努爾哈赤還制定了厚待功臣的重要國策。對于早年來投、率軍征戰、盡忠效勞的“開國元勛”，如費英東、額亦都、何和里、扈爾漢、安費揚古等“五大臣”及楊古利、冷格里等人，給予特別禮遇和優待，賜給大量人畜財帛，任為高官，封授爵職，聯姻婚娶，榮辱與共。當這些功臣出了差錯時，他著重指出“貧時得鐵，猶勝于金”，常以其功而從輕處治。努爾哈赤重用賢人和厚待功臣，招徠了許多機智忠貞武藝超群的有才之人和猛將謀士，他們獻計獻策，奮勇沖殺，善理國政，自此，女真部逐漸“民殷國富”，國勢日強，軍威大振。這就在政治上、經濟上、軍事上為統一女真各部、建立和壯大后金國，奠定了牢固的基礎。另一方面，在軍事與外務上，努爾哈赤也制定了正確的方針、政策和具體策略。他采取了“恩威并行，順者以德服，逆者以兵臨”，即以撫為主，以剿相輔的方針。其具體內容有三，一為抗拒者殺，俘獲者為奴。因納殷部七村諸申降后復叛，據城死守，“得后皆殺之”。額赫庫倫部女真拒不降服，努爾哈赤遣兵攻克，斬殺守兵，“獲俘一萬”，滅其國，“地成廢墟”。二是降者編戶，分別編在各個牛錄內，不貶為奴，不奪其財物。原是部長、寨主、貝勒、臺吉，大都授官職，編其舊屬人員為牛錄，歸其轄領。三為來歸者獎。對于主動遠道來歸之人，努爾哈赤特別從厚獎賜。當他聽說東�；柟考{喀達部長率領一百戶女真來投時，專遣二百人往迎，到后，“設大宴”，厚賜財物，“為首之八大臣，每人各賜役使阿哈十對、乘馬十匹、耕牛十頭”，以及大量皮裘、貂帽、衣、布、釜盆等物。對其他隨從人員，亦“俱齊備厚賜之”。這樣就縮小了打擊面，爭取到許多部長、路長帶領屬人前來歸順。僅據《八旗滿洲氏族通譜》的記載，黑龍江、吉林、遼寧女真酋長統眾來歸的，就有二三百起之多，因而加速了女真統一的進程，減少了不必要的傷亡和損失。努爾哈赤還采取了正確的用兵策略，一般是由近及遠，先弱后強，逐步擴大。他積極爭取與蒙古聯盟，盡力避免過早地與明朝發生正面沖突，直到萬歷四十六年(1618)以七大恨誓師伐明以前，沒有受到明軍的征剿，這極大地有利于統一女真事業的順利進行。努爾哈赤充分發揮了自己非凡的軍事指揮才干。他長于用計，重視保密，多謀善斷，議即定，定即行，出兵猶如暴風驟雨，迅不可擋，經常以少勝多，變被動為主動。努爾哈赤自幼喜愛兵獵，武藝超群。遇逢征戰，他便率先沖陣，拼死廝殺。后來他回顧數十年戎馬生涯時總結說：“吾自幼于千百軍中，孤身突入，弓矢相交，兵刃相接，不知幾經鏖戰�！边@種英勇的氣概和猛烈沖殺的作風，建立起崇高的威信，使部眾競相效尤，因而能夠做到令必行，行必從。有了這些決定性的因素，努爾哈赤不僅能在夾縫中求生存，從絕境里找出路，避免了滅門之災，而且不斷由弱變強，由小到大，順利地進行著統一女真各部、建立后金國的事業。從明萬歷十一年以遺甲十三副興師起，取圖倫，下巴爾達，斬尼堪外蘭，敗九部聯軍三萬，十年之內統一了建州女真部落。接著，他又滅哈達，并輝發，亡烏拉，降葉赫，取東海女真。三十六年內，統一了建州、海西女真及大部分“野人女真”部落，“自東海至遼邊，北自蒙古嫩江，南至朝鮮鴨綠江，同一音語者俱征服”，“諸部始合為一”。在統一女真各部的過程中，努爾哈赤積極建立國家政權。萬歷十五年(1587)，努爾哈赤在呼蘭哈達東南加哈河、碩里加河兩界中的平崗筑城三層，“建衙門樓臺”。六月二十四日，“定國政，禁革作亂、竊盜、欺詐，立禁約法制”。萬歷二十三年，他自稱“女真國建州衛”王子。萬歷三十三年，他又自稱“建州地方等處國王”、“建州王”、“建州國汗”。與此同時，他命額爾德尼、噶蓋創制滿文，又逐步建立牛錄??八旗制度。萬歷四十三年，八旗制度正式確立，所有人員皆須編入八旗，一牛錄三百丁，設牛錄額真一員、代子二人、章京四人。五牛錄為一甲喇，設一甲喇額真。五甲喇為一旗，置固山額真一、梅勒額真二。八旗人員居住同一地區，互為婚娶，耕田種地，牧馬放羊，采參打獵，遵守國法，納賦服役，聽從汗、貝勒統率，使用滿語滿文。服裝發式亦須一律，婦女不得纏腳，男子皆要剃發留辮。這樣一來，使原先來自不同地區、制度相異、習俗不一的幾十萬女真、蒙古、漢人，在生產力、生產關系、賦役負擔、國家法令、語言文字和風俗習慣等等方面，大體上達到了同樣的水平，舊有的差異迅速消失，一致性愈益增多，逐漸形成為一個在經濟條件、語言文字、心理狀態等方面基本一致的新的民族共同體??滿族。
五十八歲的努爾哈赤，便于萬歷四十四年(1616)正月，在赫圖阿拉舉行開國登基大典，自稱“承奉天命覆育列國英明汗”(簡稱“英明汗”)，定國號為后金，建元天命。一個轄地數千里、臣民數十萬的強大的后金國，出現在中國的東北地區。明萬歷四十六年(天命三年，1618)四月十三日，努爾哈赤以“七大恨”呈告皇天，聲討明國之過，發軍征明，努爾哈赤的“七大恨”，是指責明朝政府欺凌自己和廣大女真的七條大罪。第一恨為明軍“無故生釁于邊外”，殺其祖父覺昌安與父親塔克世。第二恨是明朝違背誓言，“遣兵出邊，護衛葉赫”。第三恨系明臣背誓，指責建州擅殺出邊采參挖礦的漢民，逼令建州送獻十人斬于邊上。第四恨，乃明朝“遣兵出邊，為葉赫防御”，使葉赫將其許聘與努爾哈赤及其子代善之女“轉嫁蒙古”。第五恨是，明廷遣兵，驅逐居住柴河、齊拉、法納哈三路耕田種谷的女真，“不容收獲”。第六恨為明帝聽取葉赫讒言，遣人持函，“備書惡言”，侮辱建州。第七恨是明廷逼迫努爾哈赤退出已經并吞的哈達地區�！捌叽蠛蕖彼硎龅幕舅枷牒椭饕繕耍钦x的，是合情合理的，對激勵女真(滿族)奮發圖強，英勇沖殺，反抗明朝政府的壓迫，起了巨大的作用。