長期以來，處在統治階級壓迫下的奴隸們紛紛起義，宗教的勢力也逐漸衰減。西藏高原出現了王族割據的局面。這種紛爭的局面持續了三四百年之久。

在這些割據的王族中，只有四個王族勢力較大，這就是前藏的拉薩王系、后藏的亞澤王系、山南地區的雅隆覺王系和阿里及拉達克地區的阿里王系，其中以阿里王系的勢力最強盛，所以這段時期又稱為阿里王朝時期。

阿里王朝是達磨贊普的曾孫赤吉德尼瑪貢所創立。到1038年，由于政治相對穩定，尼瑪貢的接班人、古格王智光派人到盂加拉禮聘高僧阿狄夏迪巴卡拉來傳法。后者在1042年到達西藏。他是一位佛法高深的僧人，對天竺古代醫學當然也有精深的理解，盡管他到達阿里時巳經年屆花甲，但他仍努力弘揚佛法，使佛教的理論得到系統化和規范化的發揚，從而被尊稱為“佛尊”。佛教再度興盛，是為西藏古代佛教的“后弘期”。

這樣又過了相當一段時間，到13世紀初，薩迪地區的政權強盛起來了。此時，中原地區巳經建立起蒙古族統治的元王朝，元太宗窩闊臺派次子闊端西征。薩迦的花教教主貢哩堅參代表西藏地區勢力與闊端會見，表示愿意歸順。1270年，元世祖在京接見薩選教主八思巴（1235—1280)，并冊封他為“大室法王”，賜給金印，還把當時全藏十三萬戶地方歸由他統轄，是為薩迦王朝，這是西藏地方正式歸入中國的統一版圖的開始。八思巴對于維護祖國的統一、繁榮經濟、穩定政治形勢、發展包括藏醫學在內的西藏文化做出了很大的貢獻。

公元1354年，山南地區帕姆竹的萬戶長練丘堅贊(1302—1364)起兵，推翻了信奉花教的薩迦王朝的統治，建立一個政教合一的、信奉白教的帕姆竹王朝，受到明王朝的承認和冊封。到第五代法王札巴堅參時，宗喀巴創建了黃教，得到法王的贊許。當時正值明王朝初建，?取懷柔政策，與邊疆各民族和平相處。在西藏，廣泛設立溪卡的封建莊園。這說明，西藏社會已經由奴隸制進入封建農奴制。這些對于西藏地區政治穩定、經濟繁榮、文化發展起到一定的保證作用。

在這樣一個政權頻繁更迭的社會里，人們難于比較安定地從事一種專業的研究，因而不容易出現象前一階段吐蕃時期那種劃時代的經典巨著。但這種局面對醫學也有其另一種積極的作用，就是不同環境中的醫學家會提出不同的見解，出現了互相爭鳴的局面，從而進一步促進了學術的繁榮和進步。

當阿狄夏來到阿里王朝以后，他進一步帶來古印度的醫學。首先自己編譯了一些醫著，包括《頭部傷的固定治療》、《壯陽補精甘露秘方》。另外，他還帶來了印度吠陀壽命醫學的重要醫著《八支藥方》及其注釋本《月光》，從而進一步促進了藏印醫學的交流。

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