明萬歷四十四年(1616)進士，授章邱知縣。天啟二年(1622)，任兵科給事中，上疏諫阻太監王體乾、魏忠賢等求功蔭錦衣世襲之議。五年，出為福建按察副使，抵御“紅毛番”侵擾有功，晉升為福建布政司右參政。父喪，歸隱北山鹿田寺讀書。
崇禎三年(1630)，以原官起用。五年，升右僉都御史、山東巡撫，先駐青州調度兵食，繼督兵與叛軍作戰，因功升右副都御史。時登鎮參將孔有德等以800精銳發動兵變，橫掃全魯，奪東江戰船，克登州堅城，攻殺三巡撫數總兵，魯軍浙軍遼軍均或節節敗走或不敵瓦解。朱大典臨危授命，集結包括遼軍騎兵5000人在內的3萬大軍主動出擊叛軍，大敗輕敵的叛軍主力，殺賊將陳有時。既而乘勝圍攻登州，殺賊帥李九成，幾殲其全師。時吳三桂、劉良佐等均在大典麾下為偏將。此戰大獲全勝，為明末所少見之勝利。論功行賞，朱大典乃于六年升兵部右侍郎，仍為山東巡撫。
崇禎八年二月，流寇攻占鳳陽，毀皇陵，詔大典總督漕運兼巡撫廬、鳳、淮、揚四府。以在山東時所募健卒千人、馬千五百匹為親軍自隨，駐鳳陽。此后因“坐失州縣”、“平賊逾期”一再被貶官。崇禎十四年，總督江北及河南湖廣軍務，仍坐鎮鳳陽。在此期間，因“不能持廉”而遭到給事中方士亮、御史鄭昆貞等，詔命革職候審。
崇禎十六年，東陽縣許都聚眾叛亂，次年正月圍金華。大典子萬化募人抵御，將賊人擊退。知縣徐調元查許都所部花名冊有萬化名，言大典“縱子交賊”，東林出身的巡按左某據此上奏。于是，這位挽救了金華的忠臣居然以“通賊”和“賊去而兵不散”被下旨逮捕治罪，抄家充餉且令督賦。
時李自成攻占北京，福王于南京登基，是為明安宗。大典被召為兵部左侍郎，逾月進尚書，總督上江軍務（有所謂他“賄結阮大鋮、馬士英”等等，實在荒謬。都抄家了怎么賄賂？況且從之后的經歷看他與阮大鋮實在勢不兩立。當然阮大鋮、馬士英代表了朝廷的立場，又是反東林的代表，大典服從他們的命令，是應該的）。
建州人大舉南下，安宗被擒。大典見事不可為，遂率軍還鄉，據府城固守。明將方國安率眾南奔，馬士英、阮大鋮亦在其軍。方國安本與大典有隙，阮大鋮使人向大典索餉四萬兩未遂，遂圍攻金華。魯王監國傳旨至，始解圍。魯王以之為文華殿大學士，建行臺督師，轄金華、蘭溪、湯溪、浦江四縣。從此大典成為一支獨立的抵抗力量，受命堅持浙西。不久唐王在福建登基，是為明紹宗，授大典為東閣大學士，督師如舊。
隆武二年(1646)三月，滿人攻克浙東，兵臨浙西，阮大鋮馳書招降，大典裂書并殺招撫使，與部將固守金華。滿軍圍攻城兩旬，后阮大鋮知西門新筑土未堅，以炮專攻其處，城崩。大典家中婦女先投井自殉，自己攜火繩與子孫、賓客聚于火藥庫中引爆殉國。城陷后，滿兵屠城三日，死者不可勝數。乾隆四十二年，謚烈愍。
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