一、太平天國與拜上帝教問題。針對近年來有個別學者將太平天國的拜上帝教稱作“邪教”的觀點，陳蘊茜撰文指出，這并不是什么新觀點,清朝統治者曾“將太平天國斥為邪教”；西方傳教士“也不承認太平天國的上帝教”。作者認為：太平天國的上帝教不是邪教。這是因為：⒈邪教崇拜的多為現世的活人，而上帝教是引進的基督教，崇拜的中心是上帝；⒉邪教一般只關心本人、本教的利益，而上帝教則關心大眾命運；⒊邪教具有反人類的特征，而上帝教從來沒有讓信徒危害自己的生命，太平天國努力追求的是建立一個平等祥和幸福的人間天堂；⒋邪教鼓動信徒不惜犧牲今生的生命去換取所謂來世的幸福，而上帝教則正確地處理了現世與來世的關系。認為太平天國宗教是邪教的觀點，實際上是近年流行的歷史虛無主義的反映，旨在否定太平天國的革命歷史，值得史學界警惕（陳蘊茜：《太平天國的上帝都是邪教嗎？》載《廣西師范大學學報》2002.1期）。
二、太平天國與農民問題。太平天國運動是中國社會進入半殖民地半封建社會初期，以洪秀全為代表的農民階級探索救國救民道路的一次偉大實踐。周新國認為，太平天國運動“是因清政府的壓迫剝削，無法從根本上解決農民問題而爆發，又因提出了解決農民土地問題的綱領而興盛，最后由于無法解決現實的農民問題而敗亡”，但“太平天國時期的農民問題與當代的農民問題有著質的不同，太平天國主要是解決生存問題，現在則是發展問題”�！疤接懱教靽c中國農民問題的歷史與現狀，可以為黨和政府統籌解決當代農民問題提供可貴的歷史借鑒”（《中國太平天國研究會通訊》第9期第2頁）。朱從兵提出，要研究太平天國與中國農民問題，“需要更深入、微觀地了解太平天國時期的農民狀況，如農民的心態和訴求、鄉村內部關系、基層社會秩序和邊緣情況等，在做好這些基礎研究的前提下，才可能有系統地進行宏觀比較與把握”。龔云認為，太平天國是“一次失敗的農民自救運動”。太平天國雖然是農民建立的政權，但它后來嚴重脫離農民，因而不可能解決農民問題。當時大多數普通農民的心態值得研究（《中國太平天國史研究通訊》第9期第3頁）。
三、太平天國與宗法文化的關系問題。崔之清認為，宗法文化是中國傳統政治文化的核心，“太平天國拜上帝教看似淡化家庭和宗族的血緣關系，排拒和削弱了宗法文化，但其基本政治文化依舊是經由宗教包裝的宗法政治文化。太平天國的制度安排、權力運作都體現了這一政治理念，并主導其政治行為”。
四、太平天國失敗的經驗教訓。方之光認為，太平天國因反對清朝腐敗黑暗統治而興起發展，最終失敗卻是“一壞于驕傲，二壞于腐敗，三壞于迷信，四壞于沒有發展生產以解決軍民的糧食問題，這也是導致太平天國未能跳出歷史上周期律怪圈的主要原因”。華強對明末李自成起義和太平天國起義進行了比較研究，指出“這兩次距今時間最近而相隔兩個世紀的起義，有著驚人的相似之處，他們在反抗封建王朝的同時也接受了其專制與腐敗，得天下而不能治天下�！笨偨Y歷史經驗教訓，進行深層次的思考很有必要。朱慶葆指出，“太平天國運動的悲劇就‘悲’在太平天國代表的是小農階級，沒有接受中國傳統的宗法，也就不可能得到當時中國社會的精英???士紳階層的認同�！睆埖马樢舱J為，太平天國據守江南期間，與江南士紳群體一度建立良性互動，但由于認知能力的局限，雙方沖突日漸表面化、公開化，最終導致士人的疏離，加速了天國的敗亡。
五、太平天國史研究的反思。茅家琦認為，“自己以前在思想上總是有一個‘中國傳統社會只有農民戰爭才是推動中國歷史發展的動力’的框子，而現在重新審視發現，要推進研究，必須跳出這個框框，應該把太平天國放在中國整個歷史進程中去考慮。雖然太平天國在改變清朝政府中央與地方的權力結構以及推動社會思潮變化，促使人民群眾反滿革命斗爭方面確實有著積極作用，但社會歷史發展的動力是多元的，從某種意義上來說，農民戰爭是中國社會改朝換代的動力”。姜濤提出，“與清王朝268年的歷史相比，太平天國短暫的十幾年顯然只是其中的一段，放在大清史的學術視野里來研究太平天國，將更能揭示太平天國興亡的歷史原因”。池子華認為，“太平天國史研究還有拓寬的余地，有許多值得探討的領域，如社會史研究角度的人口、流民、婚姻、家庭、社會結構變遷等，還可以從中心走向邊緣，不僅僅著眼于太平天國本身，而是以更寬的視角，看到與之相關的如形形色色的民變事件等�！狈街饨淌谥赋觯疤教靽费芯勘仨殘猿智笳鎰諏嵉膶W風，克服急功近利的浮躁思想，打開思路，轉移視角，對各種學術問題展開多學科的綜合研究很有必要�！�
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