但是，科研就是這樣，早期的研究總有不(被)嚴(打)謹(臉)的時候。后面的研究發現了很多的反例，比如高中生的家長總發現早上孩子們不愿意起床，老師們也總抱怨早讀課孩子們注意力很難集中，甚至有不少人在睡覺。隨后對青少年的問卷調查也確認了存在很多早上不愿意起床、注意力不集中的現象。
不過學校還是更愿意相信早上學習更有效率。1987年兩個著名的心理學家（Dunn and Dunn）也提出建議，學校應該把重要的課（如數學和英語）放在上午，不重要的課（如音樂）放在下午。回憶一下我們的課程表，數學課是不是總是比較早，音樂課美術課是不是總在下午，有幾個班一大早先上歷史地理的？
近二三十年來仍然有很多這方面的研究，盡管不是熱門領域。由于不像其他很多研究，這種時間節律與記憶的研究比較好做，操作簡單，不用對人有創傷，只需要設定時間對人進行記憶測試就好了。于是出現了大量的、各種各樣的實驗結果，有證實的，有反對的，以至于到現在都沒有一個大多數人能公認的結果或模型來證實早晨學習是不是能提高效率。而就是這些千奇百怪的結果漸漸指向一個事實：早晨學習效率高這件事不是對每個人都通用的。
除了大家都能想到的個體差異，發育的不同階段早晨效率也未必一樣。美國一項研究希望對年輕人和老年人進行比較，于是把測試時間設在每天的早上8:30到晚上6:00之間。而他們很快發現，老年人普遍不愿意在下午和晚上做測試，年輕人普遍不愿意在上午11:00以前做測試。這件事讓他們很奇怪，即使年輕人可以用晚上睡得晚、早上不愿意早起來解釋，那怎么解釋老年人呢，他們都退休了，每天都很清閑，為什么大部分人都不愿意下午做測試？
研究的結果發現，人們在自己希望進行測試的時間內往往能獲得更好的成績，也就是說認知的功能可能與希望測試的時間存在一種同步效應。在這些認知功能中，注意力是受時間影響最大的。老年人和年輕人的晝夜周期（生物鐘）不同，老年人普遍傾向于早起，所以在下午的測試中，老年人的分數陡然降低。
近年來越來越多的研究發現生物鐘與認知表現（包括記憶）有緊密的關系。隨著一天內生理周期的變化，體內的激素（如皮質醇）、一些分子（如血管活性腸肽、褪黑激素等）以及一些重要的通路如（cAMP/MAPK）都在變化，而這些都是直接影響記憶的重要因素。所以，不同的人有不同的生物鐘，似乎也意味著不同的人記憶效率高的時間也不會相同。更何況，影響學習和記憶的因素很多，有回答說到的前攝抑制和倒攝抑制只是其中之一。
前面說到的兩位Dunn在總結大量青少年學習的案例中，整理了一套廣為流傳的學習模式，列舉了一系列可能影響學習效率的因素，包含5大類，21小類。5大類分別是環境因素、情緒因素、社會因素、生理因素和心理因素。如果排除掉生物鐘的差異，早起學習的優勢可能只剩下安靜的環境（如果是清晨的話），以及“你的起床時間已經擊敗了全國93%的用戶”這樣的優越感了。
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