有一次他游蕭山，遇見兩個兵卒搶掠兩個女子，他對清兵先是好言相勸，然后奪刀殺死兩名清兵，并護送女子還回，他不得已逃匿江湖。1659年（清順治十六年），入旗籍，隸屬漢軍鑲紅旗。1663年（康熙二年），八旗鄉試，姚啟圣考中舉人第一名，被任職為廣東香山知縣。1668年（順治七年），新任廣東總督盧興祖揭發平南王尚可喜等廣東官員走私澳門，而且大多從香山縣境出海。清政府以“擅開海禁、私通澳夷”的罪名將姚啟圣革職并判處死刑。后來遇大赦，在廣東經商為生。
1673年（康熙十二年），平西王吳三桂在云南宣布獨立。次年，靖南王耿精忠和平南王尚之信也分別于福建和廣東叛清。鄭經派人從臺灣渡海而來，在福建招納歸部。清政府急命康親王杰書南下浙江，指揮東南平叛軍務。姚啟圣捐資募兵數百人，投效康親王，得以復任諸暨知縣。姚啟圣善于揣摩康親王的意圖，屢獻奇謀，親王非常器重他。1675年（康熙十四年），因軍功升為浙江溫處道僉事。
1676年（康熙十五年九月），清軍擊敗浙江、江西境內的耿精忠部隊，分幾路進入福建。姚啟圣為清軍前鋒，耿精忠見勢不妙，想要投降清朝，但又擔心清政府不會接受，所以猶豫不決。姚啟圣單騎到福州勸降，胸藏韜略，議論恢閎。耿精忠瞻其風儀，深為折服，說：“是殆李抱真之流，定不欺我”，于是決定投降。從此，福建清軍得以全力對付鄭經，姚啟圣以功升福建布政使。
1677年（康熙十六年），姚啟圣隨清軍先后收復被鄭經部占據的邵武、興化、泉州和漳州等地，兵臨廣東潮州。據守潮、惠的鄭經大將劉進忠派陳文?謁康親王，窺探虛實。姚啟圣與陳文?有舊交，合謀招撫劉進忠。六月初六日，劉進忠率部剃發降清。下半年，吳三桂將領韓大任在江西久攻不利，突圍到汀州，準備下海投靠鄭經。姚啟圣認為韓大任是驍將，更不可以讓他成為敵方將領，又單騎到他的軍營進行勸降。1678年（康熙十七年二月），韓大任降清，姚啟圣選其精銳2000人作為親軍。
同年春，鄭經用劉國軒、吳淑、何佑等統兵反攻，連戰全勝，在海澄圍困住了清軍主力。福建總督郎廷相見勢不妙，要求康親王急調姚啟圣部來援救，表示讓位于他。六月，清廷任命姚啟圣為福建總督，籌解海澄之圍。沒過幾天，海澄食盡城陷，3萬清軍全部被殲，形勢極為嚴峻。姚啟圣連上十疏，請調各路大軍赴援，并密陳鄭經所以能在福建唐突，是因為福建人為他所用，建議應當先穩定福建民心，敵將自退�？滴醯劭吹胶蠓浅８吲d，對諸閣臣道：“現在閩督得到了合適的人選，賊可平矣。”特降璽書褒揚。
同年七八月，姚啟圣遣兵間道收復平和、漳平，并調各路援軍逼近泉州。九月，劉國軒放棄泉州，集中兵力轉攻漳州。姚啟圣和耿精忠等合兵8000人出城迎戰，沖破劉國軒的營壘，俘斬4000余人，扭轉福建戰局。姚啟圣率部乘勝進攻，連克長泰、同安，劉國軒退守海澄。鑒于海澄與廈門、金門、海壇相首尾，不可猝下，姚啟圣先后派遣張雄和黃志美到廈門與鄭經議和，都沒成功。年底，姚啟圣奉命在福建再行遷界。于是，“上自福寧，下至詔安，趕逐百姓重入內地，或十里，或二十里。”在界線上安營扎寨，嚴禁百姓提供物資接濟鄭軍。
1679年（康熙十八年）春，姚啟圣在漳州設立修來館，專門招撫鄭氏官兵，凡來投誠者一律發給銀牌以示獎賞。有官職的上報吏部以原職起用，有逃走再來冒領獎賞者也不追究。兩年內，共招撫明鄭官員5153名，士兵35677名，或就地入伍御敵，或隨行征剿，推心置腹不疑，異于郎廷相之懷疑閩人而不敢用。姚啟圣奏請復設福建水師提督，統一指揮各地水師；又與巡撫吳興祚造船300艘，用投誠的鄭氏官兵充水師員弁，很快組成2萬余人的水師隊伍。
1680年（康熙十九年二月），福建水師提督萬正色率艦隊攻克海壇，姚啟圣等也督師收復海澄，并乘勝渡海，收復金、廈二島。鄭經僅率千余殘兵逃回臺灣。當時，鄭經的水師主力在朱天貴率領下仍聚集于銅山，有船300艘，人員2萬多。姚啟圣急忙派人趕到銅山招撫，朱天貴率部投誠。姚啟圣以功升兵部尚書、太子太保兼都察院右副都御史。
姚啟圣勤于公務，事無大小皆親自處理。入閩時年54歲，發濃黑，兩眼如炬，任總督后，僅3年時間，鬢發皓白。姚啟圣除處理軍務外，也關心地方行政。當時，大批八旗兵駐扎福建，經常騷擾居民，“淫其妻女，系其老幼，喑惡叱咤。稍不如意，?楚橫至，日有死者”。姚啟圣蒿目傷心，在鄭經退至沿海島嶼時，就上疏要求調回八旗軍隊，及至廈門克服，請益力，終將大部旗兵調離福建。旗兵撤離時，將驅使被虜掠的2萬余名百姓同行，姚啟圣又以重金賄賂康親王，請其下令：“軍中敢有挈歸良民男婦者斬。”并出資30萬兩銀子，贖回被擄百姓，讓其回鄉。在收復沿海島嶼后，即請“開海界，復民業”，以使閩人重獲“耕漁衣食之資”。
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