佛洛依德的潛意識理論在過去的幾十年，對整個心理學領域具有極大的影響，但是到了近代，很多人對于他的理論無法通過實驗進行證明耿耿于懷，特別是在崇尚“科學”的中國（我們中的大多數都崇尚實驗科學，而對于實證科學持有不同的觀點，而且我們其實是以一種宗教的態度去理解和認識科學的，我常說的一句話是：“如果科學讓你只相信科學，那么這樣的科學實際上也是一種宗教。”所以這里我將科學打上了引號。），我聽到過很多聲音認為佛洛依德的理論是飄渺的、不確定的、無法證明的，也就是不科學或者是偽科學的。我對此持有中立的觀點。
首先，我想說一下潛意識和意識的物質基礎，也就是意識和潛意識究竟存在于哪里？在我的觀點，意識和潛意識其實是一個整體，他們的統一體就是人類的神經系統。我們人類的神經系統有兩大調節部分，一個是神經調節，一個是體液調節。前者是由神經細胞—神經元構成的，后者是由各種神經介質（液體）以及各種激素（液體）組成。神經部分，主要進行的是信息采集，信息的分類、存儲、檢索和提取工作。這部分工作可以說是相對人體其他部分是基本獨立工作的，我拿我們是如何看東西的來做個解釋，我們的眼睛對外界的光產生的信號進行了搜集，然后轉化為電信號，這個信號傳導到腦部神經，我們的大腦首先進行的是信號的分類，然后將所分類的信息和以前的經驗信息（已經儲存在大腦中的）進行比較、歸類，經過歸類，如果此信息和以往的相同信息，大腦就將以往的這部分記憶加深了記憶，如果是新的內容，大腦就會開辟一個新的地方對這個新的信息加以描述和記憶，也就是新的記憶。
那么大腦是以什么物質和方式進行記憶的哪？這就是神經元。下面我們再看看大腦是怎樣通過神經元進行記憶和工作的，你可以把神經元的形狀想想成一個大頭針，他們是長的，有一頭比較大，像個腦袋，有一頭是尾巴。和大頭針不大相同的是，神經元的尾巴那端有一些分叉，像樹根那樣。我們剛出生的時候，我們的大腦中的神經元基本都是首尾相連，整個神經元的分布樣子像門簾一樣。（事實上并不是完全是這個樣子，但是為了便于你能更容易的構想出大致的樣子，這里暫作如此描繪，后面將會做適當的修正和補充。）神經元之間的鏈接并不是直接接觸的，而是通過一首一尾同時浸泡在神經介質（一種可以傳導電信號的液體）之間，通過神經介質進行鏈接的，當我們第一次來到這個世界，我們第一次感覺到光，也就是我們剛出生的一剎那，產房的光通過眼睛轉化成電信號傳導到腦部，電信號在神經介質中產生電壓，在這個電壓的作用下某些神經元之間的鏈條被斷開，而被打斷的部分，很快又和臨近的神經元重新連接，這樣從整體上看，原來的很規矩的象門簾一樣的分布，變成了錯綜交錯的漁網的樣子，實際上這個漁網的結構還是立體的，不是平面的，試著將你腦海中的那個漁網水平轉90度，就像一頁紙一樣轉90度，你此刻只能看到紙的一個邊，然后你再想象一下，有好多這樣像紙一樣的漁網一個一個排列著，像豎著的百葉窗一樣，你再想象一下這些漁網伸出了很多小毛刺（被斷開的神經元尾段后者頭端），這些小毛刺和臨近的漁網的也伸出的毛刺像連接，這樣就形成了一個立體的網狀分布，實際上，這些有無數種組合的鏈接集中在一起，會使得這個部分變得比較粗一些，從整體上開，就像是一個繩子的中間某個部分有個小疙瘩，而這個小疙瘩就是我們平時所說的神經節，當有無數的神經節集中在一起，就成了某個信息的記憶。
實際上大腦的神經元在我們出生前大約有500萬億條，出生后大概終身存活的有200萬億條，而這些神經元由于采用了立體式網絡的排序，使得它能夠記憶表達的信息是海量的，打一個比方，你可以把我們平時玩的P62彩票，想象成62個神經元，那么你中獎的機會是3000萬分之一，那么這3000萬分之一，就是記憶所要記錄的一個元素。也就是說這62個小球可以通過排列組合，表達出3000萬個截然不動的信息。當然如果這62個球再有62中顏色，那么這62個球的排列所表達的元素就一下增加了我也計算不出來（我數學不好）的可能性，而神經元的排序比帶顏色的彩球更復雜，那么大腦神經元的排列能記錄的信息，可能比你能想象的任何數字都大，這也是很多科學證明，我們平常人的大腦利用率其實不到3%，就連愛因斯坦大腦的解剖結果據說利用率也不到5%。正是這些龐大的神經元組成的神經系統形成了我們的記憶以及邏輯系統。
