毋容置疑，以忽必烈為代表的拖雷家族后裔似乎拋棄了純成吉思汗家族的傳統，海都無視拖雷家族，決定親自恢復窩闊臺家族的命運，自1251年以來，窩闊臺家族就已經失去了權力。換言之，海都的目標是要宣布他本人是合法繼承人，或者，無論如何，要犧牲忽必烈在蒙古的利益和察合臺家族在突厥斯坦的利益，使自己在中亞創建一個大汗國。
孛兒只斤.海都首先反對的是察合臺汗國。1267年至1269年間，他打敗八刺，占領伊犁河流域和喀什噶爾，留給八刺的只是河中地區。八刺的繼承者們不過是海都任意廢立的屬臣。當時，海都作為察合臺汗國的君主采用“汗號”，并進攻忽必烈。
忽必烈命他的4子那木罕（Nomokhan或Nomoqan）與察合臺汗國直接交戰，于1275年派他率軍前往阿力麻里（今固爾扎附近，在伊犁河畔）。那木罕由一些宗王組成的一個杰出的參謀組陪同出征，他們中有脫脫木兒和那木罕的堂兄弟、蒙哥之子昔里吉。但是，1276年，脫脫木兒因不滿忽必烈，勸昔里吉與他合伙進行反叛。他們兩人背信棄義地拘捕了那木罕，并宣布擁護海都，把那木罕交給海部的盟友、欽察汗忙哥帖木兒。他們還勸說察合臺次于撒里蠻和另一些成吉思汗宗王們參加反叛。海都于1277年從阿力麻里向哈拉和林進軍，形勢對忽必烈來說十分嚴峻，他把他最杰出的將領伯顏從中國召回。伯顏在鄂爾渾河畔打敗了昔里吉，把他趕回到也兒的石河畔；而脫脫木兒逃到達唐努烏村的黠戛斯人境內，后來又在帝國先頭部隊的攻擊下被趕出此地。受到這次挫敗之后，昔里吉、脫脫木兒和撒里蠻之間發生爭吵，昔里吉處死了脫脫木兒，昔里吉與撒里蠻之間也互相采取敵對行動。在采取了一些無目的的行動之后，撒里蠻捉住了昔里吉，向忽必烈投降，并把他的俘虜交給了忽必烈。忽必烈原諒了撒里蠻，但把昔里吉流放到一個島上。此后不久，1278年，那木罕王子被釋放。這個反忽必烈同盟由于成員們素質差而失敗。
但是，海都與忽必烈仍處于交戰狀態，他起碼具有領導者的氣魄。海都作為葉密克、伊犁河流域、喀什噶爾的主人和察合臺諸王的宗主（他已使察合臺的領地縮小到河中地區），正如忽必烈是東亞的可汗一樣，他是中亞的真正可汗。1287年，海都組成了新的反忽必烈同盟，參加同盟的有蒙古帝國系各支的首領：成吉思汗弟弟們的后代。宗王中有乃顏、勢都兒和哈丹。乃顏，或者是成吉思汗幼弟鐵木哥斡赤斤的后裔，或者是成吉思汗異母弟、別里古臺的后裔，其領地在今滿洲地區；他是一位聶思托里安教徒，馬可·波羅堅持認為在他的旗幟（或稱纛）上畫有十字。勢都兒是成吉思汗大弟哈撒兒的孫子。哈丹是成吉思汗二弟哈赤溫的后裔。他們在東蒙古和滿洲地區都占有封地。如果海都從中亞和西蒙古帶來的部隊與乃顏、勢都兒和哈丹在滿洲集合的部隊會合的話，那么，對忽必烈來說，只有死路一條。
忽必烈迅速行動起來。他命伯顏代替他駐守哈拉和林，阻止海都。他本人親自率領另一支蒙軍前往滿洲，隨之而行的有成吉思汗最信任的伙伴博兒術的孫子，玉昔帖木兒將軍。帝國艦隊從長江下游的中國港口出發，帶著這次戰爭所需的大批物資在遼河口登陸，這一仗將決定蒙古帝國的命運。乃顏的軍隊在遼河附近扎營，以蒙古的方式，用一排馬車保護著。忽必烈當時是72歲，坐在由四只象駝著，或拉著前進的一座木塔上指揮作戰。拉施特記道，這次行動十分艱巨，在一段時期內，勝負難分。