1938年1月14日，楊虎城夫人謝葆真攜子拯中，到達南昌。戴笠將他們秘密關押在市內的一處居所，直到半年后才讓他們與楊虎城相聚。
1938年秋，楊虎城由長沙移至益陽桃花倉，直到冬天武漢撤退時，楊虎城一家又被解往貴州的“玄天洞”。從此結束了“軟禁”，開始了正式的囚禁生活。
玄天洞是一個天然的鐘乳石大山洞，原來里面有一座道觀。“當特務們看中此處后，趕走了道士，停了香火。因為這個山洞只有一個出入口，易于警戒，戴笠還親自上山察看一番。修好供特務和憲兵住的房屋后，就將楊虎城移送過去了”。
楊瀚說：“祖父與家人在洞前只能看到的是不大一片天。楊虎城住的房屋，都裝有柵欄，室外活動，也有一定的時間，不可以隨意出入。”
白天，楊虎城可以在門口走動一下。他最愛走到離住所十幾步遠的一個山嘴去眺望通過息烽的公路。一到夜間，便不準出門，只能在屋內活動。“他在貴州關了八年，一個排的憲兵和一個20多人的特務隊，日夜在那看守，這就比張學良的關注度高得多。然后到了重慶后，就把這批人全部移到重慶去了。
1938年10月，戴笠親赴貴州視察對張學良、楊虎城的關押情況后給蔣介石的電報：
27年10月14日 戴笠
生於 八日離渝往息烽唔虎城，修文訪漢卿，各處警備頗密。
張楊情況就表現觀，楊仍好談外交及政治；張則興致所致對政治也多議論，張之情緒較佳。楊不免苦悶，而楊妻近似稍患神經但無妨。
對于看守楊虎城的工作，蔣介石曾再三叮囑戴笠不可大意。1940年戴笠又親自往息烽布置一番，便衣特務看守更加嚴密。
“到1945年，日本投降的消息傳到息烽，人們都很高興。楊虎城也希望抗戰勝利、8年的時間能夠減少蔣介石對他的仇恨，給他自由。當時就連一些特務也都這樣認為，因此對楊的態度也有改善。”楊瀚說。
1946年春天，在全國政治協商會議上，中國共產黨提出了釋放張學良、楊虎城、羅世文、車耀先等政治犯的要求。“蔣介石表面上不反對，但是暗地里趕忙下令殺了羅世文、車耀先，謊稱早已處決了；張學良被秘密押送到臺灣；楊虎城一家和兩位副官也被移到重慶特區的一個秘密處所??楊家山，繼續關押”。
楊瀚說：“這時，祖父對自由的希望全失，情緒很低落。在1947年，因為關押精神失常的謝葆真含恨去世。在長期的迫害下，我祖父說話變得很低沉，身體也消瘦下來，不久就病倒了。”
1948年秋，楊虎城患了嚴重的膽結石，住院做手術。在楊虎城生病住院期間，“保密局都有電報向蔣介石報告病情，這些電報還都保存在臺灣國史館館中”。
“在楊虎城住院期間有位醫生姓張，他在給楊虎城治病時偷偷地把從報紙上看到楊拯民在延安的消息告訴了楊虎城；楊虎城也把戴笠他們的幾次勸降，要他承認錯誤就可獲得釋放的事告訴過張醫生�！� 楊瀚說。
在李宗仁代行總統后，曾在1949年1月24日指示顧祝同釋放拘押的張學良、楊虎城。但蔣介石堅決反對釋放。毛人鳳、徐遠舉等人決定把楊虎城先轉到貴陽。徐遠舉在勸楊轉移是，楊虎城曾大發脾氣說：“李代總統要釋放我，你們為什么還要把我轉移地方？我不是小孩，今天轉這里，明天轉那里，我不走！我要死就死在這里。”
后請來了國民黨軍統局西南特區少將副區長周養浩勸楊虎城轉移，周養浩說：“蔣總裁認為如果現在由李宗仁把你釋放，你更加恨他了，所以他想把你暫時移往貴陽，不久將會把你送往臺灣，然后和張學良一起釋放。”于是楊虎城就在周養浩的陪伴下專機轉往貴陽。楊虎城等人就在麒麟洞住了近七個月。
楊瀚說：“周養浩就是蔣介石屠殺的執行者，當時執行是毛人風到重慶傳達蔣介石命令，要處決楊虎城。執行兩個人為主，一個是徐遠舉，一個是周養浩。周養浩還親自到貴州，把楊虎城說服到重慶。本來關押在貴州，但在貴州暴露了。麒麟洞是貴陽市的一個自然公園，一個很有名的風景區，本身地點就很引人注目，而且關了六個月，當地一些有層次的人就知道楊虎城在貴州了。他要殺楊虎城，還要做一個秘密殺害，讓外邊人不知道是誰做的這個事情，所以搞了個運動。本來在貴州殺就很簡單，不用說服，也不用那么多人。但是如果殺了就肯定是政府行為，它在移動中殺了就可以說成是被土匪殺了或是被共產黨殺了，都可以造這種局。”
