1636年，皇太極將國號改為 “清”，同時也改元“崇德”。1644年李自成攻入北京，明朝覆滅。清軍一路屠殺，收買漢奸，逐步攻取全中國政權，最終建立統一中央王朝——清朝。清軍入關之初，為了鞏固統治，從外貌上消除漢滿差異，防止激起漢人知識分子的華夷之辨，下令“剃發易服”。但是剃服令卻激起了漢人民眾強烈的排斥反抗，清軍對漢人民眾進行了殘酷的屠殺，從北殺到南，制造彌天大罪，導致人口銳減，社會經濟文化倒退。清代廣泛實施文字獄，鉗制知識分子思想。

　　在穩固統治之后，清帝逐漸進行補救。先后追尊崇禎帝廟號，興建帝陵等。在官方史書中，亦悲憫崇禎帝“非亡國之君”。稱李自成“流寇"等。清軍入關之初的屠戮和文字獄客觀上是使得中國經濟文化倒退，社會進一步走向保守，封閉，中國近代積貧積弱由此出。

　　康熙時期，準噶爾部首領噶爾丹在俄國政府的慫恿支持下，于康熙二十七年(1688)進攻喀爾喀蒙古，并借口追擊土謝圖汗部余眾，進軍內蒙古烏朱穆沁。 康熙帝3次率軍親征漠北。二十九年七月，他親自進駐博洛河屯(今河北隆化)節制全軍。八月一日兩軍在烏蘭布通(今內蒙古克什克騰旗境內)交戰。噶爾丹僅率數千人逃回科布多。

三十四年五月，東犯克魯倫河(今蒙古國境內)以北巴顏烏蘭。三十五年五月，康熙帝命費揚古統帥清軍在昭莫多(今蒙古烏蘭巴托南之宗莫德)與噶爾丹主力軍隊激戰竟日，噶爾丹軍陣大亂，清軍追擊30余里，殲敵數千。噶爾丹率殘部倉皇西逃。次年春，康熙帝親赴寧夏，進剿噶爾丹殘部。同年三月，噶爾丹暴病而亡。繼噶爾丹成為準噶爾部首領的策忘阿拉布坦，于五十五年進犯西藏。次年十一月攻占喇薩(今西藏拉薩)，造成西藏地方動亂。五十九年八月，清軍進入喇薩，控制西藏政局，準噶爾殘部逃回伊犁。

　　雍正時期，雍正五年(1727)噶爾丹策零繼策妄阿拉布坦為準噶爾首領后，即遣使清廷要求派人入藏熬茶(向喇嘛寺廟發放布施)，清政府未允其請，并令噶爾丹策零將發動叛亂的青海和碩特部貴族首領羅卜藏丹津送回。一年之后， 雍正帝決意出兵準部。八年，噶爾丹策零押送羅卜藏丹津的隊伍行至中途，探知清軍西進來討，便返回伊犁。九年六月噶爾丹策零大敗清軍。十年六月，噶爾丹策零進掠克魯倫地區，與清軍相遇，雙方在額爾德尼昭(光顯寺)激戰，準噶爾軍隊中伏被圍，僅噶爾丹策零等率殘部突圍。

　　乾隆時期，清政府為了完成對西北邊疆地區的統一，曾兩次出兵準噶爾部、進軍伊犁。乾隆十年(1745)噶爾丹策零死。十七年達瓦齊在阿睦爾撒納支持下奪取了準噶爾部統治權，不久兩人又發生火并。十九年阿睦爾撒納投清。清政府決定進軍伊犁。二十年五月，達瓦齊退守格登山(今新疆昭蘇縣松柏邊卡)，遭清軍夜襲，達瓦齊越天山奔南疆，在烏什為回部霍吉斯擒獲，押交清廷。八月，阿睦爾撒納發動叛亂。清政府于二十一年三月占領伊犁，阿睦爾撒納逃入哈薩克阿克賚牧地。

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