父親早死，他少年時就膽略過人。十二歲時，其母釀了酒，被他全部偷喝光了。母親責備他，他笑道：“要還很容易。”后遼東戰事起，黃得功持刀雜在軍中出戰，斬首二級，獲賞白銀五十兩。他回去后送給母親說：“兒用這些償還酒錢。”由此開始擔任經略的親軍，積功升至游擊。
1636年，他升任副總兵。1638年，以禁軍隨總督熊文燦進攻變民，立下戰功，受封太子太師，署總兵銜。1640年，隨太監盧九德于板石畈擊敗變民軍，1641年，黃得功駐守定遠。張獻忠攻桐城，黃得功與劉良佐合兵，于鮑家嶺擊敗張獻忠，擒斬張獻忠部將闖世王馬武、三鷂子王興國。其中王興國最為驍勇，是張獻忠養子。黃得功面部中箭，卻越戰越勇，轉戰十余日，殺傷極多。1642年移鎮廬州。1644年，受封靖南伯。
福王朱由崧在江南自立，封黃得功為侯，他與劉良佐、劉澤清、高杰為四鎮。起初，史可法認為高杰跋扈，所以命令黃得功駐扎在儀真，暗地里牽制他。黃蜚與黃得功同姓，以兄弟相稱，他準備赴登萊總兵之任，黃得功率騎兵三百由揚州往高郵迎接。高杰素來忌憚黃得功，又懷疑他想圖謀襲擊自己，于是在路上埋伏下精兵。黃得功走到土橋，正做飯時，伏兵四起，他上馬舉鐵鞭迎戰。周圍箭如雨下，他的馬跌到，他跳上別的馬繼續作戰。一名敵軍驍騎舞槊沖過來，黃得功大呼轉身，挾住槊將他拖下馬來，敵騎人馬皆爛。又連殺數十人，跳入倒塌的房屋中，吼聲如雷，追兵不敢靠進，于是他疾馳回到自己部隊的地方。黃得功戰斗時，高杰乘機偷襲儀真，黃得功所部損失頗重，隨行三百騎全部戰死。他于是向朝廷上訴，表示要與高杰決一死戰，史可法多次勸解方才不得已與之和解。1645年，他趁高杰進趨河南時，準備襲擊高杰軍以報仇。被朝廷勸阻，他又移鎮廬州。四月，左良玉以清君側為名東下，在九江病死，軍中立其子左夢庚為帥。黃得功受命抵御，擊敗左夢庚。
清兵大舉渡江，知道福王朱由崧逃走后分兵襲取太平。黃得功剛剛才收兵屯于蕪湖，朱由崧就潛入其營中。黃得功大驚，落淚說：“陛下死守京城，臣等還可以盡力，為什么聽信奸人的話，倉卒來到這里！而且臣現在對敵，怎么能護駕？” 朱由崧說：“除卿無人可以依靠了�！秉S得功哭道：“愿意效死。”率軍在荻港和清兵大戰，手臂受傷，幾乎脫落，他以布裹手臂，佩刀坐小船，指揮麾下八總兵迎敵。原明將劉良佐已先降清，在岸上大呼招降。黃得功怒叱他，忽然被箭射中其咽喉左邊。黃得功擲刀，拔出箭后死去。其妻聽說后也自殺。他部下總兵翁之琪投江而死，中軍田雄挾持福王朱由崧投降。
黃得功粗猛沒有學問。江南初立時，福王朱由崧的詔書多出于手下的小人，黃得功得詔紙常對著使者大罵將之撕裂。然而他忠義出于天性，別人每次以國事相規勸，他都寧可委屈自己來妥協。真假太子之事件中，黃得功上疏，認為那個太子未必是假冒的，諸臣諂徇者多，抗顏者少，即使認識，也未必敢說出真相自取其禍。他每次戰前都飲酒數斗，酒酣則氣勢益厲。擅用鐵鞭，軍中稱他為黃闖子。他軍紀嚴明，百姓都為他的品德感動。廬州、桐城、定遠等地都為他立生祠。他的墓在儀真方山母墓旁邊。
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李之藻