少年中舉后，朱燮元曾應紹興知府蕭良干之延，入署授諸子書凡二載。山陰江北四都頻遭水患，蕭良干采納燮元建議，親臨沿海察勘，遂于白洋山右建山西閘以殺西小江上流水勢而補三江之不足。瀕海數十萬居民悉賴以安。燮元記其事勒碑于安昌市。
明萬歷二十年(1592)登進士，授大理評事。時山西豪紳劉申等橫行鄉里，死者枕藉。既而事發，系獄十年不決。燮元受理此案，不為權貴所請，詳為讞刺，斷決此案，平反者300余人。后出知蘇州。蘇州財賦甲天下，邑縣、府吏多有漏弊。乃于府庫中編列各縣名，凡邑賦輸至者，即令該縣官入庫，自行封識于其藏。及支解進京，仍令某官自開發而無纖毫涉府吏之手。屬邑自此也絕無借漏耗之名多取于民者。二十九年，礦稅使孫隆在蘇州橫征暴斂，激起葛成為首的萬余織工群起抗暴，其時燮元已升川南道而束裝待行。諸大吏驚慌失措，飛檄請燮元平亂。燮元以“兵以御外寇者”為由，反對用兵鎮壓，以恩義勸諭解散，為首者葛成挺身投案。
萬歷三十五年，因父母年高棄官歸里，侍養十載。四十四年，起陜西按察使。四十六年，轉四川右布政使。天啟元年(1621)，永寧土司奢崇明反，分四路各兵數萬連破41州縣，水陸并進包圍成都。蜀王命朱燮元治軍。以“賊動我止，賊止我動”戰術，誘敵深入，大敗敵軍。歷時一百天，敵潰退，成都釋圍。因功加兵部侍郎，總督四川、湖廣、陜西軍務。奢崇明聯合貴州水西土司安邦彥再次起兵犯黔。貴州巡撫戰敗。朝廷又命燮元主征。加兵部尚書，賜尚方劍，督貴、川、湖、滇、粵五省。崇禎二年(1629)八月進師水西，斬奢崇明、安邦彥，西南平復。進少保，加少傅兼太子太傅。后加少師、左柱國。
崇禎十一年卒于官。初謚襄毅，后改謚忠定�！端膸烊珪偰俊份d其著述有《督蜀疏草》12卷、《朱襄毅疏草》12卷、《朱少師奏疏》8卷。
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