蒙古人在各等人中名列第一等。
色目人繼蒙古人之后名列第二等，主要指西域人，是最早被蒙古征服的，如欽察、唐兀、畏兀兒、回回等，另外，蒙古高原周邊的一些較早歸附的部族，也屬于色目人，如汪古部等。
漢人為第三等，指淮河以北原金國境內的漢、契丹、女真等族以及較晚被蒙古征服的、四川、云南（大理）人，東北的高麗人也是漢人。
南人為第四等，指最后被蒙古征服的原南宋境內各族（淮河以南不含四川地區的人民）。
早在大蒙古國時期，成吉思汗攻占中原后有位大臣提出將當地漢人驅趕后把中原變成蒙古人的大牧場。但成吉思汗的謀士契丹人耶律楚材以可以向漢人征收大量稅收為由反對這個計劃，該提案沒有實施。
元帝國存在等級歧視制度。一種常見的說法是將臣民分為四等，即蒙古人、色目人、漢人、南人。學術界迄今并沒有發現大元有把國民明確劃分為四等的專門法令，但這種劃分卻反映在一系列不平等的政策和規定中。比如曾規定漢人不許結社、集會、集體拜神，禁止漢人私藏兵器（例如數家才可共用一把菜刀），蒙古人被漢人打死需要償命，而蒙古人因爭或乘醉打死漢人只需“斷罰出征，并全征燒埋銀”。漢人如當兵則不許充宿衛，如當官也往往只能做副貳（雖然實際上存在很多例外情況）。這些法律規范對于漢人均不平等。
成吉思汗曾規定，殺蒙古人的償命，殺色目人的罰黃金四十巴里失（一巴里失大概折合二兩銀幣），而殺死一個漢人，只要繳一頭毛驢的價錢就可以了。遇到征伐戰爭，差別待遇較平時更甚。像1286年，為了進攻安南，征用全國馬匹，色目人三匹馬中只征兩匹；而漢人的馬，無論多少，全部征收。以后不斷征馬，每次如此，漢人的馬就成為珍品。蒙古政府有嚴厲規定：禁止漢人打獵，禁止漢人學習拳擊武術，禁止漢人持有兵器，禁止漢人集會拜神，禁止漢人趕集趕場作買賣，禁止漢人夜間走路。“甲主”以上的地方政府首長，全由蒙古人擔任。當蒙古人不夠分配，或中亞人賄賂夠多時，則由中亞人擔任。蒙古官員大多數是世襲的，每一個蒙古首長，如州長、縣長，他所管轄的一州或一縣，就是他的封建采邑，漢人則是他的農奴，他們對漢人沒有政治責任，更沒有法律責任。但實際上對于許多豪強是不適用的。雖然法令禁止漢人持有兵器，但大興史氏、易州張氏、真定董氏等待遇和蒙古貴族相差無幾。相反許多蒙古貧民生活卻很困苦，到了元朝中葉，常有大批蒙古貧民在大都、通州等地被販賣，色目人也有不少淪為奴仆的。實際還是地主階級政權。
蒙古大汗可以隨時把漢人視如生命的農田，連同農田上的漢人，像奴隸一樣賞賜給皇親國戚——親王公主或功臣之類。南宋滅亡后所舉行的一次賞賜中，少者賞賜數十戶數百戶，多者竟賞賜十萬戶。每戶以五口計，一次就得到五十萬個農奴。漢人忽然間失去他祖宗傳留下來的農田，而自己也忽然間從自由農民淪為農奴，沒有地方可以申訴。蒙古人，都可以隨意侵占農田，他們經常突然間把漢人從肥沃的農田上逐走，任憑農田荒蕪，生出野草，以便畜牧。
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