鄭成功領有臺灣之后，建立了臺灣第一個漢人政權，也帶來一波漢人移民潮。鄭成功雖然在攻下臺灣的同一年逝世，但繼位的鄭經與鄭克?持續統治臺灣21年，并在陳永華的規劃之下，引進中國明制的宮室、廟宇和各種典章制度，奠定了臺灣在日后成為一個以漢民族文化為主的社會，而不僅僅是另一個海外華埠。因此有學者形容此役“決定臺灣爾后四百年命運”。

　　在荷蘭東印度公司方面，失去大員這個據點之后，“東南亞?大員(對中國轉口)?長崎(日本)”的商路中斷，對中國貿易量也急遽減少，損失甚大。荷蘭東印度公司數度企圖恢復這條航路，因而與清廷聯手攻打鄭氏。

　　1663年清荷聯軍攻打金門和廈門，此時鄭成功已死，鄭軍領袖為鄭經。雙方在金門烏沙港交戰，鄭軍落敗，先撤往銅山，不久之后全軍轉往臺灣，完全失去在大陸的根據地。但此役之后清廷僅贈送銀兩與禮物給東印度公司，并未派兵協助攻打臺灣。

　　1664年8月，東印度公司占領雞籠。同年11月，荷蘭艦隊與清靖海將軍施瑯率領的水師組成聯軍，準備攻打臺灣，但一出海面便遭遇大風浪被迫折回。此后清廷對攻臺轉趨消極，東印度公司也因為連年軍事行動造成財政困難，雙方皆不再對臺灣采取軍事行動。此外，由于清廷厲行海禁，東印度公司在基隆的據點幾乎無利可圖，維持費用卻十分龐大，因此于1668年7月自行放棄撤出。

　　至于大員長官揆一則因為投降而受到審判，被軟禁于班達(Banda)群島，直到1674年家人以25000荷盾將他贖回。1675年他出版《被遺誤的福爾摩沙》一書為自己辯護。

　　鄭成功收復臺灣的軍事斗爭，是中華民族反對外來侵略的成功嘗試。通過這一斗爭，驅逐了荷蘭殖民者，維護了中華民族的利益，捍衛了中國主權和領土的完整，因而具有極其重大的歷史意義。

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