蘇武出使匈奴的第二年，漢武帝派貳師將軍李廣利帶兵三萬，攻打匈奴，打了個大敗仗，幾乎全軍覆沒，李廣利逃了回來。李廣的孫子李陵當時擔任騎都尉，帶著五千名步兵跟匈奴作戰。單于親自率領三萬騎兵把李陵的步兵團團圍困住。盡管李陵的箭法十分好，兵士也十分勇敢，五千步兵殺了五六千名匈奴騎兵，但是匈奴兵越來越多，漢軍寡不敵眾，后面又沒救兵，最后只剩了四百多漢兵突圍出來。李陵被匈奴逮住，投降了。
李陵投降匈奴的消息震動了朝廷。漢武帝把李陵的母親和妻兒都下了監獄，并且召集大臣，要他們議一議李陵的罪行。
大臣們都譴責李陵不該貪生怕死，向匈奴投降。漢武帝問太史令司馬遷，聽聽他的意見。
司馬遷說：“李陵帶去的步兵不滿五千，他深入到敵人的腹地，打擊了幾萬敵人。他雖然打了敗仗，可是殺了這么多的敵人，也可以向天下人交代了。李陵不肯馬上去死，準有他的主意。他一定還想將功贖罪來報答皇上�！�
漢武帝聽了，認為司馬遷這樣為李陵辯護，是有意貶低李廣利（李廣利是漢武帝寵妃的哥哥），勃然大怒，說：“你這樣替投降敵人的人強辯，不是存心反對朝廷嗎？”他吆喝一聲，就把司馬遷下了監獄，交給廷尉審問。
審問下來，把司馬遷定了罪，應該受腐刑（一種肉刑）。司馬遷拿不出錢贖罪，只好受了刑罰，關在監獄里。
司馬遷認為受腐刑是一件很丟臉的事，他幾乎想自殺。但他想到自己有一件極重要的工作沒有完成，不應該死。因為當時他正在用全部精力寫一部書，這就是我國古代最偉大的歷史著作──《史記》。
原來，司馬遷的祖上好幾輩都擔任史官，父親司馬談也是漢朝的太史令。司馬遷十歲的時候，就跟隨父親到了長安，從小就讀了不少書籍。
為了搜集史料，開闊眼界，司馬遷從二十歲開始，就游歷祖國各地。他到過浙江會稽，看了傳說中大禹召集部落首領開會的地方；到過長沙，在汨羅江邊憑吊愛國詩人屈原；他到過曲阜，考察孔子講學的遺址；他到過漢高祖的故鄉，聽取沛縣父老講述劉邦起兵的情況……這種游覽和考察，使司馬遷獲得了大量的知識，又從民間語言中汲取了豐富的養料，給司馬遷的寫作打下了重要的基礎。
以后，司馬遷當了漢武帝的侍從官，又跟隨皇帝巡行各地，還奉命到巴、蜀、昆明一帶視察。
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