波斯對他來說只是他的帝國的一個省，那兒由他的弟弟旭烈兀統治。在他的眼中，波斯汗——旭烈兀（1256－1265年在位）、阿八哈（1265－1281年在位）和阿魯渾（1284－1291年在位）——只是一些從屬的汗，即高級總督伊兒汗，他們要得到他的任命，并與他保持密切聯系。忽必烈這個擁有全中國的人，原則上是突厥斯坦和蒙屬俄羅斯的宗主，以及伊朗事實上的宗主，確實如馬可·波羅所說，是真正的“大君主”，“從亞當時代至今，世界上曾有過的、統治著人民、土地和財富的最強大的君主”。
當忽必烈在亞洲的其他地區成為成吉思汗的繼承人時，在中國，他企圖成為19個王朝的忠實延續者。其他的任何一位天子都沒有像他那樣嚴肅地扮演著自己的角色。他恢復的行政機構治愈了一個世紀之久的戰爭創傷。宋朝滅亡后，他不僅保留了宋朝的機構和全部行政官員，而且還盡一切努力得到了當時任職官員們的個人的效忠。在征服土地之后，他也完成了對人們頭腦的征服，他想獲得的最偉大的名聲也許不是“他是世界上第一位征服全中國的人”，而是“第一位治理中國的人”。
交通問題，對這個龐大帝國的行政和物資供應是如此重要，受到了他的密切關注。他修復帝國道路，并在可能栽種的道路兩旁種上樹遮陽，在每隔一定的距離上建商旅客棧。20多萬匹馬分發給各驛站，用于帝國郵政。為保證北京的糧食供應，他修復和開通了大運河，使大米經運河從中國中部運往都城。為了備荒，他恢復了國家控糧的政策，這一政策在中國很早就制訂起來，在北宋統治時期，著名的王安石使之完善。在豐年，國家收購余糧，貯藏于國倉。當荒年谷價上漲時，開倉免費分發谷物。還組織了公眾救濟。1260年法令要求地方長官對老學者、孤兒、病弱者提供救濟。1271年的又一道法令號召建醫院。這些措施除了受到中國行政傳統的影響外，很可能在忽必烈的頭腦中還受到佛教影響的結果，這種影響顯然很強烈。稻米和玉米是定期分發給急需的家庭。馬可·波羅說，忽必烈本人每天就要接濟3萬窮人。
忽必烈行政管理中唯一不足的是財政方面。在宋朝的各種制度中，忽必烈發現了“鈔”，或者說紙幣的用途。他把鈔票引入流通領域，并使它成為財政的基礎。1264年，他頒布了一條法令，公布了用紙幣來計算主要商品的價值。他的第一任“理財”大臣是不花剌的穆斯林賽夷阿札兒（Sayyid Ajall，死于1279年），他似乎把鈔票的發行維持在合理的限度內。隨后繼任的幾位大臣們開始輕率行事，先是河中費納客忒〔前蘇聯塔什干西南〕人阿合馬（死于1282年），后是畏兀兒人桑哥，他們兩人實行無限制的通貨膨脹政策，使鈔票貶值。在聚斂錢財時，他們采取多次兌換錢幣的方式和建立了重利專賣的辦法。阿合馬于1282年被暗殺，他死后受到忽必烈的貶責。桑哥因貪污被處死（129年）。在忽必烈的統治之后，為了阻止原鈔票的下跌，有必要發行新的鈔票（1303年），這次是輪到新幣貶值了。
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