天命三年(明萬歷四十六年，1618)四月十五日“乘隙突入”，輕取撫順，連下東州、馬根單等城堡五百余，掠人畜三十萬，編降民一千戶，又擊敗遼東總兵官張承胤、副將頗廷相援之兵一萬，殺總兵、副將、參將、游擊及千把總等官五十余員，獲馬九千匹、甲七千副。努爾哈赤厚待撫順降將李永芳，將其從游擊擢升副將，又以孫女嫁彼為妻，尊稱為“撫順額駙”，并賞賜降民大量牛、馬、豬、犬、衣物、房、田，依照明制設官，令李永芳統管。撫順失陷，總兵戰歿，敗報至京，“朝野震驚”。明廷起用曾任“經略朝鮮軍務”要職和遼東巡撫的楊鎬為遼東經略，以寧遠伯李成梁之子李如柏為遼東總兵官，調兵四方，議兵十萬、餉三百萬，準備大舉征剿建州。明萬歷四十六年(天命三年，1618)閏四月，遼東巡撫李維翰移咨朝鮮待機合剿，指責“建酋奴兒哈赤”“無端生事，計襲撫順，公行叛逆，罪大惡極，法當誅討”�？偙钊绨匦Q：“今已有明旨，選精兵百萬，勇將千員，分路并進，務擒元惡，梟首藁街。”萬歷四十六年十二月經略楊鎬奏上“擒奴賞格”，兵部尚書黃嘉善覆奏，萬歷帝批準，頒示天下。賞格規定，擒斬努爾哈赤、“八大總管”、“奴酋十二親屬伯叔弟侄”，及其中軍、前鋒、“領兵大頭目”、“親信領兵中外用事小頭目”的，一律重賞，封授世職。葉赫金臺石、布揚古貝勒能“擒斬奴酋”，“即給予建州敕書，以龍虎將軍封殖其地”。
萬歷四十七年二月十一日，明遼東經略楊鎬、薊遼總督汪可受、巡撫周永春、巡按陳王庭，在遼陽演武場，集合征遼官將，議定分兵四路，北路以原任總兵馬林為主將，西路主將是山�？偙潘�，南路由遼東總兵李如柏為主將，東路主將是總兵劉?。四路兵共八萬八千五百余人，加上朝鮮兵一萬三千余及葉赫兵二千，號稱四十七萬，攜帶槍炮數萬，約定分道出邊，三月初二日在二道關會合，集中進攻后金都城赫圖阿拉。努爾哈赤早已探聽到明軍消息。面臨大軍圍剿、有可能遭到滅門滅族之災的危險形勢，身經百戰的努爾哈赤和八旗子弟，卻鎮靜自若，從容應戰，胸懷保家衛族的決心，誓死殺敵。努爾哈赤顯示了非凡的軍事指揮才干，采取了集中兵力、各個擊破、發揮所長、克敵之短的正確方針。他強調指出：“恁你幾路來，我只一路去”，撤回各屯寨士卒，只留少數兵土防御南路、東路，八旗勁旅首先迎戰明軍主力西路杜松部。建州知悉杜松“勇健絕倫”，決定設下埋伏，智勝勇取。當杜松領軍二萬余，日馳百余里，趕至渾河時，努爾哈赤已在山林深處埋下精兵，并遣人堵住上游，使河水突淺，一待杜松見水很淺而率軍渡河時，后金軍決堤，河水驟漲，“水深沒肩”，明兵“沒于河者幾千人”。當明軍擁擠過河后，伏兵突起，努爾哈赤帶領大貝勒代善、二貝勒阿敏、三貝勒莽古爾泰、四貝勒皇太極和八旗大臣，統率八旗勁旅，以兩倍于杜松的兵力，勇猛沖殺，三月初一日，于薩爾滸(距赫圖阿拉西一百二十里，今遼寧撫順東大伙房水庫)迅速消滅了西路明軍，斬殺杜松、王宣、趙夢麟三總兵。第二日，努爾哈赤又統軍擊敗北路軍，總兵馬林倉皇逃遁。努爾哈赤坐鎮赫圖阿拉，遣大貝勒代善，率諸貝勒、大臣，領兵迎擊明勇將劉?的東路軍。當劉?于三月初四日進至阿布達里崗距赫圖阿拉約五十里時，后金軍早已“設伏于山谷”，并遣一明降官，持所得杜松的“號矢”(即令箭)，馳至劉營，誘其速進，劉?中計，匆忙前往，隊不成列，一入伏中，代善揮令八旗勁旅突起沖刺，斬殺劉?，明軍措手不及，全軍覆滅，朝鮮從征元帥姜弘立率眾降金。明遼東總兵官李如柏知悉兵敗，奉楊鎬命令，倉皇撤退。明軍四路出擊，三路敗沒，四位總兵戰死，陣亡道臣、副總兵、參將、游擊、都司、通判、守備、中軍、千總、把總等官三百一十余員，兵丁死亡四萬五千八百余名，丟失馬、騾、駝二萬八千余匹，遺棄火器大小槍炮二萬件。明金(清)之間的第一次大決戰，由于滿族領袖努爾哈赤的正確指揮和八旗健兒的奮勇沖殺，終于以明軍在薩爾滸的徹底失敗而結束，新興的滿族避免了亡族之災，迅速前進，后金國更加壯大了。
明萬歷四十七年(天命四年，1619)三月的薩爾滸之戰，使明金關系發生了根本性的變化，從此，后金獲得了主動權，人心振奮，器械充足，戰馬成群，軍威遠揚，而明國則君驚臣恐，官兵畏戰，人畜火器損失巨大，士無守志，陷入了被動困窘的逆境。天命四年六月十六日，努爾哈赤乘明攝開原道事的推官鄭之范貪婪昏庸不理防務和總兵馬林松懈疏忽，率領大軍輕取遼東軍事要鎮開原，“易如拉朽”，斬殺馬林等官將。七月二十五日又攻克了鐵嶺，后金軍威聲震天下。在軍事進展異常順利的形勢下，努爾哈赤在政治上、經濟上、外交上采取了一系列有力措施，來鞏固內部、壯大實力、突破包圍，為奪取遼東創造條件。天命四年七月，原開原千總王一屏、戴集賓、金玉和、白奇策及守堡戴一位，因“女被俘”，帶二十余人“覓妻子來降”。佟家的二十人亦叛明逃來。努爾哈赤十分高興，諭告說：“尼堪無叛逃他國之例”，“觀此來降者，知天意佑我矣。彼聞吾養人，故來投耳”，“我等應善養來投之人”。遂賜六員千總各人五十名、牛馬五十匹頭、羊五十只、駱駝二頭、銀五十兩、綢緞十匹、布一百匹。賜守堡、把總等官各四十人、牛馬四十匹頭、羊四十只、駱駝一頭、銀四十兩、?緞八匹、布八十匹。其余隨從人員各依職務，賜與妻子、役使阿哈、田舍、耕牛、乘馬、衣服、糧食等物。七月二十六日，努爾哈赤親率八旗健兒，在鐵嶺擊敗喀爾喀部齋賽等貝勒援明之兵，生擒齋賽父子三人及色本等二十名貝勒、臺吉，使滿蒙關系發生了重大的變化。努爾哈赤一向重視與蒙古各部的和好、聯盟，很早便與蒙古科爾沁部、喀爾喀五部的一些貝勒、臺吉遣使往來，聯姻婚娶，他曾將三弟舒爾哈齊貝勒之女孫帶格格撫為己女，嫁與喀爾喀部之巴約特部恩格德爾臺吉。他聞聽科爾沁部的兀魯特部明安貝勒之女“頗有豐姿”而聘為妃，又娶科爾沁部孔果爾貝勒之女。其子褚英、莽古爾泰、皇太極、德格類，皆分別與內齊汗等貝勒之女結為夫妻。