清軍頒布剃發令，嘉定百姓拒不從命。鄉紳侯峒曾帶領嘉定紳民起義反清，清吳淞總兵李成棟立即領兵五千來攻。
嘉定城城破，李成棟下令屠城，市民之中，懸梁者，投井者，投河者，血面者，斷肢者，被砍未死手足猶動者，骨肉狼籍。 婦女們慘遭強奸。如遇抵抗，軍隊就用長釘把抵抗婦女的雙手釘在門板上，然后再肆行奸淫。大屠殺持續了一天，直到尸體堵塞了河流，大約有三萬多人遇害。李成棟率軍離開嘉定城。
但嘉定城的劫難仍然沒有結束。李成棟大屠殺后的三四天，僥幸逃脫的嘉定的幸存者開始溜回城里。他們回城后在一個叫做朱瑛的義士領導下，重新集結起來，共兩千多人。朱瑛領導著幸存者們在這座殘破的城市展開了一場反屠殺運動，處死了歸降清軍的漢奸和清軍委派的官吏。
李成棟又領著軍士直殺入城里，把許多還在睡夢中的居民殺個精光，積尸成丘，然后放火焚尸。清軍殺得興起，嘉定又慘遭“二屠”。
二十多天后，原來南明的一個名叫吳之番的將軍率余部猛攻嘉定城，周邊民眾也紛紛響應，殺得城內清兵大潰出逃。不久，李成棟整軍反撲，把吳之番數百士兵砍殺殆盡，順帶又屠殺了近二萬剛剛到嘉定避亂的民眾，血流成渠，是為著名的“嘉定三屠”。
背景介紹
提到“嘉定三屠”，還需從“剃發令”說起。對于讓漢人剃頭從滿制，清王朝本是相當謹慎的。弘光朝投降，豫親王多鐸進入南京之后，曾有這樣的公告:
剃頭一事，本朝相沿成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，爾等毋得不道法度，自行剃之。前有無恥官先剃求見，本國已經唾罵。特示。
然而，不久之后，這項政策卻發生了180度轉變。這里面有兩個原因:一是政局出人意料地進展迅速，江南半壁臣服，除了東南西南，滿清基本已控制了整個中原，安撫之策已達到目的；二是漢人官員的推波助瀾，一些業已歸順的官員們雖換了主子，倒也不甘寂寞，或自動剃發，以示忠心不二；或上書建議，以媚上謀取賞識。滿清感覺名正言順地推行滿制的時機已成熟，疑慮之心消除。六月，清軍再下剃發令，命令十天之內，江南人民一律剃頭，“留頭不留發，留發不留頭”。
但是，“身體發膚，受之父母，不敢毀傷，孝之始也。”孔子、孟子的儒家思想已經影響了古人兩千多年，古代漢族人哪肯實行剃發令！這必然引起大規模地反抗！ 書生候峒曾、黃淳耀在嘉定（今上海嘉定）揭竿而起，反抗清朝統治。
七月初一，兩軍會戰，當地的“鄉軍”雖集合了十幾萬人，但都是平民百姓，熙熙攘攘，擁擠堵塞，屬烏合之眾，毫無紀律，更談不到組織和戰斗力了，李成棟雖只有不足五千兵力，但均為裝備精良、訓練有素的精兵。結果，侯黃的“鄉軍”大敗。清軍在嘉定開始了三次白色恐怖，嘉定三屠就此展開。
經過
明弘光元年（1645）五月初九，清軍破南京，弘光帝南逃。三十日，縣令錢默出逃。
六月二十四日，清朝授縣令張維熙到任。是日，明嘉定總兵吳志葵率百人，白布裹頭，晝伏東門外時家墳，晚間各持火把逼近縣城，揚言捉拿張維熙，張逃之夭夭。二十七日，吳志葵再臨縣城，士民夾道迎接復明之師。
閏六月初七，明降將李成棟部騎兵路過境內新涇橋，大肆奸淫婦女，致死7名。初八，李成棟親率兵船百艘、馬步兵2000余名停泊縣城東關，大肆奸掠。初九，李率兵去吳淞，留偏裨將梁得勝等300名守護兵船。
十二日，清軍下剃發令，群情激憤，遠近鄉兵，競相圍攻李成棟船隊。船只及所掠財物悉數焚毀，斬殺清官兵84名。
