提起蔡元培，人們首先想到他是北大校長，是毛澤東所贊譽的“學界泰斗，人世楷�！�，是他在北大提出的“思想自由，兼容并包”的辦學方針。不過，在巨大的光環下，很多人不知道他還有一個鮮為人知的身份??刺客。
清朝末年，由于清政府的腐敗無能、喪權辱國，各地愛國志士紛紛組織愛國團體進行革命活動。1902年4月，由蔡元培、葉瀚、蔣智由等發起，在上海成立中國教育會，該會“以教育中國男女青年開發其知識而增進其國家觀念，以為他日恢復國權之基礎為目的”。1902年暑期，留日學生因要求學陸軍，遭到清政府反對，留日學生被日本警察強行遣送回國。國內外志士非常憤慨，教育會就準備自辦學校，培養人才。同年11月，南洋公學100余名退學學生辦愛國學社，得到教育會的資助。這一年的冬天，教育會又興辦愛國女學。
中國教育會每周率領愛國學社社員至張園開會演說，宣傳革命，聽眾有1000余人，震動東南各省。教育會還組織學生義勇隊，進行軍事訓練;在所辦的學校設物理、化學課，研制炸藥，以便準備暴動。中國教育會遂由新學界的中心轉變為江浙一帶宣傳革命的中心，也是各地革命者秘密接頭的機關。
1904年上半年，在和黃興領導華興會的同時，以楊篤生為首的東京留日學生軍國民教育會秘密成立了“暗殺團”，打算從暗殺下手，行刺清廷的實際掌權人慈禧太后。暗殺團成員何海樵回上�；顒樱榻B蔡元培入團。蔡元培認為，暗殺需要自制方便、秘密、快速而且容易偽裝隱蔽的武器，他決心研制化學毒藥。要研制化學毒藥就需要有懂化學的人，他馬上又將愛國女校的化學教師鐘憲鬯、俞子夷吸收入暗殺團。在加入暗殺團時，舉行了類似會黨的“歃血為盟”的莊嚴儀式。據蔡元培敘述：“開會時，設黃帝位，寫誓言若干紙，如人數，各簽名每紙上，宰一雞瀝血于紙，跪而宣誓，并和雞血于酒而飲之。其誓言則每人各藏一紙。乃教授制炸藥法，若干日而畢�！�
俞子夷配制出氰酸，蔡元培弄來一只貓，強迫灌下幾滴，貓即中毒而死。后來蔡元培又認為液體毒藥使用還不太方便，易被人發覺，如能改成固體粉末更好，于是急去書店買了一批藥物學、生藥學和法醫學書籍，親自領導研究。
不久，蔡元培覺得還是用炸藥更好一些，隨即轉向研究炸藥。他帶領研制小組日夜攻關，終于自制出了一種體積小、威力大的炸藥。另外，蔡元培認為女子去實行暗殺比男子更隱蔽些，因而他在愛國女校特別注重化學課的講授，以便培養暗殺種子。
1904年10月下旬，華興會的黃興計劃在慈禧太后生日之際，在長沙發動起義，因計劃泄密，起義失敗。黃興等逃到上海，同楊篤生、陳天華、張繼等人策劃再次起義。11月19日，萬福華在上海行刺前廣西巡撫失敗，被捕入獄。次日，章士釗到監獄探望，暴露了目標，暗殺團的秘密駐地上海余慶里被查抄，黃興、張繼等十余人被捕，于是上海的一些革命志士包括蔡元培只好暫時躲藏起來，上海的暗殺活動告一個段落。蔡元培短暫的刺客經歷也告結束。
1884年，17歲的蔡元培考取秀才;1889年，中舉人;1890年，蔡元培23歲時，進京會試得中成為貢士，未殿試;1892年，蔡元培25歲時，經殿試進士及第，被點為翰林院庶吉士;1894年，光緒甲午二十年蔡元培27歲時，春應散館試，得授職翰林院編修。這樣一個朝廷自己培養出來的知識分子怎么會變成針對朝廷的“窮兇極惡”的刺客殺手呢?要知道，他從小接受的就是忠君報效朝廷的思想教育。
清朝末年，內憂外患。以譚嗣同為代表的有識之士希望朝廷自身通過和平的改良手段(類似于日本的明治維新)走向富國強兵。人民曾寄希望于有光緒皇帝支持的戊戌變法能夠改變封建專制體制，實現君主立憲。但由于變法觸動了以慈禧為代表的保守派的利益，1898年的百日維新換來的只是戊戌六君子的六顆血淋淋的頭顱。有識之士對朝廷抱有的一線希望徹底破滅，于是通過暴力推翻清廷逐漸成為社會的共識和行動，而暗殺只不過是革命力量弱小時不得不選擇的暴力手段之一。它與大規模的武裝起義相輔相成，互相補充。
蔡元培非常敬佩譚嗣同，譚嗣同因為變法而殺身成仁，這極大地打擊了蔡元培對清廷的信任。他已經意識到，愛國與忠君不能混同，忠于腐敗的朝廷等于禍國殃民。當他看到所忠之君所愛之朝廷已經無可救藥的時候，他選擇了革命，并毅然加入到反對朝廷的革命隊伍里。不管是什么手段，只要于推翻朝廷有幫助，就毫不猶豫地接受和參與，當刺客已無關名節，搞暗殺再不是羞恥。
其實，和蔡元培有同樣思想和行動的人不是一個兩個，而是一群人，一代人。他們也都不是普通的草莽英雄，而是朝廷培養出來的知識分子。孫中山、黃興、章太炎、汪精衛、徐錫鱗、秋瑾、仇鰲、陳其美、陳炯明……幾乎囊括了中國近現代史上的大多數名人。共產黨的創始人陳獨秀也參與了蔡元培的暗殺活動。陳獨秀在《蔡孑民先生逝世后感言》中回憶：“我初次和蔡先生共事，是在清朝光緒末年。那時楊篤生、何海樵、章行嚴等在上海發起一個學習炸藥以圖暗殺的組織。行嚴寫信招我，我由安徽一到上海，便加入了這個組織。住上海月余，天天從楊篤生、鐘憲鬯試驗炸藥。這時孑民先生也常常來試驗室練習，聚談�！�
中國歷史上的知識分子向來是以文弱書生的面目出現，手無縛雞之力，自怨自艾。但是，到清朝末年，中國先進的知識分子開始發威了。他們組織了幾十個暗殺團體，制造了許多針對清廷高官的暗殺事件。比較著名的有：
1905年，吳越身綁炸彈，混上火車，要炸出國考察的“五大臣”。由于炸彈不慎提前爆炸，吳越英勇犧牲。孫中山稱贊他“浩氣長存”。
1907年7月，徐錫麟在安慶巡警學堂畢業典禮上，毅然拔槍，連發七彈，射殺巡撫恩銘。次日，徐錫麟被斬首剖心。孫中山題贊：“丹心一點祭余肉，白骨三年死后香”。
1910年，汪精衛刺殺攝政王載灃，他和幾個革命同志一起在攝政王經過之處埋下了一個能裝四五十斤炸藥的大桶。炸藥被清兵發現，但是由于清廷打算表現寬宏大量，這起未遂謀殺案被寬大處理：汪精衛被判處無期徒刑，很快民國成立，他也光榮出獄。倘若他死在這場刺殺案中，他將成為烈士，而不是一個漢奸。
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