特別是建州興起以后，明朝實行“以西虜(蒙古)制東夷(建州)”政策，每年花上百萬兩銀子，賜與蒙古貝勒，要他們出兵，助明作戰，從北面包圍后金，更加突出了蒙古在明金爭斗中的重要地位和強大影響。在明廷重賞的引誘下，稱霸于喀爾喀五部的齋賽，以及扎魯特部色本、巴克貝勒等人，與明聯盟，誓征建州，一再襲擊后金村寨，劫殺后金使者，并出兵來援鐵嶺。甚至連努爾哈赤的內弟桑噶爾寨(明安貝勒之子)，也領兵隨同齋賽，來援明朝，征剿姐夫。努爾哈赤抓住齋賽、色本以后，作出了明智的決定，暫不殺戮，并釋放齋賽部下一百四十人返回其部，以此來爭取蒙古喀爾喀五部脫離明國，讓他們與后金建立友好聯盟關系。此舉果然見效，八月，喀爾喀五部諸貝勒遣使來，請求不殺齋賽，努爾哈赤回信，列舉齋賽之過，說明因念及五部卓禮克圖洪巴圖魯貝勒、厄布拉德依皇臺吉，故拘而未殺。十月二十二日，以卓里克圖洪巴圖魯貝勒為首的喀爾喀五部貝勒，遣使來求聯盟對明，戰則同戰，和則同和。努爾哈赤于十一月初一日遣額克星額等五大臣前往，與五部貝勒宰牛殺馬，對天盟誓，決心“共議討伐原來之仇敵明國”，若欲議和，必“共同議和”，違者“損壽短命”。努爾哈赤釋放齋賽之子克實克圖，厚賜皮裘衣帽鞍馬，送彼回部，并宣布待兩國同征明國，取得廣寧以后，再考慮齋賽的歸期，在此之前，其二子可輪流在后金侍奉其父;后金與蒙古喀爾喀五部的關系發生了可喜的變化。
努爾哈赤又于天命五年正月十七日，修書回復察哈爾林丹汗的來信，指責他狂妄自大冒稱“四十萬之蒙古主”，譏諷其兩敗于明損兵折將，勸其勿受明之財帛，為利所誘而開罪于己。努爾哈赤還試圖削弱朝鮮與明國的關系，突破南邊的包圍圈。朝鮮國王一向緊跟明朝政府，輕視建州，并遵明帝之命，派都元帥姜弘立領兵一萬三千余名，隨明總兵劉鋌，從東進攻赫圖阿拉。天命四年三月初，努爾哈赤大敗明軍于薩爾滸時，逼迫姜弘文率兵五千投降，免死拘留，并于三月二十一日遣使致書朝鮮國王，自稱“后金國汗”，列述“七大恨”，指責明朝欺侮建州和朝鮮，“明國皇帝要派彼之諸子到朝鮮和我國做國主，這個尼堪皇帝凌辱我等二國太甚”，勸說朝鮮背離明朝。雖然朝鮮回信，堅持親明尊明政策，勸告努爾哈赤罷兵和好，仍尊明帝為君，自居屬臣，但努爾哈赤并未罷休，繼續遣使入朝，講述己見，欲離間朝鮮與明國的關系。與此同時，努爾哈赤積極鞏固內部，增強實力。天命四年六月，為便于用兵，于界凡筑“行宮”及八旗貝勒、大臣、兵士住房，迎汗和諸貝勒福金來此居住，十六個月后又遷居薩爾價，一步一步逼近明境。天命五年三月，努爾哈赤第一次制定“論功序爵”的制度，援用明朝官稱，設總兵官、副將、參將、游擊，均分為三等，大體上原來任固山額真之人即為總兵官，梅勒額真為副將，參將、游擊為甲喇額真，原來當牛錄額真的，一律為備御。從總兵官至備御，皆為世職。另外，每牛錄下，設千總四員。這對鼓勵八旗官將效忠于汗為國出力，起了相當大的作用。天命五年六月初四日，努爾哈赤命豎二木于門外，下令說：“凡有下情不得上達者，可書訴詞懸于木上，吾據訴詞顛末，以便審問�！边@一措施，有利于體恤民隱，主持公正，使下情有可能上達于汗。同月，努爾哈赤第一次派遣人丁，“往東海煮鹽”。建州女真地區素不產鹽，一向依靠“撫賞”、“告討”，從明朝邊臣手中領取十斤八斤二十斤鹽，十分困難，以致相當多的女真人長期沒有鹽吃，衣阿哈常因無鹽食而離主逃走。這次煮鹽，效果顯著，不久便運回一二十萬斤，“于國內按丁給與”，在一定程度上緩和了食鹽供應極為緊張的局面。天命五年九月，努爾哈赤處理了皇族內部糾紛的重大案子，第一次提出了“共治國政”的制度。相當長的時間里，二貝勒阿敏厭惡其異母之弟齋桑古貝勒，大貝勒代善虐待前妻之子碩?貝勒，關系十分緊張。九月初三日有人首告齋桑古、碩托欲叛逃明國，十三日努爾哈赤與諸貝勒、大臣議定，“發兵堵截通往明國之路”，當晚將二人拘留監禁，代善、阿敏向汗奏乞，欲殺二人。二十日努爾哈赤斷定齋桑古、碩?是與其兄其父不和而出怨言，并非叛逃，下令釋放。隨即查明，代善不將“良好僚友、國人”分與前妻之子岳?、碩?，并誣告碩?與己二妾通奸。努爾哈赤大怒，嚴厲譴責代善，憤怒指出這種聽信后妻讒言欲殺親子之人，“哪有資格當一國之君，執(掌大政)！”立即當眾宣布：“先前(欲使代善)襲父之國，故曾立為太子，現廢除太子，將使其專主之僚友、部眾盡行奪取�！倍巳�，代善親手殺死繼妻，遣人向努爾哈赤奏請，要求“若蒙父汗不處死刑而得再生”，希望允己叩見請罪。努爾哈赤表示了寬厚的態度，并令代善與諸弟立誓緩和關系。代善對天發誓，今后“不再為非”、懷抱怨恨。八和碩貝勒、眾大臣“亦立誓書”，指責了代善的過失，宣布“立阿敏臺吉、莽古爾泰臺吉、皇太極、德格類、岳?、濟爾哈朗、阿濟格阿哥、多爾袞、多鐸為和碩額真”，規定新汗“不得恣意橫行”，不能出于一己私怨而貶革勤理政務的和碩額真。如果某一和碩額真犯有擾亂政務的罪行，則由另外七旗和碩額真集議裁處，該罰則罰，該殺則誅。代善雖被革除太子，但仍舊統轄原有的正紅、鑲紅二旗，仍居四大貝勒之首，佐理國政，統軍出征。后金統治階級的內部矛盾，有了較大程度的緩和。
