鄭樵一生專心著述，據統計達84種，但大部分已佚亡。今存僅《通志》、《夾?遺稿》、《爾雅注》、《詩辨妄》及一些零散遺文。其《通志》為一部巨著，共 200卷，分傳、譜、略3部分。20略共52卷，是全書精華。其中的《校讎略》和《藝文略》是研究中國目錄學、校讎學的重要文獻。在《校讎略》中，他從理論上闡明了圖書采訪、類例、著錄、注釋的觀點。在《藝文略》中，他突破前人所用的四分、五分、六分、七分、九分等文獻分類方法，創立了12類、100家、432種的分類體系，著錄10912部、110972卷圖書，力圖全面、系統地反映當時的文獻存亡情況，超越了前人，取得很大成就。
鄭樵的學術思想主要是"會通"、"求是"和"創新"。主張修書要據"仲尼、司馬遷會通之法"。不贊成編寫"后代與前代之事不相因依"的斷代史。他重視實踐的經驗，反對"空言著書"，認為有許多東西是書本上沒有的。他批評許多學者"只知泥古而不知有今，只知拘守而不知變化"，陳陳相因，缺乏創見。認為"詩書可信，然不必字字可信"。
往事略集
鄭樵生于北宋徽宗三年（公元1104年），他出身書香門第，從小就受到家庭較好的影響和教育，他的先世原是晉代中原南遷的望族，高祖鄭沖、曾祖鄭子堂、祖父鄭宰（熙寧三年的進士）、父鄭國器（政和年間的太學生），都是讀書和做過小官的。鄭樵是唐五官中郎將鄭莊的后裔，當年鄭莊曾與兄長鄭露和乃弟鄭淑入莆倡學，是開發莆田文化的有功之人。鄭樵的家鄉雖然處在萬山之中的莆田廣業里山區，但他從小就立下要讀盡古今書，要精通《六經》和諸子百家學術的宏偉抱負。當他剛長到16歲時，他的父親就不幸去世了。自此之后，鄭樵一直過著清貧的生活。為了克服家貧無書讀的困難，他就和從兄鄭厚一起背上包袱，向四方藏書人家求借書讀。
鄭樵在求學時，不僅僅是學習書本上的知識，而且把眼光開放到自然界各種動植物。他經常深入山間田野，拜農夫為師，從而得到了許多實際學問。他認為作為一個知識分子，不但要研究書本上的學問，更重要的是要研究天地間的各種科學知識，并勇敢地向社會提出了學習自然科學知識與學習儒家經典知識一樣重要的號召。
年輕時代的鄭樵，在刻苦追求學問的同時，還十分熱愛自己的國家。靖康元年（1126年），當鄭樵看到宋朝由于受到北方強敵金兵的侵犯，國家處于空前的危難，他就立即和鄭厚一起聯名向朝廷當權者上書，陳述自己兄弟倆的抗金志向和報國才能，并自信一旦得到朝廷起用，就能使國家轉危為安。但由于種種原因，他的愿望一直得不到朝廷重視。盡管如此，鄭樵的抗金愛國思想，一直貫穿到他生命的最后一刻。
南宋紹興元年（1131年），由于宋高宗畏敵如虎，南宋的半壁江山依然處在動蕩不安之中。這時，鄭厚在悲觀失望的同時，下山參加科舉，繼之走上了坎坷的仕途。而鄭樵則認為如此昏暗不明的仕途，會埋沒自己的讀書志向，因此他不愿下山應試。由于北方金兵在攻破北宋京都時搶走了宋朝廷的三館四庫圖書，所以鄭樵決心以布衣學者的身份，在夾?山為南宋朝廷著一部集天下書為一書的大《通史》。這時，鄭樵還是一個二十七、八歲的青年。
由于當時朝廷不允許私人修史，所以鄭樵著《通志》有三個大困難：一是如果得不到朝廷的同意，他就不能私自修史，否則就要受到官方的打擊；二是如果沒有得到朝廷提供的充足參考史料和充足的紙張筆墨，這部書就很難成功；三是如果沒有得到比當年司馬遷更為雅博的學問，這部史學巨著就難以寫好。為了得到著《通史》所需學問，鄭樵再次背起包袱，獨自一個前往東南各地求借書讀。經過三年的努力，鄭樵在三十剛出頭的時候，就讀遍東南各地藏書。當時有人稱頌他說"惟有莆陽鄭夾?，讀盡天下八分書"。