1949年8月24日，蔣介石從廣州飛抵重慶召開會議，決定了要在重慶把楊虎城和其秘書宋綺云兩家六人秘密殺掉。
8月27日，毛人鳳在重慶羅家灣交警旅長何龍慶的公館召集徐遠舉、周養浩開會，密謀殺害楊虎城等人的計劃；同時布置周養浩到貴陽，負責將楊虎城一行押回重慶。
9月1日，周養浩到貴陽麒麟洞，騙楊虎城到重慶晉見蔣介石，然后轉押臺灣�！皩μ貏諅冞@一舉動，楊虎城也是心懷疑惑。但他沒想到蔣介石要殺害他”。楊瀚說：“當他離開了貴州，剛到了重慶，連坐都沒坐，進了屋子就被殺了，所以兩邊的人都不知道。因為執行屠殺令的除了高層知道（徐遠舉、毛人風、周養浩），劊子手并不知道。他們只知道殺的是個姓楊的。這些人大部分沒有和楊虎城接觸過，只有楊虎城在貴州關押的隊長張鵠參與了，只有他知道�！�
原國民黨西南長官公署第二處處長兼西南特區區長徐遠舉在1968年接受審訊時交待：“1949年，李宗仁宣布釋放楊虎城、張學良將軍，楊虎城在磁器口。我立即將楊虎城用空軍飛機送往貴陽黔靈山避風，再運回重慶將其殺害�！�
9月6日，特務乘車重返重慶中美合作所。車一出發，周養浩就給毛人鳳打了電報，讓重慶特務安排好行刺。當晚11時許，楊虎城和兒子拯中及秘書宋綺云等人到達戴公祠。特務張鵠引他們進入房內，楊虎城走在最前面，20出頭但頭發已花白佝僂著背的拯中雙手捧著母親的骨灰盒跟在后面。
特務楊進興、熊祥、王少山等人一齊擁上去，把將軍“雙手一攏，用手巾把嘴塞起來，在腰間先刺了一刀，當時他兒子在側邊房子里。殺楊后跟著用同樣的方法殺他的兒子，接著又用同樣的辦法殺楊的秘書。先殺男的后殺女的，再殺小孩”。據楊進興的口供，楊虎城的兒子在被殺害時喊了一聲“打倒法西斯”。
小蘿卜頭宋振中和楊虎城9歲的女兒也一同殉難。宋振中先是被特務楊欽典卡住脖子，后是被特務楊進興刺中脊椎。楊虎城最小的女兒楊拯國在獄中出生，陪伴了父親9年監牢生涯后，死于特務之手，她幼小的遺骸至今沒有找到。
兇手們在楊虎城父子二人的面部淋上硝鏹水，然后把楊虎城的遺體掩埋在花園的一座花壇里。
這時是1949年9月6日午夜，56歲的楊虎城將軍遇害，同時被害的還有楊虎城的兒子楊拯中及不滿10歲的女兒楊拯國、楊虎城秘書宋綺云夫婦及孩子宋振中、副官閻繼明、警衛員張醒民等8人。
“把楊虎城消滅的神不知鬼不覺。所以蔣介石他剛到臺灣以后的宣傳里，剛開始講在重慶撤退時楊虎城被土匪殺了，后來就不這么說了�！�
在楊瀚看來，蔣介石殺了楊虎城多少有點復仇的意思，“蔣介石終于報了他13年前被扣在西安的大仇，他多年倍感恥辱的心靈得到一點安慰”。后來，毛人鳳對沈醉談到此事時說：“老頭子（蔣介石）對于這件事干得如此干凈利落，很感滿意�！�
那么，為什么蔣介石殺楊虎城不殺張學良？面對疑問，楊瀚說：“因為祖父知道西安事變的詳細過程，是楊虎城策劃的；同時，楊虎城始終不低頭，蔣介石不想楊虎城和蘇聯人發生關系�！�
“我祖父是9月6號被殺的。在9月27號，蔣介石在臺灣給毛人風和吳越祥一人獎勵了一萬一千大洋，因為處理大陸事務有功。這里面包含不包含楊虎城的這個事件，那咱們心里其實都很明白�！睏铄f，“對于蔣介石殺我祖父楊虎城這件事，不能單單理解為是家仇，這是一個政治、封建思想集中的代表，一方面是為了泄私恨，一方面是為了立威，來遏制當時部下對他的背叛潮。共產黨曾經兩次營救楊虎城，一次是在1942年，我在美國找到的一份資料是當時共產黨以我父親的名義寫給宋子文的信，希望可以釋放我父親。還有一次是在1946年，在重慶政協會議上，毛澤東曾提出釋放楊虎城，被蔣介石否決。遺憾的是，因為各種原因，兩次政治營救都失敗了。
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