天命六年閏二月十六日，針對阿哈遭受奴隸主虐待而反抗逃亡的情況，努爾哈赤下達“汗諭”，勸誡家主“宜憐阿哈”，“阿哈應愛主”，“雙方應該相互慈愛”。他要求阿哈將“耕種田地之谷”全部交與家主，主人家中要多織布，供給阿哈衣服飯食，如果家主不“善養”阿哈，阿哈“以衣食為劣而上訴后”，“則從虐養之主取之，轉而給與善養之主”。努爾哈赤發布這一汗諭，是企圖在大舉攻明前夕，緩和奴隸主與奴隸之間尖銳的階級矛盾，鞏固和維護后金國中占居主導地位的奴隸制生產關系。在政治、經濟、外交、軍事等諸方面，做了充分準備之后，努爾哈赤利用明朝遼東舊經略熊廷弼被罷革新經略袁應泰不諳兵法的好機會，決定進攻沈陽、遼陽，發動了明金(清)之間的第二次大決戰。明天啟元年(天命六年，1621)三月十日，努爾哈赤親率大軍出發，十二日晨到達沈陽，在城東七里河的北岸筑造木城屯駐。沈陽“城頗堅，城外浚壕，伐木為柵，埋伏火炮”。城外挖有與人身相等的陷阱十道，井底密插尖木樁，陷阱之后挖有四道大壕，尖樁密布，又樹立大柵欄，沿內壕排列?車，每車安放大炮二門小炮四門，兩車之間又置大炮五門。奉集堡、虎皮驛亦皆開河建閘，修繕堅固，與沈陽成為犄角。沈陽城內有賀世賢、尤世功二總兵官，各將兵萬余，總兵官陳策、董仲揆引川浙兵一萬余正自遼陽來援，守奉集堡總兵李秉誠、守武靖營總兵朱萬良、姜弼亦領兵三萬來援。按軍隊總數而言，明國稍占優勢，兼之沈陽城堅濠寬塹深，槍炮眾多，明軍如果據城死守，是很難攻克的。努爾哈赤知悉單憑硬攻，以弓矢對槍炮，以人力攻堅城，是難以奏效的，如戰事拖延，陳策、李秉誠等四萬余軍隊及其他援兵趕到之后，腹背受敵，局勢便十分險惡了，遂臨機應變，果斷決定誘敵出城，發揮己軍善于野戰的長處，設下埋伏，乘機殲敵。三月十二日，努爾哈赤先派數十名騎兵“隔壕偵探”，被總兵尤世功家丁追擊，死四人。勇猛寡謀的總兵賀世賢“勇而輕，謂奴易與”，遂改變了原來“固守”的方針，“決意出戰”。第二日，努爾哈赤又遣少數老弱士卒挑戰，賀世賢飲酒大醉，率家丁千余出城，夸下海口說，要“盡敵而反”。金兵“詐敗”，世賢中計，“乘銳輕進”。一入伏中，后金“精騎四合”，將明兵重重包圍，奮勇砍殺，大敗明兵。世賢“身中四矢”，且戰且走，退至城邊，因吊橋繩索被努爾哈赤數月前派往城中詐降的蒙古、女真人砍斷，不能入城。八旗兵追至，擊殺賀世賢及來援的尤世功，沖入城內，打下了號稱金城湯池的沈陽重鎮。此時，明總兵陳策等率川浙兵來援，剛至渾河，川兵渡河，營于橋北，浙兵在橋南，營寨尚未安好，努爾哈赤乘機率軍猛攻，先消滅了橋北川兵，隨即擊敗朱萬良、姜弼來援的三萬明軍，緊接著又殲滅橋南浙兵。一日之內，努爾哈赤統率八旗健兒五、六萬，鏖戰四次，將七萬余明軍各個擊破，攻克沈陽，創造了軍事上集中兵力擊敗優勢敵軍的光輝戰例。
努爾哈赤屯兵五日，論功行賞，三月十八日集諸貝勒、大臣定議，進軍遼陽。三月十三日沈陽一失，遼陽危如累卵，城中“兵不滿萬”，又“身無介胄，器不精利”，遼東“戰將勁兵”，一半損于沈陽之戰，一半在各地應援。如果金兵于十四日飛馳進擊，當天即可輕取遼陽。明經略袁應泰、巡按張銓利用努爾哈赤的遲延和失誤，飛速征調援軍，撤虎皮驛、奉集堡兵回遼陽，五天之內，湊集了十三萬大軍。三月十九日午時，努爾哈赤率軍進至遼陽城東南角，當天晚上，于城南七里安營扎寨。此時，論兵數，明倍于金。講地形，明防守，得地利。遼陽城十分堅固，“城高厚壯，屹然雄峙”，城外挖濠三道，每道寬三丈、深二丈，濠外復筑大堤潴水，又引入太子河水，灌滿護城深壕。遼陽有上萬門大炮，其中七門，各重一千余、二千余、三千余斤，一發可斃敵數百，威力很大�！段浠实蹖嶄洝肪砣浭鲞|陽守備情況說：“(明臣)放代子河水于壕，塞其西閘，內列火器于城上，排兵四面，守御甚嚴�！背r文獻甚至記述了后金軍望城生畏的情形，指出：“(八旗軍)至遼陽，望見城池險固，兵眾甚盛，虜皆意沮欲退�！比绻鹘浡栽瑧┱{度有方，憑堅死守，遼陽是不會輕易失落的。努爾哈赤看到明軍守備甚嚴，決定避免硬攻，力爭智取。他首先嚴正宣布必戰、死戰的決心，聲色俱厲地諭告眾人說：“一步退時，我已死矣。你等須先殺我，后退去”，并立即“匹馬獨進”。這種無所畏懼的英雄氣概，對八旗官兵發揮了強烈的影響，促使他們知難而進、轉怯為勇。努爾哈赤再次運用發揮所長制敵所短的正確戰術，決定誘敵出城，引入伏中，以便合殲敵軍，同時又派遣“細作”，混入城內，待機內應。三月十九日，他先差少數人馬橫渡太子河，誘騙敵人，明軍果然中計了。明經略袁應泰本來已和諸將議定，“畏敵多，主守”，現在看見后金兵馬太少，“其騎可數”，遂因“見賊少而主戰”，親督侯世祿、李秉誠、梁仲善、姜弼、朱萬良五總兵，率兵出城五里，在教場扎營。明兵忽守忽戰，軍心不定，努爾哈赤乘機指揮軍隊，“奮力沖殺”，“明兵大潰而死”，“軍敗多死”。第二日，三月二十日，努爾哈赤親督士卒猛攻，鏖戰多時，明兵又敗。三月二十一日，努爾哈赤領軍乘勝進擊，原先派入的“奸細”從中內應，遂攻下遼陽，袁應泰自盡，張銓被俘，不屈而死。努爾哈赤帶領八旗貝勒、大臣，進入城內，駐于經略衙門，諭令漢人歸順，遼河以東的寬甸、海州、耀州、蓋州、鎮江、熊岳、復州、湯站、武靖營、長寧、長靜、三河、十方寺、永寧、鎮夷、威遠、孤山、甜水站、草河、奉集、平虜、蒲河、懿路、鞍山等七十余城官民“俱削發降”。
