蔓延至南非這一非洲最主要的玉米生產國的干旱氣候由于厄爾尼諾現象而加劇，并波及從津巴布韋至馬拉維等國家。據預測，全球將會有1000萬人口由于干旱和缺水而遭受饑餓，而這些人口主要集中在非洲。

受干旱影響最重的是津巴布韋，該國經濟在最近5年內一直希望從惡性通貨膨脹和廣泛的糧食短缺中恢復。該國不允許進口轉基因玉米，只在充分安全監督的條件下緊急接受轉基因玉米援助。每年大約有16%的津巴布韋人口需要糧食援助。今年，政府計劃進口70萬噸玉米，但其主要進口國，例如贊比亞和坦桑尼亞都面臨著收成不佳的一年。因此，津巴布韋今年很有可能再度接收轉基因玉米。

南非是非洲唯一進行商業化轉基因玉米生產的國家。據南非最大的生產者組織GrainSA稱，今年南非生產的玉米占到整個非洲南部玉米產量的40%，但因為干旱，仍需進口大約500萬噸玉米。

這種情況為轉基因作物帶來了前景，尤其是玉米，這是大多數撒哈拉以南非洲國家的主要糧食作物。許多非洲國家禁止種植轉基因作物，認為他們交叉污染其他植物和環境，并對人體健康產生長期影響。但當前非洲民眾對于轉基因的觀念正在轉變。非洲轉基因作物專家GetachewBelay說，布基納法索蘇丹最近已經開始轉基因棉花的商業化種植。

贊比亞2002年經歷了一次嚴重的干旱，數百萬人口需要糧食援助，但該國拒絕了轉基因玉米的援助者，理由是科學信息不足。然而該國高等教育部長MichaelKaingu近日告知議會贊比亞目前歡迎轉基因作物。這也是非洲大陸上逐漸蔓延的一種趨勢。埃塞俄比亞已經修訂了其生物安全法，允許轉基因棉花的試驗，這也是迫于國內紡織行業呼吁廉價棉花生產的壓力。此外，肯尼亞、烏干達、馬拉維、斯威士蘭、尼日利亞和加納等過一直在進行轉基因作物的試驗。

種子公司將會從轉基因作物的大規模采用中獲得裨益。孟山都已在包括津巴布韋在內的一些非洲國家開展轉基因玉米和棉花的試驗。

然而，轉基因作物從試驗到商業化種植的進程是緩慢的。Belay說能影響非洲種植轉基因作物的一個重要因素是中國是否開始種植轉基因水稻，目前這種轉基因作物已經研發成功但尚未投入生產。

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