所謂“大內檔案”，是指存放在紫禁城內閣大庫的檔案。清代內閣，在雍、乾之前，為國家庶政中樞，雍、乾之后，雖軍政大權旁落軍機處，但仍為清帝承宣諭旨、進呈題奏、舉行典禮及收藏檔案文書的重要機關。其所屬內閣大庫是明孝宗時修建的，清朝繼續延用。庫內的檔案材料十分龐雜，有詔令、奏章、朱諭、外國表章、歷科殿試卷子以及其他文件，還有清初由盛京移來的舊檔、部分明末檔案，是研究明清歷史的珍貴資料。清時就被人們視為秘藏之物，甚至“九卿、翰林有終生不得窺其一字者”。王國維說：“三百年來，除舍人、省吏循例編目外，學士大夫，罕有窺其美富者�！�
1898年(光緒二十四年)，大庫由于年久失修，滲漏嚴重，內務府決定修繕。議工期間，值八國聯軍入侵，事遂停頓，一拖十年。1909年(宣統元年)，有一個庫房塌了一個角，其他庫房也很危險，必須馬上修繕，庫內幾百萬件檔案被搬了出來。一部分年代近一點的檔案移至文華殿，另一部分被認為年代久遠，沒什么大用處的，準備焚毀。
這事被著名考古學家羅振玉知道了，羅當時為清朝學部參事。一天，他赴內閣辦事，見庫垣中檔案文籍如山。順手取來一束，打開一看，是關于督漕的奏摺，又打開一份，是一份征金川的奏摺，都是頗有價值的。他趕緊請張之洞奏準罷毀。張當時是大學士、軍機大臣，兼管學部，他就委派羅振玉處理這批檔案。羅將其中一部分主要是歷科殿試卷收藏于學部后樓，其他檔案裝成了八千麻袋，移到清王朝所稱太學的國子監敬一亭里。
辛亥革命爆發后。北洋軍閥政府在1912年打算建立歷史博物館，就在國子監成立了籌備處，內閣檔案是它的基本藏品。后來，博物館籌備處遷到故宮午門樓，檔案也隨之移至午門外朝房里，并有一部分堆在端門的門洞里。
這些麻袋仿佛常常減少，工役們不是國學家，所以他們將里面的寶貝倒在地上，單拿麻袋去賣錢。當時任歷史博物館籌備處主任的胡玉縉，曾經是京師大學堂的教授，他深怕這些麻袋缺多了，更怕著火，所以忙到教育部請示如何處理這批檔案。
教育部專管這類事情的是社會教育司，司長叫夏曾佑，是位歷史學家，熟于“中國歷史”。他知道，中國的一切事，是萬不可“辦”的，即如檔案罷，任其自然，爛掉、霉掉、蛀掉、偷掉，甚至于燒掉，倒是天下太平；倘一“辦”，那就輿論沸騰，不可開交了。結果是辦事的人成為眾矢之的，謠言和讒謗，百口也分不清。所以他主張這個東西萬萬動不得。就這樣，在“辦”與“不辦”之間，拖拖拉拉，“麻袋們”安穩地躺了好幾年。
1918年，傅增湘當上了教育總長，開始整理這批麻袋。魯迅說，當時之所以要著手清理是因為有人“以為麻袋里定有好的宋版書——海內孤本”。麻袋中也確有宋版書，傅增湘是有名的藏書家，他在《藏園群書題記》中有這樣的記述：“余于戊午(一九一八)長教部時，發敬一亭所庋內閣紅本麻袋，揀出宋殘本數冊，命儲之歷史博物館中。其散落于廠市者，李椒微收到數冊，余亦收得二冊�！彼伟鏁敃r的價格已是一頁一兩黃金了。
奉這位傅總長的指派，時任教育部僉事的魯迅和另外一人，搬了二十麻袋到教育部�；貋砗�，他們倆就奉命在其中尋寶。隨后又搬了若干袋。搜揀過程中，教育部官員們經常在故紙堆中來往，有時將桌上揀出的東西拿走，送還時，往往比先前少一點。有的則邊檢查邊塞到洋褲袋里。以后又清理了幾次，反正不少人來“順手牽羊”。一些工役們也手持長棍，攪著，拾取些黃綾表簽之類的東西。