天命六年四月十一日，努爾哈赤召集諸貝勒、大臣，商議是否遷都于此？他們都主張回到建州，不愿留住遼陽。努爾哈赤斷然拒絕了他們的建議，責備諸子目光短淺，沒有雄心壯志。他強調指出：承蒙皇天眷?，艱苦創業獲得成功，降服了遼河以東地區，如果回到故里，遼陽必為明國收復和固守，逃散于山谷的城堡人丁便擺脫了后金的統治，“棄所得之疆土而還國，必復煩征討”，皇天如此“喜愛之地方”，焉能拋棄！他諭告諸子要胸懷大志，并語重心長地說：“今我興兵，為爾等眾子創立大業。諸子，爾等焉能說不能呢！”于是，諸貝勒、大臣一致回答說，“此言誠然”，遂定議遷都遼陽，派人迎接汗之福晉和皇子，將建州地區人丁移駐遼東。努爾哈赤這一決策，對促進后金的發展起了重大的作用。天命七年正月十八日，努爾哈赤統領八旗勁旅，西征明朝遼東重鎮廣寧。雖然明在關外有軍隊二十萬，兩倍半于金軍，而且火器眾多，但努爾哈赤并不畏懼，二十日即渡過遼河，進圍西平，二十一日午時猛攻克城，并隨即與十萬明軍鏖戰于沙嶺，斬殺遼東總兵劉渠、援遼總兵祁秉忠，大獲全勝，明遼東巡撫王化貞棄廣寧城匆忙逃遁。正月二十四日，努爾哈赤領軍至廣寧，明游擊孫得功等率士民執旗張蓋奏樂叩降，迎入城中，駐巡撫衙門。平陽、西興、錦州、大凌河、右屯衛等四十余城官兵俱降。二月十七日，努爾哈赤命諸貝勒統兵留守廣寧，將錦州、義州等處官民遷于河東，回歸遼陽。明天啟元年(天命六年，1621)三月后金軍進駐遼東以后，努爾哈赤面臨著截然不同的新形勢，即在長期封建化的漢族地區，確立和鞏固后金國的統治，因而必須解決新出現的許多難題。比如，遼河東西主要是漢族居住，不管是生產關系、政治制度、文化傳統，還是生活方式、風俗習慣、服裝發式，以及語言文字、相貌性格，與滿族都截然不同，對他們怎樣管轄，怎樣剝削？滿族人丁移居遼東后，怎樣安置，是固守舊俗，還是改行漢制，或是另他法？遼東及其附近，有相當多數量的蒙古部落，對他們采取什么樣的方針和政策，滿、蒙、漢之間的關系，是什么樣的布局？遼東地區人丁大減，民不寧居，田地荒蕪，社會混亂，怎樣安定，怎樣恢復？明廷大調兵馬，廣修城堡，搶運糧草，趕制火器甲仗刀箭，力圖挽救遼東危局，守住寧遠、錦州，確保山海關內安全，并屢派密使，潛入遼東州縣，聯絡反金人員，策劃武裝反抗和大批外逃，以擾亂金國，牽制其兵力，進而伺機出兵，收復失地，此情此策，如何對付。特別是遼東漢民的激烈反抗，怎樣處置？自從天命六年三月后金軍進駐遼東以后，八旗貴族官將大量掠民為奴，擴大奴隸制剝削范圍，激怒了長期反抗封建制度的遼東軍民，他們不顧汗、貝勒的殘酷鎮壓，鋌而走險，英勇斗爭。
就在三月二十一日遼陽失陷金兵奪據全城的惡劣處境下，廣大遼陽城民便針對后金貪婪搶掠的惡習，“放火焚家，鍋、甕、窗紙，盡皆毀壞”，以示抗議。鎮江古河屯民陳大等，“不受偽命”，刺殺后金所遣招降金州、復州、海州、蓋州四衛的寬奠參將陳堯道、守備郭彥光、呂端，“聚集三千人，歃血共盟”。馬虎山任九、錫頭山金國用、馬頭山崔天泰、卓山王思紹等，以及“東山礦徒”，不肯降金，“各聚眾以待大兵(明兵)”。蓋州生員李遇春等，聚“礦徒二千余人以守”，擊殺后金所派勸降使者。遼東兵民大批出走，逃離金國轄區，避居沿海島嶼及進入朝鮮的，有數十萬人，逃入關內的更多，天命七年，已達二百八十余萬人。反金的武裝斗爭，風起云涌，綿延不斷，五年內(1621?1626)，已經發生和正在積極準備進行武裝反抗的州縣有遼陽、海州、鞍山、耀州、蓋州、復州、岫巖、?河、新城、金州、鎮江、清河、撫順等地，基本上遍及后金全部轄區。遼民還采用了其他方式進行斗爭。有的秘密投放毒藥，欲圖毒死汗、貝勒和八旗官兵；有的違犯禁令，私藏兵器，不按規定上繳武器，為興師起義作準備；有的蔑視汗諭，收留逃亡的兵民和阿哈；有的想方設法，打死為非作歹的八旗官兵，懲治欺壓人民的暴徒。正是由于遼東兵民和滿族阿哈強烈反對野蠻的奴隸制和八旗貴族的奴役，“不定居，常逃走，從事奸細”，頻繁起義，大批逃亡，造成了“叛逃甚多，亂”的局面，使得后金國中城鄉不寧，境內混亂，嚴重地威脅到后金的統治。面臨著復雜的危險局勢，努爾哈赤果斷地確定了承認遼東漢民原有的封建制、陸續縮小滿族奴隸制并促進其向封建制過渡的方針，及時地推行了“各守舊業”和“計丁授田”等過渡性質的新政策。天命六年四月初一，即金軍攻下遼陽后的第八天，努爾哈赤諭勸海州、復州、金州民歸降時，正式提出了對待遼民的“各守舊業”政策。他下達汗諭說：對經過“死戰而得獲之遼東城民，尚皆不殺而養之，各守舊業”，使遼民“皆各出其力，經商行賈，美好水果，各種良物，隨其所產，此乃長遠之利矣！”過了一個月，他在諭勸鎮江民降順時又指出：不會因鎮江民殺死遣往勸降的后金官員，“而將此處之民俱皆殺戮，此處所出口糧盡皆丟棄”�！拔曳揭悦袢鄙贋楹蕖�，遼民應快歸順，則“各守其宅，各耕其田”。此后又多次重申這一政策。按照這一政策，遼東兵民可以各自保有自己原來的祖業，各自從事先前從事的行業，因此，地主的田地房宅仍舊歸其所有，他人不得侵占，原來經商開店的，照樣能夠購進貨物，打造器具，出售獲利，富家大戶仍舊可以雇傭工人，招佃耕種，收取租谷，而原來的佃農，還得租種地主莊田，雇農仍為東家效勞，幫工、學徒依然要在老板作坊店鋪中出力。這就意味著，遼東地區的新主人金國英明汗努爾哈赤，承認了這個地區過去各行各業的舊傳統、舊的產權形式、舊的經營方式，即承認了遼沈地區漢民中的封建生產關系可以延續，并保障封建制，甚至還在一些地方恢復封建制的剝削方式。
緊接著，努爾哈赤又宣布實行“計丁授田”政策。天命六年七月十四日，努爾哈赤頒發分田汗諭，命于海州地方取無主之田十萬日(一日為田六畝或十畝)、遼東地方取田二十萬日，分給八旗兵丁和漢民，一丁給與種谷之田五晌植棉之田一晌，“均行給與”，“乞丐、僧人皆分與田，勤加耕種”。同年十月初一日，他又降諭漢民說：遼東五衛之人和海州、蓋州、復州、金州四衛之人，令種無主之田三十萬日。此后，多次將田地授與滿漢人丁。在授與漢民的土地上，基本上是延續了過去遼民的封建生產關系。努爾哈赤在“各守舊業”、“計丁授田”的基礎上，沿襲了明朝政府的封建賦役制度，并作了一些必要的修改。在七月十四日的分田諭中，努爾哈赤曾規定，領受田地的漢民，“三丁耕官田一晌”，“每二十丁，征一丁當兵，以一丁服官役”。但這種耕種官田的勞役地租剝削方式太古老了，根本不適合于已經長期封建化的遼東地區，無法推行，乃改訂新法。