明朝與日本的貿易關系，由于倭寇的騷擾，顯得異常復雜。明初幾位皇帝曾寄希望于通過外交途徑來抑制倭寇的侵擾，故對日本實行過羈縻政策，頒賜給勘合，準許他們入明朝貢。但是，因雙方對“朝貢”的理解不一樣，明朝方面企圖以此作為“羈縻”手段，以消除“釁隙”；而日本卻將其看作是營利之機，甚至把某些資金的籌集都寄托在朝貢之上。因此，日本各大名、寺社往往因爭取入明朝貢而激烈地競爭著，終于在寧波釀成了拼殺事件??“爭貢之役”。此后，明朝則改變對日貿易的政策，罷市舶，中斷與日本的貿易關系，結果在東南沿海一帶全面遭到倭寇騷擾，也就是所謂的“嘉靖倭患”。當倭患基本被平定后，明朝雖然在漳州月港宣布開海貿易，但對日本仍實行嚴禁政策，且終明之世，兩國未再恢復過正常的貿易關系。
明太祖立國之初，鑒于倭寇入寇山東海濱郡縣，掠民男女而去，于洪武二年(1369年)二月派楊載出使日本，賜日本國王璽書，要求各安其土。其書寫道:“……間者山東來奏，倭兵數寇海邊，生離人妻子，損傷物命。故修書特報正統之事，兼諭倭兵越海之由。詔書到日，如臣，奉表來庭；不臣，則修兵自固，永安境土，以應天休。”但是，當時日本正處于南北戰爭時期，南朝的懷良親王不僅不接受明朝的和解倡議．反而殺了使者中的5人，把楊載、吳文華2人拘留了三個月才放回。而當時明太祖對日本的國情并不是很了解，錯把征西將軍懷良當成是日本國王。在倭寇騷擾越來越嚴重，從山東轉掠至溫州、臺州、明州，甚至福建沿海郡縣時，于洪武三年(1370年)三月再遣萊州府同知趙秩出使日本，持詔諭懷良親王。懷良開始時誤認為明朝使者是蒙古所派，后經趙秩一再解釋，則同意派僧人祖來隨之入明朝貢，且送還明州、臺州被虜男女70余口。明太祖對此大加贊賞，詔賜祖來等人文綺、帛及僧衣等物。待辭行時，又派僧人祖闡、克勤等8人護送還國，并賜懷良《大統歷》及文綺、紗羅等。從此開始了中日兩國之間的外交往來。
明太祖為了了解日本的真實國情，據說曾在奉天殿召見當時正掛餳于金陵天界寺的日本僧人椿庭海壽，詢問其日本國情。從中了解到與之打交道的懷良親王并非日本國王，而博多、太宰府亦非日本之京城。當祖來人貢至金陵時，太祖亦詢及日本情況，并知在京都另有朝廷和天皇。因此，到祖來返國時，則派嘉興府天寧禪寺住持仲猷祖闡和金陵瓦官寺住持無逸克勤為使，以與京都之天皇往來。同時，太祖也因誤與懷良打交道，而對自己原先計劃通過外交途徑敦促日本抑制倭寇侵擾的做法感到懷疑，他說道:“幼君在位，臣擅國權，傲慢無禮，致使骨肉并吞，島民為盜，內損良善，外掠無辜，此招禍之由，天災難免�！睆拇藢σ磺蟹侨毡境⑴蓙淼呢暿挂桓啪芙^接受，其中如洪武七年(1374年)，日本肥后菊池武政派來的僧人宣聞溪等、日本大隅守護島津氏久派來的僧人道幸等；洪武十四年(1381年)，懷良親王派來的僧人如瑤等；洪武十九年(1386年)，懷良親王派來的僧人宗嗣亮等，均下命卻其貢。不過，明太祖對這些海外國家還是堅持其羈縻政策，洪武四年(1371年)，他在奉天門告諭各省、府、臺大臣說:“海外蠻夷之國，有為患于中國者，不可不討；不為中國患者，不可輒自興兵。古人有言，地廣非久安之計，民勞乃易亂之源。如隋煬帝妄興師旅，征討琉球，殺害夷人，焚其宮室，俘虜男女數千人。得其地不足以供給，得其民不足以使令，徒慕虛名，自弊中土，載諸史冊，為后世譏。朕以諸蠻夷小國，阻山越海，僻在一隅，彼不為中國患者，朕決不伐之�！彼殉r、日本、大小琉球、安南、真臘、暹羅、占城、蘇門答臘、西洋、爪哇、彭亨、百花、三佛齊、勃泥等15國列為“不征諸夷”，并載諸《祖訓》，以防“后世子孫，倚中國富強，貪一時戰功，無故興兵，致傷人命�！�
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