擊敗噶爾丹，蒙古歸一統
在公元17世紀初，漠北的喀爾喀蒙古（大致分布在今蒙古國境內）分為三部：土謝圖汗、車臣汗和札薩克圖汗。康熙二十七年（公元1688年）三部發生內亂，準噶爾王噶爾丹乘機入侵。三部聯合抵抗，但領土仍被噶爾丹侵占，只得南遷漠南（今內蒙古），投入清朝求援�？滴醵拍旮翣柕みM擾漠南，康熙帝下令親征，開始了對噶爾丹的全面反擊。清朝對噶爾丹的反擊不僅是為了保衛漠南，收復漠北，而且關系到自己的生存。因為當時準噶爾的勢力已經非常強大，成為清朝最大的威脅。
準噶爾是瓦剌的一部。瓦剌到清朝被稱為衛拉特，亦作額魯特、厄魯特，在17世紀初分為杜爾伯特、準噶爾、土爾扈特、和碩特四部，先后并吞了亦力把里、吉利吉思、哈薩克、葉爾羌、土魯番諸部。其中和碩特部的固始汗一支，自今新疆烏魯木齊一帶遷至今青海和套西（河套以西，今內蒙古蹬口以西地），于1642年（明崇禎十五年）率軍進入西藏，滅了藏巴汗，與五世達賴喇嘛共治西藏。準噶爾部興起后，強占了和碩特部原有的自今伊犁至烏魯木齊的牧地，迫使土爾扈特部從塔爾巴哈臺附近的雅爾（今哈薩克斯坦塔爾巴哈山以南、阿拉湖以北一帶）西遷到額濟勒河（今伏爾加河）下游，脅迫杜爾伯特部（原在額爾齊斯河上游）中的輝特部遷往塔爾巴哈臺。到17世紀70年代以后，準噶爾部實際上控制了其他三部（土爾扈特部西遷后為輝特部），占有的地域包括今新疆、西藏、青海、四川西部、甘肅西部、內蒙古西部和北部以及境外西起巴爾喀什湖、帕米爾高原，東至蒙古高原的廣大范圍。
康熙二十九年（公元1690年），清軍在烏蘭布通（今內蒙古赤峰市西北）大敗噶爾丹。次年，康熙帝到多倫撫慰喀爾喀各部，并正式任命各部首領，編審成旗，建立了與內蒙古一致的行政區劃。康熙三十五年，康熙帝再次親征，大破噶爾丹軍，收復了蒙古高原，喀爾喀三部回到漠北。至此，內外蒙古完全統一于清朝。
當時，噶爾丹之侄策妄阿拉布坦占有阿爾泰山以西各地，受到噶爾丹壓迫的和碩特部青海各部乘機脫離噶爾丹。康熙三十六年，清軍繼續深入，噶爾丹自殺。康熙三十七年，和碩特部固始汗第十子達什巴圖爾降清，青海和套西歸入清朝版圖。
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