天命六年八月十七日，努爾哈赤下令：“從速逼迫催征依照舊例征收官賦之谷草”。九月十六日又諭令管理漢民事務的八游擊、二都司，“官賦征收之谷，須并征以草”。十二月初十日，他再下汗諭，指責蓋州副將劉興祚說：“依照舊例征收之谷、銀、炭、鐵、鹽等官賦，何故不從速催督遣送”，責令劉遣派兵士，“催征依照舊例征收之賦”。這個“舊例”，就是明朝政府在遼東征收封建賦稅的規定。由于金國一向采用以丁為主要的計算單位，因此，努爾哈赤在保留明朝政府征收封建賦稅的基本項目和正額數量的條件下，滲進了入駐遼沈前的傳統作法，實行計丁征賦僉役制。天命六年十一月十八日，努爾哈赤下達給漢民的“文書”說：遼東的“各種貢賦”，原來皆以戶計，結果“富人給財而免役，窮人無財而應差”，現改用“我之舊制”，“以丁計算”，男丁二十人征兵一人，遇有急事，每十人出一人服役，“若系緩事，百人出一人服役”。當兵之人所需“乘十兩之馬，以及攜帶之器具”，令二十人承擔置辦。天命八年二月，“一年一丁之征取官賦者，賦谷、賦銀、飼養軍馬之料，合共三兩”。對于滿族的諸申，除了按丁交納官賦以外，還要當兵應役，大體上是三丁征一為兵，遇有重大戰爭，比例更大一些。天命六年十一月，努爾哈赤下諭，每牛錄增披甲五十，分駐遼陽、海州。天命七年正月征廣寧，努爾哈赤命令每牛錄出一百甲從征，以五十甲留守。按一牛錄一百五十甲計，是二丁抽一為兵。其他筑城、運糧等，也常僉諸申赴役。由于包衣阿哈猛烈反對奴隸主的野蠻奴役而大批逃亡，努爾哈赤既下汗諭，命令阿哈必須“以主為父”，“不萌賊盜奸詐兇暴之念”，“盡力從事阿哈之事”，以免被主責罵拷打；同時，又懲辦了一些殘酷虐待阿哈、打死阿哈的奴隸主，不許主人任意殺害阿哈④。這對促進滿族從奴隸制向封建制過渡，起了一定的作用。
天命六年，努爾哈赤進駐遼陽明遼東經略衙門以后，即定下了大量任用漢官的政策。二十四日，他下令“釋遼陽獄中官民，查削職閑住者，復其原職。設游擊八員、都司二員，委之以事”。努爾哈赤這樣做，是十分正確的。因為，以汗、貝勒為首的滿族貴族人數并不多，五、六萬金兵，只能聚居在遼陽、沈陽、廣寧及少數軍事要地，其他州縣和廣大鄉村，則難以一一分兵屯駐，兼之，言語不通，文字相異，服飾有別，習俗不同，無法了解遼民心情，不易查獲叛逃密謀，也很難逼迫漢人納糧貢賦當兵服役。在這樣條件限制下，沒有漢族地主階級代表人物的支持，汗、貝勒是很難在遼東站穩腳跟的。努爾哈赤就曾專門召集漢官對他們說：“爾等之國人，可信者，不可靠者，爾等知之矣。”努爾哈赤特別注意收羅和起用明朝的罪臣、廢官及中下武將和官吏。他在六月初八日對督堂下達專諭，指示不用明朝大臣，而應擢用愿為金國效勞的小官小吏，因為，原系明朝大臣之人，“一向為官，不為我等效勞”，于金無益，而那些微員小吏偏裨末弁，以及罪臣閑官，或因少讀詩書，唯圖漁利，貪贓枉法，謀升官職；或是官場失利，打入獄中，心懷不滿，因而有可能背叛舊君，投靠新汗，“歸向我等”，“諂諛于我等，出其力，致其才”。所以，他任用的漢官，“一半在明朝時得獲死罪，關在獄中，一半失去官職，一無所有，又皆戰陣所獲而養之也”。努爾哈赤在給“明國眾游擊官”下達的汗諭中，對他們提出了四個方面的要求，一是責令降金漢官“勤守各種法令”，即貫徹執行要求阿哈耕田交谷、強迫漢民種地守法、納糧當差、不得叛逃等等法令和汗諭。二要漢官“為汗之眼，觀察眾人；為汗之耳，用以聽眾，諸凡各事，皆詳加督察�！奔匆麄儌刹鞚h民對待汗、貝勒的態度，有無叛逃密謀，隨時上報，為努爾哈赤制定的“平盜賊，止惡逆”政策服務。三為諭令漢官“公正審斷”，以維護后金國的統治。第四是諭勸漢官不要“科索下人”，以免激化矛盾，招致遼民更加猛烈地反對金國的統治。努爾哈赤多次宣布，對盡忠效勞的漢官，要破格提升，要“嘉賞賜財”，要“賞以功，給與為官”，要使他們“終身享受”，而且功臣的子孫可以世代承襲祖、父的官職。原明撫順游擊李永芳，初升三等副將，從征遼陽后晉三等總兵官。明商人佟養性初授三等副將，破遼陽后晉二等總兵官。開原人劉興祚，降后初任備御，下遼陽后，進至副將，其侄亦為海州參將。這些措施產生了很大的影響，金軍進入遼東初期，不少明朝官、將、生員降順新君，獻計獻策，告密送信，催征賦稅，遷民分地，查點丁，追捕逃人，對鞏固金國的統治起了相當大的作用。
努爾哈赤利用攻克遼東大敗明軍的有利條件，進一步加強了爭取蒙古來歸和建立滿蒙聯盟的工作，取得了顯著效果。天命六年十一月，蒙古喀爾喀部古爾布什、莽果爾臺吉率部民六百四十五戶來歸。七年二月十六日，蒙古科爾沁的兀魯特部明安、兀爾宰圖等十六貝勒，以及喀爾喀部石里那克等貝勒，率所屬三千余戶，前來歸順�？柨ξ宀坑钟幸磺Ф賾魜硗�。努爾哈赤分別封授官職，賜與皮裘?緞布匹銀器及“房田奴婢牛馬糧粟”，“凡所用之物，俱賞給之”。對一些人多勢強的貝勒、臺吉，還讓他們與金國汗、貝勒聯姻婚娶，共享榮華富貴。努爾哈赤封古爾布什為一等總兵官世職，以第八女聰古圖公主嫁與為妻，尊稱額駙，給與女真一牛錄、蒙古一牛錄。授莽果爾總兵官世職，嫁以族弟濟白里之女。布顏代，初授二等參將世職，娶公主為妻，封額駙。努爾哈赤授岳父明安三等總兵官世職，給予特別優遇。明安之子多爾濟亦娶公主，為額駙。很早就來拜謁的蒙古喀爾喀部的巴約特部恩格德爾臺吉，也娶了努爾哈赤的侄女為妻，尊稱額駙，歸順后，又授三等總兵官世職，盟誓賜誥，賜與十四個拖克索、“近身役使和伐木運水”的男女四十對，以及大量金銀財帛。其子索爾哈娶努爾哈赤之孫女為妻。努爾哈赤還專門下達文書，給予來歸蒙古諸貝勒，宣布要“無差別地對待親生兒子與仰慕而來之諸子”，并指定他們分別與汗、貝勒“結成親家”，以便“很好地恩養”他們。