結果，無疑是忽必烈獲勝了，正如中國史所記，是由于忽必烈軍隊在人數上占優勢，也是由于他把中國軍隊與蒙古軍隊有效地聯合起來。乃顏被俘，作為成吉思汗的侄孫子，忽必烈賜他不流血的死，即將他在氈毯下悶死（1288年）。那些站在乃顏一邊的聶思托里安教教徒們有理由擔心會遭到報復，但是，忽必烈認為基督教對這次反叛不負有責任。忽必烈之孫、未來的皇帝鐵穆耳完澤篤（Temtir Oljaitu）由于粉碎了哈丹和鎮壓了滿洲及其毗鄰的蒙古地區而完全制止了進一步的叛亂。
海都消滅叛徒忽必烈的戰爭失敗了，但是，他仍是杭愛山以西的西蒙古和突厥斯坦的君主。忽必烈的一個孫子甘麻刺（Ka－mala）王子在守衛杭愛山邊境地防止海都進攻的任務，結果他被海都軍打敗，并被圍困在色楞格河附近，在費盡了努力后才逃脫。忽必烈不顧自己年事已高，感到有必要親自前去扭轉形勢（1289年7月）。但是，海都按游牧方式已經遠遁。1293年，留在蒙古統率帝國軍隊的伯顏，以哈拉和林為基地，成功地發動了一次對叛軍的遠征。同年，忽必烈之孫、鐵穆耳王子取代伯顏統率軍隊。伯顏成了忽必烈的宰相，他在忽必烈去世后不久，于1295年去世。
忽必烈生前未能看到反海都之戰的結束。當這位大皇帝于1294年2月18日去世時，窩闊臺家族的大汗仍然是杭愛山以西的蒙古和中亞的君主。忽必烈的孫子、繼承者鐵穆耳完澤篤（1295－1307年在位）繼續了這場戰爭。當時海都的主要盟友和屬臣是統治著突厥斯坦的察合臺兀魯思首領都哇。在1297年至1298年期間，都哇發動突然攻擊，捉住了汪古部勇敢的闊里吉思王子（即喬治，在此可以回顧一下，汪古部人是聶思托里安教教徒），他是鐵穆耳的女婿，正統帥著在元朝的軍隊。當時都哇企圖襲擊另一支元軍，即由保衛著唐兀惕邊境（甘肅西部）的阿難答王子統率的軍隊。但是，他本人卻意外地遭到襲擊，只得逃跑。為報此仇，他處死了他的俘虜闊里吉思（1298年）。
1301年，海都作了進攻帝國的最后一次努力。這次有窩闊臺系和察合臺系的許多宗王參加。他向哈拉和林進軍，和林當時由鐵穆耳皇帝的侄子海山王子鎮守。1301年8月，在和林與鄂爾渾河左岸支流
塔米爾河之間展開一場大戰。結果海都戰敗，并在撤退中死去。
海都之子察八兒在塔爾巴哈臺的葉密立地區繼之為窩闊臺兀魯思的首領，扮演著同樣的反皇帝的角色，反對忽必烈家族的帝國權利。察合臺兀魯思首領都哇最初承認察八兒是他的宗主，但是，不久厭倦了這些無休止的反帝國戰爭，他勸說察八兒承認鐵穆耳皇帝為宗主。1303年8月，兩位宗王的使者到北京宮廷表示效忠，這是十分重要的一步，它再次把窩闊臺和察合臺的兀魯思置于拖雷家族的藩屬地位而恢復了蒙古的統一。接著，都哇和察八兒之間發生爭吵；都哇囚禁了察八兒，逼他交出東、西察合臺汗國（約1306年）。都哇死（約1306－1307年）后，察八兒約于1309年進攻都哇之子、繼承者怯伯（Kebek）汗，企圖以此恢復窩闊臺兀魯思對察合臺兀魯思的霸權，但是，他被怯伯開打敗，除了逃到中國大汗處避難外，別無選擇。
窩闊臺兀魯思就這樣結束了。40年（1269－1309年）來，窩闊臺汗國在它的基地塔爾巴哈臺的葉密立河畔統治著中亞，并與大元國的命運抗衡。
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