張差梃擊事，劉廷元倡言瘋癲，劉光復和之，疏詆發訐者，謂不當詫之為奇貨，居之為元功。昌期憤，語朝士曰：“奸徒狙擊青宮，此何等事，乃以‘瘋癲’二字庇天下亂臣賊子，以‘奇貨元功’四字沒天下忠臣義士哉！”廷元輩聞其語，深疾之。給事中劉文炳劾大學士吳道南，遂陰詆昌期。時方授檢討，文炳再疏顯攻，昌期即移疾去。既而京察，廷元輩復思中之，學士劉一?力持乃免。
天啟元年還朝。一?以次輔當國。其冬，首輔葉向高至。小人間一?于向高，謂欲沮其來，向高不悅。會給事中孫杰承魏忠賢指，劾一?及周嘉謨，忠賢遽傳旨允放。昌期急詣向高，力言二人顧命重臣，不可輕逐，內傳不可奉。向高怫然曰：“上所傳，何敢不奉？”昌期曰：“公，三朝老臣。始至之日，以去就力爭，必可得也。若一傳而放兩大臣，異日天子手滑，不復可止矣�！毕蚋吣�。昌期因備言一?質直無他腸，向高意少解。會顧大章亦為向高言之，一?乃得善去。兩人故向高門下士也。
昌期尋遷左贊善，進諭德。楊漣劾忠賢疏上，昌期適過向高。向高曰：“楊君此疏太率易。其人于上前時有匡正。鳥飛入宮，上乘梯手攫之，其人挽衣不得上。有小?賜緋者，叱曰：‘此非汝分，雖賜不得衣也�！鋸娭比绱�。是疏行，安得此小心謹慎之人在上左右？”昌期愕然曰：“誰為此言以誤公？可斬也�！毕蚋呱�，昌期徐起去。語聞于漣，漣怒。向高亦內慚，密具揭，請帝允忠賢辭，忠賢大慍。會有言漣疏乃昌期代草者，忠賢遂深怒不可解。及向高去，韓?秉政，忠賢逐趙南星、高攀龍、魏大中及漣、光斗，?皆具揭懇留。忠賢及其黨謂昌期實左右之。而昌期于諸人去國，率送之郊外，執手太息，由是忠賢益恨。昌期知勢不可留，具疏乞假，遂落職閑住。
五年春，以汪文言獄詞連及，削職提問。忠賢恨不置。明年二月復于他疏責昌期已削籍猶冠蓋延賓，令緹騎逮問。逾月，復入之李實疏中，下詔獄。昌期慷慨對簿，詞氣不撓，竟坐贓三千，五毒備至。四月晦，斃于獄。
莊烈帝即位，贈詹事兼侍讀學士，錄其一子，詔并予謚。而是時，姚希孟以詞臣持物論，雅不善左光斗、周宗建，力尼之，遂并昌期及周起元、李應升、黃尊素、周朝瑞、袁化中、顧大章，皆不獲謚。福王時，始謚文貞。
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