司馬睿是晉皇室疏屬，襲爵瑯邪王，永嘉元年（307）出鎮建業（今江蘇南京）。當時，北方日亂，隨從司馬睿過江的有以王導為首的北方士族100家。他們見西晉大勢已去，便準備扶持司馬睿上臺。
江南大族在吳亡之后，仍然擁有自己的部曲家兵，“僮仆成軍，閉門成市”，實力很強。但他們卻被北方士族視為“亡國之余”，在西晉朝中沒有地位，因而，他們對司馬睿和北方士族的南下持觀望態度。在王導的斡旋下，南、北士族達成妥協，共同支持司馬睿。建興四年（316），晉愍帝出降劉漢，西晉滅亡。翌年，司馬睿稱晉王，又過一年才登帝位，建立東晉。司馬睿即位時，邀請王導同登御座，受百官朝拜，雖王導固辭，而“王與馬，共天下”之諺已經不脛而走了。
東晉主弱臣強，元帝司馬睿企圖加強皇權，削弱王氏的勢力。王導從兄、荊州牧王敦立即從荊州起兵，以清君側為名，在王導和另外一些士族的支持下攻入建康（由建業改名），逼死元帝。此后，這種主弱臣強的局面一直持續到東晉末年�，樞巴跏现�，潁川庾氏、譙國桓氏、陳郡謝氏等門閥士族相繼執政，形成了庾與馬、桓與馬、謝與馬共天下之局。這種門閥士族勢力得以平行甚至超越于皇權的政治就是門閥政治。
在門閥政治中，門閥士族對皇權加以限制，門閥之間也互相制約，共同維持皇權于不墜，從而形成具有門閥政治特色的政治制度。中央的中樞機關建立制衡機制，門下省審查中書省起草的詔書，可駁回要求重擬；門下省發出的詔書，還要經尚書省審查。尚書省呈報的奏議，先經門下省審查，再經中書省裁定。地方大州重鎮分別由各門閥家族擔任都督、刺史，這時全國普遍設置都督區，都督兼任刺史成為通例，“蓋有不治軍之刺史，而無不治民之都督”，都督區變成州之上的一級政區，都督變成地方最高軍政長官。
由于不斷有大批流民南下，東晉朝廷設置僑州、郡、縣，以維護僑人士族的特權和安置僑人。北方原有的徐、兗、青、司、豫、雍、秦、幽、冀、并等在南方都有僑州。僑州、郡，縣對招徠北方流民與社會安定起一定的作用，但是，也引起地方行政系統的紊亂。后來，土斷多次進行。因此，東晉從咸和（326—336）中實行“上斷”。所謂土斷，就是以居住地（“土”）作為斷走戶籍的依據，使僑人著籍，與原來的居民偏成統一的戶籍。
門閥士族擁有優厚的政治、經濟特權。他們憑藉門第，自可平步青云，輕易位至公卿。當時的中央和地方的文武要職基本上都由士族擔任，特別是集中在北方士族王、庚、桓、謝和江南士族周、陸、顧等七大家族手中。他們兼并土地，封固山澤，蔭占佃客，役使奴隸，過著寄生生活。在東晉門閥士疾中，出現過桓溫、謝安、謝玄等有作為的人物，但是，在特權和寄生生活的腐蝕下，門閥士族日趨沒落，有才能的人越來越少了。
東晉兵役徭役十分沉重，“殆無三日休停，至有殘形剪發，要求復除，生兒不復舉養，鰥寡不敢妻娶”。隆安三年（399），朝廷征發由奴隸放免為佃客者當兵，激起浙東農民的憤恨，舉行暴動。當時，逃匿在海島的五斗米道徒孫恩乘機率所部登陸，與農民斗爭合流，形成有組織的起義。起義軍轉戰東南各郡縣，很快發展到數十萬人，在這一期間，東晉中央與地方勢力反復較量，元興元年（402），荊州都督桓玄攻進建康，并于次年稱帝，建國號為楚。孫恩也再次發起攻擊，戰敗而死。余部由盧循、徐道覆統率，南下廣州。
當門閥士族日趨沒落時，次等士族出身的北府將領劉裕驀然崛起，擔負了推翻桓玄和鎮壓農民起義的任務，同時也把東晉的政權控制在手中。至此，東晉的門閥政治結束了，而東晉也壽終正寢了。
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