元朝制度，以中書省為最高行政機構，但是又置尚書省，與中書省并立。尚書、中書、門下三省并立雖然是沿襲前朝舊制，但元代的中書、尚書二省的職掌則不同于前代。宋朝制度，財賦官與行政官分立。元朝的財賦官與行政官則時合時分。中間經過多次變動，中統三年（公元1262年），在中書省之外，另設領中書左右部，總管財賦，由阿合馬統領。中統五年（公元1264年）罷廢領中書左右部，并入中書省，阿合馬為平章尚書省事。至元三年（公元1266年），又立制國用使司，管理財富，阿合馬為制國用使。至元七年（公元1270年）罷制國用使司，立尚書省，這段史實，《元史?世祖紀》記載甚詳，茲引如下：至元七年春正月，立尚書省，罷制國用使司，以平章政事忽都答兒為中書左丞相，國子祭酒許衡為中書左丞，制國用使阿合馬平章尚書省事，同知制國用使司事張易同平章尚書省事，制國用使司副使張惠、僉制國用使司事李堯咨、麥術丁?參知尚書省事……。二月甲申，置尚書省署。從這段記載可知，尚書省只置平章政事、同平章政事、參知政事等官，而無左右丞相�？梢娚袝�省乃制國用使司罷廢之后為代行其職而建立起來的官署：制國用使司為掌管財賦的機構，代行而置的尚書省，自然也是掌管財賦的官署。尚書省在有元一代時置時廢，與中書并立前后共三次，其變動情況大致如下：當阿合馬領中書左右部，總理財政事務時，凡事不關白中書省而直奏皇帝，獨攬財權，中書省諸官無可奈何。不久，阿合馬又設制國用使司，自任該司之長官，成為一個相對獨立的財政機構，以便于更自由行權。但是，這個機構的地位畢竟是在中書省之下，行動尚諸多不便。所以，就在至元七年（公元1270年）升制國用使司為一省，名為尚書省，想以此脫離中書省的控制而獨立。在兩省并立之后，世祖定制：“凡銓選名官，吏部擬定資品，呈尚書省，由尚書咨中書聞奏”。這個規定雖然把權力的重心移到尚書省，但是仍不能排脫中書省的制約。當時阿合馬任平章尚書省事之職，以一省長官自居而渺視中書省，選官任人，既不經吏部也不咨中書。中書右丞相安童多次在世祖面前責備他。但阿合馬固爭不已，安童只好讓步。於是，中書之權完全移到尚書省了。至元九年（公元1272年），世祖發現中書、尚書并立，弊端百出，便合兩省為一，廢尚書省，恢復中書一省之舊制。以阿合馬與張易為中書平章政事，以張惠為左丞，李堯咨、麥術丁為參知政事。這樣一來，機構雖然復舊，但掌握實權的仍然是原尚書省的一幫官員。加以至元十三年（公元1276年）以后，不置右丞相，十五年（公元1278年）以后，左丞相也成虛位。事實上，阿合馬成為中書省的長官，更加專橫跋扈。因而至元十九年（公元1282年）便被殺掉。
至元二十四年（公元1287年），諸大臣中多主張恢復尚書省，世祖許之，就于是年閏二月再置尚書省，并改天下之行中書省為行尚書省，改中書六部為尚書六部。中書省仍存在，以安童為中書右丞相，平章政事以下設官如舊，但只占虛位，并無實際職掌。十月，任命尚書平章政事桑哥為尚書右丞相。桑哥剛愎自用，任右丞相以后，更加專斷，至元二十八年（公元1291年）正月被罷，同年五月廢尚書省，再次恢復中書省總攬政柄的舊制。元武宗之世，因濫賜諸王大臣，大興土木而造成財政貧乏，鈔法紊亂。為救財政困難之計，便於至大二年（公元1309年）八月特立尚書省，以皇太子為尚書令，發行至大銀鈔，并鑄造銅錢，但終未能挽救經濟窮困之僵局。至大四年（公元1311年）武宗死，仁宗立，又再廢尚書省。總之，元代三次設立尚書省，與中書并立，皆因互相爭權，弊害百出，終被廢除，而恢復中書一省之舊制。
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