當齋賽之家送其二子一女為質并帶馬二千匹、牛三千頭、羊五千只來贖齋賽時，努爾哈赤很寬厚，同意提前釋放。他率領四貝勒皇太極、二貝勒阿敏，與齋賽對天盟誓，宣布如騙取牲畜而不送還齋賽，則“將遭殃致死”。齋賽也發誓要“以收養之父(指努爾哈赤)為父”，“以諸弟為弟”，若回部之后變心負盟，則“遭殃致死”。努爾哈赤厚賜齋賽皮裘弓矢鞍馬甲仗，命諸貝勒送至十里外，設宴餞別，將其所質之女，給與大貝勒代善為妃。努爾哈赤命諸貝勒又與科爾沁部鄂巴等貝勒盟誓，“愿同心合意”對付察哈爾。這些政策和措施，吸引了許多蒙古貝勒、臺吉率部來投，編入八旗，擴大了軍隊，增強了戰斗力，與喀爾喀、科爾沁建立了比較鞏固的友好聯盟關系，對后金國與明作戰、與察哈爾林丹汗作戰，提供了有利條件。鑒于各貝勒的勢力強大和難以挑選合適的嗣子，努爾哈赤于天命七年(1622)三月宣布今后要實行八和碩貝勒“共治國政”的制度，并采取了一些措施，逐步為這一制度的完全實行創造條件。努爾哈赤雖然是一位“聰睿英勇”的開國君主，解決了不少似乎無法解決的難題，進入遼沈后又迅速認清了新形勢，及時地采取了“各守舊業”、大量任用漢官等政策，收到了一定的效果，但是由于大奴隸主、大農奴主的階級局限性和歷史條件的制約，他不能堅持和徹底推行符合遼東需要順應時代潮流的正確政策，并且由于一向攻無不克、飛躍前進而有些飄飄然了，驕傲專橫，剛愎自用，因而從天命八年以后，犯了不少錯誤，干了一些蠢事。首先是，他不該從“恩養尼堪”轉變為大殺遼民。
天命八年(明天啟三年，1623)六月，聽說復州漢民人數增加，接受明國“派來之奸細和札付”，將要叛逃，努爾哈赤派遣大貝勒代善、齋桑古、阿濟格、杜度、碩?等貝勒，率兵兩萬，前往鎮壓，將男人全部殺光，帶回大量子女、牲畜。天命九年正月，努爾哈赤連下九次汗諭，遣派大批八旗官兵，在金國的大部分轄區，查量漢民糧谷，凡每人有谷不及五金斗的，定為“無谷之人”。努爾哈赤辱罵“無谷之人”是“不耕田、無谷、不定居于家，欲由此地逃往彼處(明國)之光棍”，諭令八旗官兵“應將無谷之人視為仇敵”，發現其“閑行乞食”，立即“捕之送來”，并于正月二十七日“殺了從各處查出送來之無谷之尼堪(漢人)”。天命十年十月初三日，努爾哈赤下達長諭，指責漢民“窩藏奸細，接受札付，叛逃不絕”，歷數鎮江、長山島、川城，耀州、彰義站、鞍山、海州、金州等地漢民武裝反抗事例，宣布要斬殺叛逃之人。他命令八旗貝勒和總兵官以下備御以上官將，帶領士卒，各去自己轄屬的村莊，“區別”漢民，凡系抗金者，一律處死。各將遵令，“分路去，逢村堡，即下馬斬殺”。時有遼民幾盡殺光之說，滿漢關系極度惡化。努爾哈赤還在十月初三的“汗諭”中，命將未殺的“筑城納賦”之“小人”(即勞動者)，全部編隸汗、貝勒的拖克索(莊)，每莊十三丁、七牛，耕地百晌，八十晌莊丁“自身食用”，二十晌作“官賦”。編丁隸莊后，總兵官以下，備御以上，“每備御各賜一莊”。這樣一來，原來“計丁受田”的漢民，失去了“民戶”的身份，淪落為奴仆性質的“莊丁”，被迫繳納數倍于“計丁授田”之丁上交的丁賦，人身奴役加重，剝削更為厲害。遼東地區的大多數漢民(即除去原系阿哈的漢民以外)，從“計丁授”的后金國“民戶”，下降為繳納高額地租、慘遭莊主壓迫的封建農奴，嚴重地加深了遼民的苦難，農奴制莊園惡性擴展，遍布后金轄區，這是很大的倒退。從天命八年六月鎮壓復州兵民起，努爾哈赤在對待漢官的問題上有了很大的變化，放棄了原來拉攏漢官、大量任用漢官的正確政策，錯誤地對他們產生了懷疑，采取了疏遠的態度。進入遼沈初期，不少降金漢官竭力效忠金汗，征田賦，僉漢兵，派役夫，運官糧，筑城池，清點人丁，查獲“奸細”，捕捉逃人，勸誘遼民聽從新君的命令，做了許多事。但是，由于遼東軍民痛恨后金苛政，猛烈反抗，明又不斷派遣密使勸說漢官棄金投明，有些漢官就猶豫了，擔心金國汗、貝勒不能久駐遼沈，因而或與明臣書信往來，以留后路，或暗訂密約，伺機叛逃。努爾哈赤不從改革弊政、減少殺戮、緩和矛盾以平息民怒穩定局勢這一根本上著手，卻改變策略，懷疑漢官，疏遠漢官。當努爾哈赤決定派兵屠殺復州兵民時，“撫順額駙”李永芳諫阻說：“所謂復州之人叛者，非實也，恐系人之誣陷矣。”李之本意是應當慎重，核實情況后再發兵，這原是無可非議的�？墒牵瑺柟鄥s大發雷霆，厲聲指責李永芳等漢官“以明帝為長久，以我為短暫”，“心向明國”，蔑視金汗，竟革去他的總兵官職，捕其子來審訊，后雖復官，但也不似過去那樣信任和重用了。這樣一來，漢官人人疑懼自危，持有二心，不敢直諫，妨礙了努爾哈赤對遼東漢民情形的深入了解和正確處理，影響了滿族貴族與遼東漢族地主階級的聯合，加劇了遼東的動亂。
努爾哈赤在天命八年處理八旗貝勒和高級官將的問題上，也做了一些錯事。三月，曾為建立后金國馳騁疆場征戰三十余年的開國元勛扈爾漢，向養父努爾哈赤上書，承認過失，乞父寬恕，懇求再次起用為國效勞，努爾哈赤卻大擺君主威風，再譴其非，不予考慮，使這位叱咤風云威震遼東功勛卓著的總兵官，憂悶病重，九個月后含恨去世，其子渾塔還降級襲職。五月，創制滿文、被譽為“一代杰出之人”的大巴克什額爾德尼，僅因細故，夫婦兩人被努爾哈赤無辜冤殺，家被抄沒。六月，原哈達國主蒙格布祿貝勒之子、努爾哈赤的親女婿烏爾古岱，因被漢官訐告收其金銀，盡管缺乏根據，卻遭議處死刑，后雖免斬，仍被革去具體處理軍國大政的督堂要職，從總兵官降為備御。努爾哈赤還因此案痛責“愛子”四貝勒皇太極和岳?、濟爾哈朗、德格類三位貝勒。這一重大案件，在八旗貝勒、大臣中引起了強烈的反響。努爾哈赤晚年犯的這些錯誤，嚴重地破壞了遼東生產。