我們的神經系統是統一的，那么哪個部分是意識的哪個部分是潛意識的？這要從意識和潛意識的最大區別來看----自動特性。意識和潛意識的最大顯著區別就是是否是自動化的。意識部分是需要你投入精力和注意力去做的內容，往往它和信息的主動搜集有密切關系，是人和外界的主動互動過程。而潛意識是自動執行的，它靠的是以往的經驗自動運行的。比如當你學習開車的時候，你會特別注意自己的手腳的位置以及動作的幅度，這個時候你把意識都集中在支配自己的手腳和路況上。但是當你學會了開車，在車道上自如的駕駛的時候，你的手腳動作很協調，但你其實并沒有向他們發布一個一個的命令讓它們去執行。
再比如，你坐在沙發上，你想站起來去喝水，你只發布了一個命令：喝水。這是你的意識，你想去喝水。但是你的身體執行的所有動作，比如手扶沙發把手，然后身體前傾，大腿，臀部的肌肉收縮，你站起來，邁腿，走向廚房，這些所有的動作你都沒有一一發出指令，而是自動完成的。完成這些自動動作的就是你的潛意識，它根據以往經驗，自動發送命令。實際上你的潛意識無時無刻的不在工作，比如你的呼吸，你的消化，等等，實際我們日常活動中有97%的內容是由潛意識支配的，這個比例相當的大。就算是你在睡覺的時候，潛意識也在工作，它監視著周圍環境的變化，是不是冷了，有風了？或者是否有野獸接近？等等。那個時候你的意識在休息，但是潛意識沒有。
潛意識是你的保護神，它的存在其實只有一個目的，就是保護你的生存和繁衍。它做的所有的事情都是為了你。而且一定是盡了它的所能。在我的觀點中，我們的潛意識是由兩部分構成的，一部分是我們前面所說過的經驗記憶系統，它從出生開始就將你所有的經歷記錄起來，在腦海中保存起來，并且根據你生活環境中對某個信息和經驗使用的頻率來配置優先級。比如你放學回家，它通過對周邊環境的分析，它會幫你選擇一條最省力、而且是最安全的路，讓你來走。它會自動的放棄需要繞遠的路，也會放棄需要翻墻的路，還會放棄黑暗有可能有歹人的路。
潛意識的另一部分構成是我們的基因，文章前面我讓大家構想了神經元如何組成網絡，通過外界的生活經歷的刺激改變了大腦神經元的排序。然而有些網絡并不是后天的刺激形成的，而是先天就有的，這些網絡是我們的祖先一代一代的傳遞給我們的，通過遺傳信息我們的大腦按照基因中的信息排序在出生之前就形成了很多網狀的神經節，這些神經節中記錄的信息可以讓我們規避風險，獲得生存的技能，比如我們一生下來就會吸允，就會吞咽，就會哭泣，這些動作不需要學習，還有我們天生就怕黑暗，怕高，因為黑暗中往往可能有野獸潛伏，高的地方可以讓我們摔的更狠，甚至致命。
這些都是祖先留給我們的潛意識。由于我們的祖先生活環境和經歷都不一樣，所以我們獲得這部分潛意識內容都不一樣，這也說明了為什么我們生下來都帶有一些性格上的特質。非常有意思的是，因為遺傳下來的潛意識是經過遠古一代一代的進化的，每個時代的共同文化取向都可能在那個年代存在的人的經驗有所影響，所以有些東西我們會發現我們有共同的認識，比如如果我讓一個人把太陽、月亮；男人、女人；火、水來一一分類。全世界的人不論哪個文明背景的人，都會把太陽、男人、火分成一組，而把月亮、女人、水分成一組。這樣的認識就是另一位心理學巨匠榮格所說的“集體潛意識”。
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