發炎，10%-30%產生發燒和不適的全身癥狀。這些癥狀通常持續1-3天，盡管一些個體的癥狀延遲發生并在第4和第7天之間發生臂痛現象。

　　報告有疫苗接種后輕度的胃腸道癥狀，在對口服bs/wcv反應基因的隨機、無效對照劑對照、雙盲試驗中這種癥狀的發生頻率對于疫苗接受者和安慰劑接受者來說相同，使用建議的間隔兩周注射兩份疫苗的免疫計劃的口服bs/wcv目前已獲許可證。

　　在北美和歐洲人口中使用5×108 cfu劑量進行的隨機、無效對照劑對照、雙盲試驗中在接種了目前注冊的cvd 103-hgr菌株之后，所報告的疫苗接種者和安慰劑接受者發生相同頻率的胃腸道癥狀。在發展中國家，接種5×109 cfu劑量在疫苗接種者和安慰劑人群中所產生的副作用是相同的。

　　口服活霍亂疫苗103-hgr對hiv—陽性接種對象來說是安全的，即便對于3個月的嬰兒來說也有很好的耐受性。

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