這一曾經是“田人富谷，澤人富鮮，山人富材，海人富貨”，“家給人足，都鄙廩庾皆滿，貨賄羨斥”的富饒地區，竟弄得人丁銳減，田園荒蕪，廬舍殘破，百業凋敝，社會混亂，民不寧居，饑荒頻仍，物價飛漲，甚至出現了“人相食”的悲慘局面。明天啟五年(天命十年，1625)，努爾哈赤著手進行大舉征明的準備工作。正月，聞聽明遣兵一萬，由海上至旅順，修葺城堡，屯駐兵士，努爾哈赤命三貝勒莽古爾泰和阿布泰、巴篤禮二總兵官，領兵六千往攻，克城，擊敗明兵，毀城而還。三月初三日，努爾哈赤召集八旗貝勒、大臣商議，欲遷都沈陽，諸貝勒、大臣以“恐食用不足，力役繁興，民不堪苦”為由，乞請不遷。努爾哈赤斷然拒絕眾議說：“沈陽四通八達之處，西征明國，從都爾弼渡遼河，路直且近。北征蒙古，二、三日可到。南征朝鮮，自清河路可進�！彼麍猿旨阂�，遂議定遷都沈陽。天命十一年正月十四日，努爾哈赤率領諸貝勒，親統八旗勁旅，號稱十三萬大軍，征討明國，發動了明金(清)之間的第四次大決戰。正月十六日，軍抵東昌堡，十七日渡遼河，“于曠野布兵，南至海岸，北越廣寧大路，前后絡繹，首尾莫測，旌旗劍戟如林”。大軍鋪天蓋地，直向明國殺去。這時，身任兵部尚書、遼東經略要職的閹黨黨羽高第，膽小怕死，嚴令從錦州、右屯衛、大凌河、小凌河、杏山、松山、塔山等城撤防，盡驅屯兵居民入關，焚燒房舍，遺棄米粟十余萬石，搞得錦州等城兵民“死亡載途，哭聲震野，民怨而軍益不振”。因此，金兵未遇任何抵抗，“如入無人之境”，二十三日即抵達寧遠城郊。寧遠只有明兵萬余，被金兵重重圍困，孤懸關外，與外界的所有聯系均已中斷，“中外謂寧遠必不守”。
努爾哈赤遣被俘漢人入城，諭告城主寧前，袁崇煥說：“吾以二十萬眾攻此城，破之必矣，爾眾官若降，即封以高爵�！痹庠瑖擂o拒絕。正月二十四日，努爾哈赤下令，全軍猛烈進攻。袁崇煥率領兵民拼死反抗，“槍炮藥罐雷石齊下”，十數門大炮不斷燃放，“周而不停，每炮所中，糜爛可數里”，又將被褥裹上火藥，卷成一捆捆，投擲城下，發下點燃的火箭，“火星所及，無不糜爛”，擊斃燒傷了大量金兵。努哈赤連攻兩天，未能克城，傷亡慘重，“攻具焚棄，喪失殆盡”，無可奈何，乃遣三等副將武納格率蒙古兵往攻寧遠南十六里明軍屯貯糧草的覺華島，盡殺守兵七千，焚燒糧草千余堆和二千余只船。二十七日，努爾哈赤率軍撤圍，于二月初九日回到沈陽。著名的寧遠之戰，以明軍的勝利金兵的失敗而結束。努爾哈赤自二十五歲以遺甲十三副起兵以來，身經百戰，馳騁疆場四十二年，一貫以少勝多，鐵騎到處，無堅不摧，攻無不克，屢敗明軍，所向披靡，從未遇阻，為什么這次以數倍于敵的強大軍隊，竟不能打敗區區萬余明兵，竟攻不下遠遠不如沈陽、遼陽堅固的寧遠孤城？為什么他這位久經沙場的無敵君汗，竟敗在初次領兵的進士出身的小小寧前道袁崇煥手下？他和八旗官將不能不認真思考這一問題。天命十一年三月初三日，即寧遠之敗以后的第三十七天，努爾哈赤講了這樣一段話：吾籌慮之事甚多，意者朕或倦勤而不留心于治道歟？國勢安危民情甘苦而不省察歟？功勛正直之人有所顛倒歟？再思吾子嗣中果有效吾盡心為國者否？大臣等果俱勤謹于政事否？緊接著，三月十九日漢官劉學成上奏，向努爾哈赤呈述金兵失敗的原因并提出了四條建議。他說：汗不到半日即克沈陽，一日攻取遼東，其余之城無數，為何今日兩天還未攻占寧遠，并非遼東、沈陽之人少于寧遠，亦非庸懦，也非槍炮少而鈍劣。汗自占遼東之后，步卒騎兵三年之久未曾征戰，兵之額真怠惰，士無斗志，車梯藤牌不良，兵器已不銳利。汗輕視寧遠，故天使汗勞苦�！覠o報恩之處，故奏述所思四項建言：不惜千金賞賜有功之人，無功者即系親戚亦不免(罪)，賞罰分明，將成大事。此其一。古云使功不如使過。遼東之人欲叛逃，是有罪之人，焉能盡殺，如若率之征戰，以尼堪攻尼堪，有益于諸申。此其二。攻占土地之后，仍舊維持原制，與毀壞相比，乃是上策。概括起來，努爾哈赤的寧遠之敗，首先是由于在政治上犯了嚴重錯誤。第一，他不該從“恩養尼堪”轉變為濫施屠戮大殺遼民，“不論貧富，均皆誅戮”，殺人越多，民心越恨，反抗愈烈。第二，他從任用漢官、依靠漢官，錯誤地改為懷疑、排斥、歧視漢官，失去了大部分漢官對金的支持。第三，內爭紛起，疑案迭出，傷人太多。以最高領導集團來說，從大貝勒代善、二貝勒阿敏、三貝勒莽古爾泰、四貝勒皇太極這四大貝勒起，到齋桑古、德格類、濟爾哈朗、岳?、碩?等“執政貝勒”，都分別遭到努爾哈赤訓斥和處罰。八旗高級官將，如達爾漢轄、阿敦、烏爾古岱、額爾德尼、巴篤禮等督堂、總兵官、大巴克什，或斬或囚，或降職革任，波動也不小。這樣一來，汗威無比，群臣畏懼，三緘其口，努爾哈赤成為一個真正的孤家寡人，使得他不知下情，難辨是非，越弄越糟。在軍事上，他驕傲輕敵，思想僵化，面對寧遠堅城，他竟冒險硬攻，以弓矢對槍炮，以血肉之軀迎炮彈。而明軍統帥袁崇煥卻發揮所長，克服所短，用西洋大炮對付八旗勁旅的戈矛弓箭，以憑城死守來避開善于野戰的金兵沖殺，用堅壁清野的辦法來制服掠糧養軍的金兵。
寧遠之敗，給努爾哈赤以沉重打擊，使他“大懷忿恨而回”。戰陣勞累，憂憤交加，積恨成疾，兼之進攻寧遠時所負之傷又未痊愈，癰疽發作，天命十一年八月十一日，這位曾經叱咤風云、威震四方的常勝汗，這位實現了統一女真各部大業的后金開國之主，這位為多民族祖國的壯大和中華民族的發展建樹了豐功偉績的滿族領袖、清朝始祖努爾哈赤，在離沈陽四十里的?雞堡逝世，享年六十八歲。天聰三年(1629)葬于沈陽石嘴頭山福陵，初尊謚為武皇帝，廟號太祖，后改謚為高皇帝。
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