“麻袋們”的厄運并沒有結束，接著就開始一次次被倒賣。1921年前后，北洋政府財政艱窘，政府各部門自籌款維持。已有幾年支不出薪水的教育部就把這批麻袋作為廢紙，稱了稱，大約15萬斤，以銀洋4000元拍賣給了西單同懋增紙店。紙店搜揀了一部分檔案出售，大部分準備運到唐山、定興去作“還魂紙”。
深知這批檔案價值的羅振玉當時在外地，有事來京，見市肆上有高麗國王貢物表，識為內庫檔案之物。他打聽到這批檔案的下落，以兩倍的價錢，把這批檔案買了下來，并準備了書庫儲存它們。羅振玉從中淘出一些珍貴秘稿史冊，擇其珍件匯刊成《大庫史料目錄》六編，《清太祖實錄稿》三種。
此時的北洋政府財政狀況比前幾年稍好一些了，看到檔案中頗有油水，又欲從羅手中購回這批檔案。清史館也想要，海外也在窺伺。羅振玉均不允，1924年，羅將它倒賣給了上文中提到的李椒微，即前駐日公使、曾任民初新參議院議長、又是大藏收家的李盛鐸。價格是1.6萬元，分量約12萬斤。
李盛鐸又在里面淘了一次，撈出了不少珍奇東西，并將其中6萬件給了溥儀。但他也沒有力量把所有麻袋都檢視一遍。1928年李盛鐸又以1.8萬元轉賣給了中央研究院歷史語言研究所。此時的檔案約10萬斤，搬來倒去，十分雜亂，完整的約五分之一。歷史語言研究所又從中選擇、編輯出版了《史料叢刊》和40冊明清史料�？箲鹎跋�，該所將部分檔案攜至南京，幾經周折，又遷到臺灣。剩下的大約5萬斤，約1700麻袋，為中國第一歷史檔案館財產，仍存放在午門樓上。這1700個麻袋一直躺到新中國成立。這批“吃之不得、棄之可惜”的“寶貝”也讓新中國有關部門和專家無奈了好幾年。直到1958年，國家檔案局成立3年多了，認為不能再讓麻袋們睡大覺了。由于事關重大，國家檔案局于當年3月份給國務院寫了報告。幾天以后，國務院副總理兼秘書長習仲勛批示，同意清理。
大規模的清理分兩次進行，第一次清理從3月12日開始。承擔清理任務的是檔案局的全體共青團員，他們提出利用業余時間，奮戰百日完成任務。為了保存資料，記錄在案，清理過程拍成了電影。
清理工作十分艱苦。這批麻袋堆在午門樓上快30年了，積滿了灰塵。“呼啦”打開一袋，灰塵撲面，連呼吸都困難。不少檔案已霉爛成團，發出一股股腐臭的味道，而且還摻雜著破布爛草、煙盒、席片，這都是當年一塊兒掃進麻袋的。當然也發現了不少有價值的東西，如明崇禎年間的科抄、行稿，清太祖努爾哈赤實錄的修改稿殘檔。這次清理得到了齊燕銘、吳晗、王冶秋、呂振羽、翦伯贊等專家學者的肯定。為了避免造成損失，專家們建議再復查一次。
第二次清理用了三個多月，參加的人員更多，有國家檔案局的干部，全國檔案學習班的學員，北京藝術學院的學生，還有北京市22中、23中、31中、43中的高中學生。
這次清理更加細致，對那些零片、碎片、殘件都沒有放過。最后，把清除的殘件進行了分類，裝成三百多袋(完整的不到十袋)，其中以吳三桂的題稿和鄭成功抗清的敕諭最有價值，其余的有1300多麻袋都為廢品。
1958年9月25日，國家檔案局給國務院寫了清查報告，并提出具體的處理建議，擬將三百余袋有價值的進行整理，大部分廢品予以銷毀。國務院領導同志當天即作了指示：“同意照辦。原銷毀的1358袋中，如果學校、研究機關有愿意拿走一部分作為標本的可以贈送�！�
至此，這經歷了半個世紀的“八千麻袋大內檔案事件”終于完結了。這批整理成卷的檔案，存放在中國第一歷史檔案館里。
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