天啟四年(1624)，魏廣微指使親信陳九疇彈劾魏大中，遂被貶三級外放。后于十月南返故里，未及半載，閹黨又矯旨逮捕汪文言，刑逼汪文言誣陷魏大中受楊鎬等人賄金3000兩。天啟五年四月二十四日，魏大中蒙冤被逮，數千士民一路號泣追隨，大中與士民從容告別。舟過錫山，業師高攀龍來別，叮嚀當不辱臣節。六月入北鎮撫司監，慘遭酷刑，自知難免一死，留《臨危遺書》，囑家人安貧、勤讀、積德、患難相守。七月二十六日，與楊漣、左光斗同死于獄中。著有《藏密齋集》。
長子魏學?，字子敬，明朝嘉善縣，是當地有名的秀才，七歲能詩。
生性狷介剛毅，《靜志居詩話》稱其為“骨鯁之臣”。從小家貧，《明史》列傳中說他“自為諸生，讀書砥行”，“家酷貧，意豁如也”。為官后清廉正直，不計個人安危多次諫諍，與權臣斗爭。
魏大中為官時正值黑暗的天啟年間，大閹魏忠賢把握朝政，大多數官員投靠魏忠賢，但魏大中與楊鏈、左光斗等一起堅持揭露魏忠賢的罪惡。
魏忠賢恨之入骨，偽造皇帝旨意，污蔑魏大中等“受賄”，把他們抓起來，“酷刑拷審，血肉狼藉”，又指使獄卒將他們擊死。
史可法曾寫過《左忠毅公逸事》一文（此文一直被收入中學課本），寫到左光斗受酷刑而堅貞不屈的事，從中也可知魏大中的情況。
魏大中在家鄉被逮捕，當時，數千鄉親不顧安�？匏�。魏大中的兒子魏學?哭著要隨父同行，魏大中說：“覆巢焉有完卵耶？父子俱碎，無為也�！蔽簩W?泣血號呼，隨牢車北上。詭稱家童，秘密地在后跟隨緹騎，沿途打聽父親的起居。抵達北京后，白天藏匿在客店之中，晝伏夜出，四出求救。父執輩之人有的拒不相見，有的則對他仰天長嘆，相對而泣。魏忠賢矯旨下令，對6人“嚴刑追贓比較，五日一回奏”，于是獄卒鞭笞拷掠，棍棒交加，臀血流離，骨肉俱腐。魏大中被誣接受熊廷弼等人賄賂，亦為欲加之罪。最后竟被誣陷坐贓而死。死之時溽暑殷雷，相驗領埋之旨，遲遲不下，過了六、七天才差官發尸，和楊漣、左光斗等3人尸體由牢穴中拖出，骸脹而黑，肌生蛆蚋，潰爛零落，幾難以辨認，那年魏大中51歲。魏大中被害死后，魏學?“匍匐飲血，扶櫬而歸”。
魏大中死后，追贓行動未止，魏學?因此被下浙江監獄。家庭遭此大變，對當時政治的黑暗痛心疾首，視死如歸。這一年，病死獄中，死時30歲。崇禎初，魏忠賢失勢。魏學?之弟魏學濂瀝血上書，陳述父受冤獄，兄死孝之慘狀。又上書彈劾阮大鉞等人交通逆閹，罪大惡極。不久，魏大中被追謚為忠節，魏學?也被下詔旌表為孝子。
父子兩人在文學等方面也很有造詣。
魏大中今存《藏密齋集》24卷，收其詩文。子魏學?（約1596?約1625），字子敬，明末散文作家。崇禎初年，曾詔旌他為孝子。一生沒做過官，好學善文，著有《茅檐集》。收入《四庫全書》，中學課本中曾有《核舟記》一文，即是他的作品。
至崇禎年間，魏忠賢倒臺，為魏大中平反昭雪，表彰父子忠孝節烈。魏大中的另一兒子魏學濂在父兄受冤而死后，承擔事母養弟的重任，并為父兄伸冤，后在崇禎朝為官，李自成打進北京，他自縊而死。
魏氏一門，儒雅秀氣而又忠烈激越，文質彬彬而又熱烈如火，虛懷若谷而又博大精深，精致細膩而又大氣豪邁。在文化上都有一定的造詣，其子侄后代中，魏學洙、魏學渠、魏允枚、魏允木冉、魏允札、魏允桓等也都是詩人詞人�？芍^一門忠烈，一門儒雅。
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