明世宗為人猜忌刻薄，凡是敢于說真話，如楊繼盛這樣愛提意見的官員，不是被殺頭、監禁，就是被革職、充軍。因此，后來沒有人再敢批評他。但是到嘉靖四十五年，晚年的明世宗遇到一個不怕死，敢于揭他痛處的官員——海南瓊山人海瑞。
此時，嚴嵩父子雖然倒了臺，但貪污腐化，吏治敗壞的風氣沒有絲毫改變，明世宗仍然沉溺在求仙問藥之中。老百姓越來越窮困。海瑞當時任戶部主事，他要上一道奏章，希望皇帝從迷信中醒悟過來。
他知道，奏章呈上去，就會有殺身之禍。但他決心已下，就事先遣散了家人，安排好后事，又給自己買了棺材，訣別了妻子，才將他的奏章呈進宮去。
明世宗倒是耐著性子讀完了他的奏章�？墒撬娇丛綒�。那上面寫道：
“陛下即位之初確做過些好事，可是后來卻沉溺在神仙和仙藥中，追求長生不老�？墒菆颉⑺�、禹、湯、文、武這些古圣賢，還有秦、漢那些自稱有仙術的方士，至今還有在的嗎?陛下叫人到處采購煉丹的藥材，又大興土木，修建道宮，耗盡了民脂民膏，弄得民窮財盡。怪不得現今老百姓都說：陛下年號叫“嘉靖”，是家家戶戶干干凈凈的意思。陛下二十多年不上朝，濫派官職，跟親人、官員不見面，猜忌、殺戮臣下，弄得國弱民窮，君道不正，臣職不明，形勢非常嚴重。陛下自比為堯、舜，臣下以為連漢文帝都不如……”
明世宗氣得七竅生煙，將奏章狠狠地摔在地上，大喊道：“趕快把這個家伙抓起來，別讓他逃跑了!”
宦官黃錦說：“聽說這個人不怕死，做官清廉。他自知觸犯陛下，活不成了，已經安排好后事，準備好棺材，不會逃跑的。”
明世宗沉默半晌，再將奏章拾起反復閱讀，覺得海瑞的話多少有些道理，自言自語連聲嘆息說：“這個人倒像比干，只是朕還沒有商紂王那么壞吧!”他好幾個月沒有作批復。
但明世宗后來還是下旨將海瑞抓了起來。不過，才過了兩個月，明世宗就死了。他的兒子明穆宗即位，才將他放出監獄，恢復了官職。
海瑞，號剛峰。小時候家中很貧窮，所以他能體會窮人的痛苦。他沒中過進士，開始僅做縣學的教諭(學官)。到任后，他就革除學生向教官送禮送酒食的習俗。提學御史視察縣學，縣官與其他教官迎接時都下跪，唯獨海瑞不下跪，只作揖。他說：學校是教學的地方，不是衙門，教師不該給長官下跪。
后來海瑞做浙江淳安知縣，帶頭廢除官員們許多濫收的費用，又嚴格執行迎來送往時不許鋪張浪費、不許贈送禮物的規定。有一回，嚴嵩死黨鄢懋(ｙ�。睿�àｏ)卿以御史的身分，到江南視察，他表面上發出文告，叫地方官員不要送禮，不要鋪張浪費，實際上卻暗示要吃山珍海味，要收受好處。
消息傳到淳安，海瑞自然不愿迎合他。他親自給鄢懋卿寫了封信，說：“讀了大人的文告，知道大人喜歡簡樸、不愛拍馬屁。我相信大人說的都是真心話。但是我聽說，大人南下，沿途各處都為大人辦了豐盛的酒席，每桌三四百兩銀子，很闊綽，連便壺都是銀子做的。這大約是那些地方官員沒有真正領會大人的本意，以為大人心口不一，實際是個喜歡巴結，講究排場的浮華之徒吧?”
鄢懋卿氣得臉發紅，手發抖，但只好不去淳安了。
還有一次，浙江總督胡宗憲的兒子路過淳安，嫌驛館招待不周，將管事人倒吊起來毆打。
衙役慌慌張張跑到縣衙門稟報。海瑞說：“有辦法對付。”便帶著衙役來到驛館，叫人先將胡公子抓起來，又從他的行李中搜出幾千兩銀子。胡公子大喊大叫：“海瑞，你好大膽，敢抓堂堂總督公子!”
海瑞笑著說：“總督大人有布告，再三告誡屬下各州縣，迎接上官，不得鋪張。這個人如此猖狂，還有大批來歷不明的銀子，一定是冒充的胡公子，敗壞總督的名聲，必須嚴辦!”他命令將銀子收進國庫，另寫了封信，連人送到杭州，請胡宗憲發落。胡宗憲是啞巴吃黃連，有苦說不出，只好將自己兒子臭罵了一頓。
公元1569年，海瑞出任江南巡撫。有錢有勢的人家，聽說海瑞來了，都夾緊了尾巴，有的躲避到別的地方去，有的把自己朱紅的大門漆黑，減少人們的注意。海瑞強迫那些擁有大量土地的豪強大戶將強占的土地退出來，分給窮人，而且先拿當朝首輔徐階家開刀。他還領導疏浚了蘇州的吳淞江、常熟的白茆(ｍáｏ)河。
海瑞的施政措施，獲得民眾擁護，卻遭到官僚地主的反對。由于不斷遭到排擠，海瑞被迫辭官回到家鄉。公元1583年，他才被起用為南京吏部右侍郎，這時他已是七十二歲的老人了。但他仍勤勉地操勞著，直到死在任上。
他一生沒有置過田產。死時，家中只有十多兩俸銀。還是同僚湊錢為他辦的喪事。
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