新生兒得到腸病毒的感染可能臨床上無癥狀，呈現良性的病程，但也可能造成嚴重致命的疾病。經由病史的詢問，顯示約有59-68%的母親在剛好要生產時有一些輕微病毒感染的癥狀，如發燒、呼吸道或腸胃道的癥狀。新生兒可能在出生的第一天就出現癥狀，臨床征候與一般幼童不同，通常是非專一性的癥狀，包括發燒或體溫過低、倦怠、厭食、躁動不安、黃疸、嘔吐、腹脹、腹瀉等。這時最好立即就醫，因為這樣臨床的表現可能是任何一種感染病原所導致的，甚至是其它非感染的原因都有可能，所以一定要請兒科醫師診治。

　新生兒得到腸病毒的感染，一般來說，是不會像幼兒得到腸病毒一樣，出現咽峽炎或手足口癥的癥狀。至于，呼吸道的癥狀則包括呼吸加速、流鼻涕、咳嗽、胸部凹陷甚至呼吸中止。若有皮疹的出現則較符合病毒感染的診斷。

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