他率先上疏提出給萬歷朝受錯誤處理的正派大臣平反，勸光宗近賢達，遠小人。疏中還直言不諱地抨擊了亂政的太監集團，因此受到太監集團嫉恨，加以罪名，他剛當吏科給事中4天，就被貶官外調。就在這時，光宗病故，16歲的熹宗即位。一朝天子一朝臣，形勢發生了變化，東林黨人在朝中占據了優勢。但是，太監與東林黨人的斗爭并沒有停止，而且日益公開化、白熱化。那些在爭“三案”中袒護神宗鄭貴妃的官員皆受到東林黨人攻擊，他們轉而投到太監魏忠賢門下，形成一個強大的政治勢力。太監魏忠賢靠他的相好、熹宗的奶媽客氏逐漸牢固地控制住熹宗，進而掌握了朝政，形勢因此轉而對東林黨人不利。
周朝瑞與楊漣、左光斗、魏大中等人一直站在反太監斗爭的前沿。
天啟元年(1621)，周朝瑞上疏彈劾閹黨邵輔忠，并趁機勸熹宗親掌朝政，以免大權旁落。天啟二年，針對魏忠賢每天引導熹宗游嬉以至不理朝政的情況，周朝瑞上疏請求熹宗按時聽朝臣講課。不久，他與左光斗等人彈劾閹黨大學士沈?，矛頭直接對準魏忠賢，請熹宗停止魏忠賢主持的“內操”，并揭露了沈?賄賂魏忠賢和客氏的事實。魏忠賢對東林黨人恨之入骨，準備報復。
天啟四年六月，副都御史楊漣上疏彈劾魏忠賢的二十四大罪，罪罰當斬。魏忠賢著了慌，向熹宗哭訴，客氏從旁為他辯護�；栌薜撵渥诰箾]有辦魏忠賢的罪，反而下旨痛責楊漣。周朝瑞、袁化中、周宗建、魏大中等70多個官員冒死上疏，交章彈劾。魏忠賢遭到這番彈劾后，對東林黨人切齒痛恨，決心大規模地報復。
天啟五年（1625），遼東經略熊廷弼因遼東、廣寧相繼陷于清軍手中，被捕入獄。東林黨人曾多方營救熊廷弼。在魏忠賢的授意下，閹黨官員逮捕了奔走營救熊廷弼的中書舍人汪文言。逼他誣陷楊漣、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顧大章等人接受了熊廷弼的賄賂，以此激怒熹宗，陷東林黨人于死地。汪文言寧死不愿誣陷東林黨人。北鎮撫司許顯純殺害汪文言，順承魏忠賢意編造了他的口供：誣楊漣受賄2萬兩，左光斗2萬兩，魏大中3000兩，周朝瑞l萬兩，袁化中6000兩，顧大章4萬兩。五月，魏忠賢矯命逮捕了上述6人，下詔獄(北鎮撫司)。魏忠賢授意許顯純嚴加拷打。許顯純對6人施以酷刑，三日一打，五日一刑，“六君子”三木鎖身、五刑俱嘗，直至血肉橫飛，肉腐蛆生。七月二十四日，楊漣、左光斗、魏大中三人被害于獄中。不久，袁化中、周朝瑞也先后被害。顧大章被迫自殺。歷史上把在這次在獄中受難的六位東林黨人稱為“前六君子”。崇禎初年，魏忠賢閹黨被清除，周朝瑞得到平反，追贈大理卿。福王時，周朝瑞被增謚為“忠毅”。
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李之藻
少保武英殿大學士、少傅、太子太傅、建極殿大學士、內閣首輔-韓