當鄭樵得到著《通史》所需學問后，就把書房搬到了夾?山中的薌林寺，開始了他漫長的修史著書生涯。為了求得朝廷的支持，他著出了一部又一部的新書，并把這些新書寄給朝廷禮部。紹興八年（1138年），鄭樵在《上方禮部書》中，明確地向朝廷提出了自己著《通史》的愿望。這時，鄭樵的淵博學問和遠大抱負得到抗金派宰相趙鼎、張浚等人的重視。然而，也就在這時，由于宋高宗重用投降派首領秦檜為宰相，所以趙鼎等人很快被秦檜排斥出朝廷，并嚴加迫害。而秦檜自紹興九年（1139年）當宰相起，一直當到紹興二十五年（1155年）。在這長達16年的漫長時間中，秦檜不但不支持鄭樵著《通史》，反而接連三次下禁令嚴禁私人修史和著述，違者以"擅修國史"罪論處。在這種殘酷的政治環境中，鄭樵所遭受的危險，可想而知。
紹興十八年（1148年），年已44歲的鄭樵遭受一個又一個厄運的打擊，先是他的胞弟鄭?不幸早亡，繼之他的幼兒鄭惕和妻子陳氏相繼死去，就在鄭樵沉浸在巨大的精神打擊時，秦檜又下了一道嚴禁私人修史和著述的禁令。這道禁令終于激怒了鄭樵，于是他在這一年的冬天，毅然背起又著成的140卷新書，徒步走到南宋京都杭州，他要直接把新書獻給皇帝，請求皇帝準許他繼續著述。然而，由于秦檜的阻撓，所以盡管鄭樵在杭州苦苦等待了一年時間，依然見不到皇帝，也得不到朝廷準許他續著的公文。鄭樵見自己著《通志》的路已被朝廷當權者堵死，悲憤不已，但也無可奈何。為了能把自己平生研究的學問傳給后人，鄭樵在回歸山林之日起，就把書房搬遷到遠離人煙的夾?山主峰側的高山虛谷中，并在夾?草堂開始著述一部遠避宋朝國史三百年的史學巨著《通志》。他要把自己心中的全部憤懣，傾注于《通志》之中。
經過數年的艱苦勞動，鄭樵終于在54歲那年，初步寫出了這部長達200卷、600多萬字的史學巨著《通志》初稿。就在他為無錢買文房四寶抄正《通志》成書而發愁時，所幸有抗金派官員王綸、賀允中、汪應辰等人舉薦，鄭樵才得以入京受到宋高宗的召對。在召對時，鄭樵見皇帝也欣賞自己的學術，就當場提出要求皇帝允許他歸山著述《通志》，以便早日把《通志》獻給朝廷。由于高宗不能體會鄭樵的一番苦心，硬是把他留在朝廷擔任一個管理文書檔案的小官。
就在這時，由于鄭樵的學術批判和科學精神，得罪了朝中的許多學士大夫，因此他們不愿意看到山林窮儒出身的鄭樵也在朝中為官，于是當即有御史葉義問出面以莫須有的罪名彈劾鄭樵，昏庸的宋高宗不分青紅皂白，竟批準了葉義問的彈劾，讓鄭樵以監潭州南岳廟的祠官回夾?山抄正《通志》。
鄭樵對自己無辜受罪是痛恨于心的。但為了《通志》，強忍人間奇辱，依然以一人之力，在高山虛谷中發憤述作。到了紹興三十一年（1161年），58歲的鄭樵終于完成這部劃時代的史學巨著《通志》的著作。這一年的夏天，當鄭樵把這部傾注他畢生心血的巨著送到杭州時，宋高宗由于戰事無暇顧及接收《通志》上殿，便讓鄭樵在朝廷擔任樞密院編修官。一生不愿在朝廷為官的鄭樵，因見這個官職可以使自己得以方便在朝中讀到許多至今尚未讀到的圖書，于是便欣然接受皇帝所封之官，隨之不顧自己年老體衰，又一頭鉆進書山學海。然而，使鄭樵萬萬沒有想到的悲劇又發生了，由于朝中學士大夫嫉恨鄭樵的高明學術，他們害怕《通志》流傳于世，于是他們就照搬葉義問誣陷鄭樵的卑劣手段，聯名上疏彈劾鄭樵。這一次高宗沒有罷去鄭樵的官職，但他很快終止了鄭樵到三館借書讀的方便，同時也不愿為鄭樵分清是非。鄭樵見自己一生清白到頭來仍要遭受如此不白之冤，忍憤不過，當即病倒在床，隨之蒙冤而逝，年僅59歲，時為紹興三十二年（1162年）三月初七日。
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