十五日，李成棟去太倉求援，行至羅店又被鄉兵追殺，傷亡慘重。于是，李成棟瘋狂縱兵報復，濫殺無辜。
十七日，明都察院觀政、進士黃淳耀及弟淵耀，與前左通政侯峒曾及子元（玄）演、元（玄）潔倡議守城。
十八日黎明，李成棟率兵攻羅店，支洪、陸文煥率鄉兵抵御。李暗遣精兵東渡練祁，西渡荻涇，鄉兵背腹受敵，退入鎮內。時值早市，清軍入鎮屠殺。居民死難1604名。www.gs5000.cn
十九日，黃淳耀，侯峒曾集眾公議，決定劃地而守，城上高懸“嘉定恢剿義師”大旗，自制各種武器，嚴陣以待。
二十五日，吳志葵遣游擊蔡喬率兵200余名支援嘉定，扎營城外。
次日五更，遭李成棟伏兵襲擊，蔡喬戰死。李成棟引兵歸吳淞過新涇橋時，縱火焚屋，雞犬不留。
七月初一，各路鄉兵10萬余會集磚橋與清兵決戰。清兵分左右兩翼沖殺，鄉兵大敗，被追殺不計其數。李成棟部入婁塘鎮后屠殺1073名，并縱兵奸淫婦女，不可名狀。
初三，李成棟匯同太倉清兵攻城，日夜炮轟。
初四五更大雨滂沱，守城士民已露立三晝夜，飲食幾絕，漸不能支。清兵趁機急攻，破東門涌入城內。侯峒曾仍坐鎮城樓，二子急呼：“事急矣，何以為計？”侯峒曾答曰：“有死而已，所恨者枉送一城百姓耳。”急令二子離去，二子走數步又還。侯峒曾怒日；“我死國事分也，祖母在，若輩應代我奉事，戀我何為？”二子慟哭而去，至孩兒橋皆被殺。侯峒曾自沉宣家池（葉池）未死，遂被清兵殺害�！|門破，城中居民紛紛奔西門逃生，而清兵截段堵殺，居民投河死者無數�！r鎮守西門的黃淳耀見大勢已無可挽回，遂與弟淵耀騎馬至早年讀書的西林庵，對僧無等曰：“大師急避，某兄弟從此辭矣！”遂索筆疾書：“遺臣黃淳耀于弘光元年七月初四日自裁于西城僧舍。嗚呼！進不能宣力皇朝，退不能潔身自隱。讀書寡益，學道無成。耿耿不滅，此心而已！異日寇氛復靖，中華士庶再見天日，論其世者，當知予心。”書罷，見弟淵耀已縊梁間，遂縊其側�！∧祥T守將張錫眉，聞城破，偕妾投水死。身留絕命詩一首：“我生不辰，僑居茲里。路遠宗親，邈隔同氣。與城存亡，死亦為義。后之君子，不我遐棄。”另有守城將領龔用圓、龔用廣兄弟聞城破，擁抱慟哭曰；“我祖父清白自矢，已歷三世。今日茍且圖存，何面日見祖宗于地下？”語罷雙雙自溺而死�！〕綍r，李成棟入城下令鳴炮屠城。小街僻巷，無不窮搜。每遇一人，大呼獻寶，獻若不多，連砍三刀，物盡則殺。全城刀聲砉然，嚎叫之聲，動地驚天。懸梁者、投井者、斷肢者、血面者，被砍未死，手足猶動者不計其數。骨肉狼籍，遍地皆是。投河自溺者不下數千人。三日后，自西門至葛隆鎮，浮尸滿河，行舟無處下篙。血污浮于水面，高出數分。婦女若容貌不佳者必殺，有美色者生虜，于街坊當眾奸淫。若有不從，釘其手足。初六日，李成棟糾集民船300余艘，滿載所掠金帛、女子、牛馬豬羊駛往太倉�！〖味ū煌篮�，葛隆、外岡、馬陸、楊行等鎮鄉兵復聚，再議抗清，誓不反顧，并時有偷襲斬殺清兵之義舉。
二十六日五更清兵大隊至葛隆，入鎮后肆行屠殺，流血滿地，并再屠外岡鎮。
二十七日，浦嶠、浦嶂率兵再屠嘉定，逢人便殺，不分老幼，所劫財物盡載太倉。
自閏六月初，嘉定人民自發起義抗清，兩個月內，大小戰斗十余次，民眾犧牲2萬余，史稱“嘉定三屠”。
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